除經濟補償以外，海洋生態補償還應包括對海洋生境的補償和海洋資源的補償。在資源補償方麵，我國已進行了大量實踐，例如，20世紀80年代我國在黃海、渤海實施的中國對蝦生產性增殖行動等。
海洋生態破壞
海洋環境問題包括海洋環境汙染和海洋生態破壞兩個方麵。海洋環境汙染是指汙染物質進入海洋，超過海洋的自淨能力；而海洋生態破壞是取出性損害或開發性損害，又稱非汙染性的損害，即由於人類不適當地從海洋環境中取出或開發出某種物質、能源（非排汙活動）所造成的對海洋環境的不利影響和危害。
人類不合理的生產活動所造成的典型海洋生態破壞包括：①海岸工程建設、圍海造田、紅樹林毀林挖塘養蝦等行為破壞了海岸環境和海岸生態係統；②人類對某些傳統經濟魚類的過度捕撈，使近海的魚蝦資源數量銳減，品質下降，進而導致部分非經濟生物由於天敵銳減而大量繁殖，使海洋生態失去平衡，海洋生態環境遭到破壞；③赤潮，危害水產養殖和捕撈業等海洋環境。河口和港灣多與大中城市相毗鄰，人口密集，因而是出現海洋生態破壞現象的主要區域。在汙染較大的海域，生態係統變得十分脆弱，更容易發生生態破壞。減少汙染物的排海量和控製海洋資源的過量開采，是防止海洋生態破壞的主要措施。
海洋生態係統的服務功能
海洋生態係統服務功能是指一定時間內特定海洋生態係統及其組分為人類提供的賴以生存和發展的產品和服務。海洋生態係統服務功能大致上包含食品生產、原料生產、氧氣生產、提供基因資源、氣候調節、廢棄物處理、生物控製、幹擾調節、休閑娛樂、文化價值、科研價值、初級生產、營養物質循環、生物多樣性維持等14項基本功能。
根據海洋生態係統服務功能的相似作用和性質，可將這些功能合並為供給、調節、文化和支持四大類功能。
供給功能是指海洋生態係統為人類提供食品、原材料、提供基因資源等產品，從而滿足和維持人類物質需要的功能。
調節功能是指人類從海洋生態係統的調節過程中獲得的服務功能和效益。
文化功能是指人們通過精神感受、知識獲取、主觀印象、消遣娛樂和美學體驗等方式從海洋生態係統中獲得的非物質利益。
支持功能是為海洋生態係統物質功能、調節功能和支持功能提供所必需的物種多樣性維持和提供初級生產的保證的功能。
這些海洋生態係統服務功能是海洋生態係統及其生物多樣性的整體性表現，是生物與生物、生物與環境相互作用的結果，也是海洋生態係統對人類貢獻。
海洋生態係統圍隔實驗
在用人工方法把自然海水圍成的相對封閉的生態係內，研究海洋生態係統結構、功能及其變化的實驗稱為海洋生態係統圍隔實驗。這種圍隔的水深介於1～10米之間，海水與周圍海水不能進行交換，不會受到潮流和水平擾動的影響，但與周圍的自然環境極其相似，能夠很好地解決在天然海域中試驗條件差異較大的問題，使實驗結果更具有客觀性。圍隔按水體積大小可分為3類，即小尺度圍隔（1～10立方米）、中尺度圍隔（10～100立方米）、大尺度圍隔（＞100立方米）；按生態係統類型可分為浮遊生態係圍隔、浮遊——底棲生態係圍隔和底棲生態係圍隔；按基質可分為軟底圍隔、岩基圍隔和懸浮圍隔。
目前，國內外圍隔實驗的研究的內容大體上包括4個方麵：①海洋生物自然生態研究。主要研究浮遊生物的種群結構、組成和環境之間的關係，食物鏈不同營養階層生物之間的物質和能量的轉移，並在此基礎上建立數學模型。②汙染生態學研究。例如，營養鹽、重金屬、石油和農藥等汙染物在生態係統中的遷移轉化及其對生態係統結構、功能的影響。③漁業資源學研究，尤其漁業資源是對生物資源補充及對其造成影響的因素的研究。④海——氣界麵通量和水——沉積界麵的相互關係的研究。1984～1987年，國家海洋局第三海洋研究所、山東海洋學院和廈門大學等單位同加拿大科學家合作，在廈門進行圍隔式生態係實驗工作，在20米×10米×5米的陸基水池中做了油和重金屬對海洋生態係統影響實驗。