海島經濟效益開發不夠
在我國，海島地區的基礎設施差、交通不便利、生態環境脆弱等原因導致海島地區經濟基礎薄弱，規模較小，發展速度慢，國民經濟發展明顯落後於臨近大陸地區。且大部分海島開發程度不高，資源未能得到有效利用，經濟效益低。
另外，海島的產業布局也不甚合理。海島產業的形成和分布受資源和技術影響較大。對於單個海島來說，由於特有的資源、經濟和環境條件，決定了其在區域經濟分工中的角色各不相同。在長期曆史發展過程中，我國絕大多數中小海島經濟主要以漁業為主，輔以少數的種植業。在現有商品經濟條件下，有些海島地區為了發展經濟，單純追求短期效益，在沒有進行科學論證的情況下，盲目開發利用海島資源，產生了一係列生態環境和經濟問題。例如，在自然環境優美適於發展旅遊業的海島從事填海、圍墾以及挖沙等活動造成生態環境的惡化，阻礙了海島地區經濟的健康發展。
海島生態環境亟須改善
海島淡水資源緊張，周圍海域汙染嚴重。由於特定的地理環境，大部分海島都以大氣降水為淡水主要來源，水資源貧乏。工業廢水和生活汙水的排放，化肥和農藥的使用，以及淤泥、淡水養殖、海水倒灌等因素導致水質惡化，加劇了海島淡水資源的緊張。
海島的生物資源也麵臨嚴重威脅。海島生態係統具有豐富的生物多樣性，但是由於人類對海島生物資源掠奪式的開發利用等原因，海島生物資源正麵臨著比以往任何時期都嚴重的威脅。
在海島旅遊開發利用的過程中，一些圍、填海工程改變了海島周圍海域的自然環境。涉及開發利用的海島，為了便於登島或其他用途通常修建一些圍、填海項目，可能改變原有海流體係和水動力條件，造成當地生態環境的不良變化，更有甚者造成海島滅失。
走生態旅遊之路
為了使海島旅遊能夠可持續發展，為了能夠使更多的人享受到海島的自然風光，海島旅遊必須走生態旅遊的道路。生態旅遊是基於自然的、可持續的旅遊，強調的是一種行為和思維方式，即保護性的旅遊。海島生態旅遊以保護海島自然環境和生物多樣性、維持資源利用的可持續發展為目標，以旅遊促進生態保護，以生態保護促進旅遊。這樣不會破壞自然，使人們在旅遊過程中，充分感受到海島自然風光的美麗，同時還會使海島從保護自然資源中得到經濟收益。
海島生態旅遊開發原則
海島生態旅遊的開發遵循一定的科學原則顯得尤為重要。從國內外海島生態旅遊發展的理論和實踐來看，製定其生態旅遊規劃，實施生態旅遊開發時，主要應遵循以下原則：
1.永續利用原則。“永續利用”是時代的產物，它是一種使人類在開發旅遊資源時不但顧及當代人的經濟需要，而且還顧及不對後代人進一步需要構成威脅和危害的發展策略。盡管它不意味著為後代和將來提供一切，造就一切，但它卻通過對經濟效益、社會效益、生態效益三者的協調，使當代人用最小的代價獲取最大的旅遊資源利用，造福子孫後代。
2.保護性開發原則。要使海島生態旅遊資源可持續利用，就必須加強對旅遊資源的保護。針對其生態旅遊資源的開發而言，開發和保護的關係應體現總的原則是：開發應服從保護，在保護的前提下進行開發。資源得到妥善保護，開發才能得到收益；開發取得收益，反過來可促進保護工作。但是，一旦開發與保護出現矛盾，保護對開發有絕對否決權。
3.特色性原則。海島生態旅遊資源貴在稀有，其質量在很大程度上取決於它與眾不同的獨特程度，即特色。有特色，才有吸引力；有特色，才有競爭力，特色是旅遊資源的靈魂。
4.協調性原則。海島生態旅遊資源開發必須與整個生態區的環境相協調，既有利於突出各旅遊資源的特色，又可以構成集聚旅遊資源的整體美，使遊客觀後感到舒適、自然。
5.經濟效益、社會效益和環境效益相統一的原則。市場經濟就是追求效益最大化，海島生態旅遊作為旅遊的一種形式，也追求效益最大化，但這個效益不僅是指經濟效益，還包括社會效益和生態效益，三者必須高度地協調統一。而當三者出現矛盾時，以生態效益和社會效益高於一切為指導原則，即經濟效益必須從屬於上述兩種效益。實際上，當生態效益和社會效益達到最大化、最優化時，其經濟效益肯定也是相當可觀的。