盡管如此，由於缺少其他更可信的觀點，湯普森和莫利的看法仍繼續主導著瑪雅學術界。直到20世紀60年代和70年代，語言學家們終於能夠解讀古代瑪雅人的單詞和數字之後，情況才有所轉變。參照譯出的文本來看，湯普森和莫利關於瑪雅文明消亡原因的解釋存在許多漏洞。而且，這些文本也徹底改變了學術界關於瑪雅文明的看法。
如果不是因為湯普森，這些文字可能早在幾年甚至幾十年前就被翻譯出來了。湯普森一直堅信，這些文字和先前譯出的那些部分一樣，隻是一些古怪的數學概念和日曆。也曾有人提出這些瑪雅人的墓碑上刻著的可能既有單詞或字母，又有數字和圖像，但他們受到了奚落，很快放棄了解讀這些文字的努力。
由於湯普森的巨大影響，學者們普遍忽視了迭戈·德·蘭達所做的工作。蘭達是一位方濟各會的傳教士。他曾於16世紀50年代訪遍了瑪雅城鎮的各處遺址——這比斯蒂芬斯的探訪活動幾乎早了300年。蘭達曾做過一些初步的嚐試，想把瑪雅人的符號和字母聯係起來。這些嚐試都不正確，但他的思路卻是對的。可惜，蘭達是一個狂熱的傳教士而非學者，在確信他所收集的瑪雅人的書中所載的隻不過是些“關於邪惡的迷信和謊言”之後，他將它們付之一炬。
隻有四本書逃脫了西班牙傳教士的破壞，並在熱帶雨林的潮濕的環境中幸存下來。其中有一本後來被存放於柏林國家圖書館。在第二次世界大戰後期，圖書館發生火災，這本書幾乎也化為灰燼。幸運的是，一位名叫尤裏·克諾索洛夫的蘇聯戰士從火中搶出了它，並將它帶回家鄉。然後，在遠離湯普森的思想影響的情況下，克諾索洛夫開始了研究。
1952年，他宣稱自己破譯了密碼：瑪雅文字既不全是字母
（如同蘭達所認為的），也不全是數字和圖像（如同湯普森所認為的）；事實上，克諾索洛夫寫道，它是音節和單詞的組合。
湯普森對克諾索洛夫的工作冷嘲熱諷——這正表現了前者一貫的作風。“這是發生於俄國的嚴格的黨內合作結果的又一真實事例”，他以顯然是鄙視的筆調繼續寫道：“從自由世界的立場來說，我們希望其在軍事方麵的研究也會如此。”
然而，其他一些學者逐漸開始質疑湯普森，並接受相信克諾索洛夫的觀點。當1975年湯普森去世時，人們已經能夠理解瑪雅人的語法和句法，學者們可以著手翻譯瑪雅人的作品了。
要做的工作還有很多，因為幸存下來的不僅僅隻是四本書，還有刻或繪在石碑上、瑪雅人的陶罐上以及城牆上的成千上萬的文字。這些東西一經譯出，就動搖了由莫利和湯普森所提出的瑪雅人的形象。在一座座墓碑上，翻譯者們看到了關於戰爭策略、血腥的戰場以及殘忍的以被俘的敵人獻祭的詳盡的描述。我們看到的再也不是愛好和平而又富有知識的祭司階級了。事實證明，瑪雅的統治者，都是些好戰的武士。大部分文字都記載了他們在戰爭中取得的勝利。
考古學家們在擺脫了莫利和湯普森觀點的束縛之後，發現了更多的證據，它們向我們展現了瑪雅人的窮兵黷武。例如，在蒂卡爾曾發現一些長而狹窄的壕溝和土埂，它們可能曾被用作護城河和胸牆。在拜肯也發現過這種曾用於防禦的城牆在卡拉科爾，人們曾發現建築物上有燒焦的痕跡，還曾在一座金字塔的地板上發現一個未埋葬的兒童。在博南帕克曾發現過許多栩栩如生的壁畫，過去人們認為它描繪的是某種宗教儀式，而現在則將它們被看作是真實的戰爭場麵的再現。
考古學家們確立了瑪雅人的窮兵黷武的新形象之後，就可以為其文明的消亡尋求新的解釋了。阿倫和迪亞娜·蔡斯在伯利茲的某個地方發現了武器，他們認為瑪雅的各個城邦之間的連綿不斷的戰爭最終摧毀了瑪雅文明。阿瑟·德瑪雷斯特在危地馬拉北部的一次發掘中發現了成堆的被砍下的人頭，他也由此得出了相似的結論。他估計大約在公元820年前後，那兒的瑪雅人曾銳減到其以前數量的5％。