1840年，約翰·勞埃德·斯蒂芬斯，這位非常受歡迎的遊記作家，在造訪了科潘遺跡之後這樣寫道：“所有的一切都是謎，神秘得令人捉摸不透的謎。”斯蒂芬斯先是騎著騾子，然後改劃獨木舟，最後又穿過洪都拉斯的雨林地帶。他一心想要找到已經不複存在的古代瑪雅的城鎮。
瑪雅人金字塔
在隨後的3年中，他踏遍了墨西哥南部和中美洲，發現了40多處遺址。正是在這些地方，在叢林的深處，散亂地分布著許多宮殿和金字塔，以及許多刻著象形文字的碑石和雕塑。斯蒂芬斯認為，所有這些顯然都源於某種卓越的文明。
那些追尋斯蒂芬斯的足跡而來的考古學家們都接受了這一觀點。在他們解讀了墓碑上的符號之後，他們對此更是深信不疑。這些符號都是一些數字，它們表明瑪雅人已經精通數學。他們製造了日曆，記錄的時間長達幾百萬年。而且他們還相當精確地繪製了複雜的天體運行圖。一些傑出的考古學家據此認為，瑪雅人或者至少他們的統治者，已經具有了高度的智慧。
西爾韋納斯·莫利和埃裏克·湯普森分別於1946年和1954年在各自的著作中提到了瑪雅。根據他們的描繪，瑪雅是一個獨特的愛好和平的民族。這兩位傑出的考古學家發現，在瑪雅遺址的周圍並沒有明顯的防禦工事的遺跡。莫利和湯普森由此認為，瑪雅曾是一個宗教王國，其中國王兼任祭司，他們終日苦思冥想著宇宙中的數學問題。這種思考偶爾也會被前來送食物的農夫打斷，這些農夫都依賴於他們的智慧。
刻在墓碑上的數字也為我們提供了瑪雅文明消亡的時間。在科潘被記錄下來的最後一個日期（根據瑪雅人的日曆推斷）是公元820年，其後瑪雅人的其他一些城市也都如多米諾骨牌似的先後消亡了：納蘭霍亡於849年，卡拉科爾亡於859年，蒂卡爾亡於879年。但令人不解的是：這些文明為何消亡呢？瑪雅人與墨西哥的阿茲特克人和秘魯的印加人不同，因為後兩者均是被西班牙征服者摧毀的，而瑪雅人則在公元900年之前已經放棄了他們的城鎮，這比哥倫布進行航海活動還早了將近600年。也沒有跡象表明瑪雅人的城鎮曾遭到過另一個印第安文明——阿茲特克人的好戰的祖先的破壞。在這些城鎮之間也不可能發生戰爭——至少莫利和湯普森這樣認為。由他們兩人所刻畫的愛好和平的瑪雅人的形象曾主導考古學界的思潮。
因此，至少在過去的幾十年中，瑪雅文明的消亡，如同吞沒了它的叢林一樣，是個讓人捉摸不透的謎。
一些學者試圖從環境方麵尋求答案。例如，莫利就認為，瑪雅人為了得到更多的耕地，不斷地毀林造田，直到最後他們用盡了自己的土地。也有人認為，原因在於瑪雅的農夫耗盡了他們的耕地。還有人提出自然災害，如地震，台風或持續的幹旱等作為解釋。也有人歸因於瘧疾和黃熱病，畢竟在西班牙人的征服之後，疾病無疑起了很大的破壞作用。
所有這些理論都麵臨一個共同的難題，就是缺乏證據支持。也許我們很難駁倒它們。但試想，一場足以毀滅瑪雅文明的環境災難，總該在地質層中留下某些痕跡吧——但我們卻未曾發現任何蛛絲馬跡。
湯普森的理論是：某個文明程度較低的民族（可能來自墨西哥中部或墨西哥灣沿岸地區），進入了位於尤卡坦半島的瑪雅人的最北部的一座城鎮，並推翻了那兒的統治者。湯普森認為，與其說這是一次軍事侵略，不如說是一次文化侵略。它顛覆了瑪雅人在當地已確立起來的政治和宗教秩序。這一情況向南蔓延，反過來又導致了瑪雅農民的暴動。這些農民曾經對祭司權貴們俯首帖耳，但他們卻不願向野蠻的入侵者進貢。
至少有一些證據可以支持湯普森的理論。在尤卡坦半島上的一些瑪雅人的城鎮中，發現了一些來源於10世紀的帶有墨西哥中部風格的橘黃色的陶罐。隨後又在那裏陸續發現了一些墨西哥灣沿岸風格的建築。但問題在於，並沒有任何遺跡，能夠說明瑪雅人的中心地帶的南移曾受過外來的影響。至於陶罐和建築，它們可能來源於和平時期的商業活動。即使能證明外來者曾侵入北部地區，陶罐和建築上的日期也不足以說明這種入侵是發生在瑪雅文明消亡之前還是在其後。外來者也很可能隻是在瑪雅的統治者已經撤離的情況下，填補了一個空白而已。