抗生素類不僅隻對細菌有抑製和殺滅的作用，而且對一些病毒引起的疾病也有一定的作用（如四環素族抗生素、氯黴素，但它們對肝炎是無效的）。它們還對一些原蟲引起的疾病有效，如青黴素用於治療梅毒。有些抗生素對真菌（黴菌）引起的疾病也有很好的作用，如製黴菌素、灰黃黴素、二性黴素B。更值得注意的是，有些抗生素對有些癌症有較好的治療作用，例如博來黴素、絲裂黴素、阿黴素等。
抗生素不僅僅用於治療人類的疾病，也用來治療動物、家禽、家畜的疾病。用於動物疾病的治療藥物即獸用藥與人用藥在藥品的質量上有所不同。一些抗生素可以作為家禽、家畜飼料的添加劑，以促進動物的生長，提高飼料的利用率，提高產蛋、產肉率，例如金黴素、土黴素、紅黴素、青黴素等。抗生素工業產生的大量廢料，例如發酵後過濾出來的濾渣，主要是菌絲體和剩餘的培養基（澱粉、豆餅、棉子餅等），可以作為家畜的飼料。其中除了含有家畜所需要的營養物質外，還含有少量未分離出去的抗生素。這種廢料是很好的飼料，這樣綜合利用是互相有利的事情。
化學合成殺蟲劑會造成環境汙染，影響生態平衡。例如DDT是一種有效的殺蟲劑，但它可以在植物體內積蓄，因為它比較穩定，不易被分解、破壞。因此人或動物吃了用DDT噴灑過的農作物、蔬菜、水果後，會導致中毒。例如鳥類若吃了這種穀物，則會影響到蛋殼碳酸鈣的沉積量，使鳥蛋易碎而不能繁殖。因此，一些不易分解（降解）的殺蟲藥已被禁止使用。就是那些不易在植物體內積存，易於降解的農藥，也在收獲前相當長的一段時間內不能使用，特別是蔬菜、水果。有些抗生素可以有殺蟲、殺蟎的作用，例如四活菌素、尼可黴素。皮歐黴素有殺滅真菌的作用，因此常用於蔬菜和水果的病害防治。此外，在日本用春日黴素、有效黴素防治水稻瘟病。
抗生素的用途是多方麵的，它們神通廣大，對於人類是一大類非常重要的物質。抗生素還在不斷地發展，近些年又發現了不少療效更好的抗生素，有興趣的讀者可以參看有關抗生素的專門著作，這裏就不多介紹了。