在物種起源問題上，赫胥黎並沒有采取積極態度，而是一直在觀望，或者如他所說的，用歌德的術語來說，他是采取了“積極的懷疑主義”的態度。一方麵，他不相信創造論，不相信神能超自然地幹預自然界的自然過程。另一方麵，他也不相信類型的進化，因為當時流行的進化理論（如拉馬克的理論和《創造的痕跡》的作者的理論），引用說明進化存在的論據太少，並且對進化方式和進化原因的解釋也很少能被人接受。他與赫·斯賓塞就這一題目進行過多次爭論。正如我們所指出的那樣，赫·斯賓塞是從哲學方麵來捍衛進化思想的。
達爾文知道，已經習慣於相信物種創造論的讀者，對他的進化觀點將產生懷疑，起碼最初會是這樣。但他暗中希望，他過去一直認為是無私地追求真理的那些科學家在極其詳細地了解了他的各種論斷和論據之後，一定會轉到他這邊來的。他把剛剛出版的書分送給他們，渴望知道他們的評論和意見。他首先給自己指定了三位評判者：一位是在地質科學中實行過變革的賴爾；另一位是在讀這本書的校樣時就已經開始轉到他這方麵來的虎克；第三位是年輕的、對自然史方麵提出的每一個新思想都作出積極反應的赫胥黎。
的確，赫胥黎後來把達爾文和華萊士的初期著作，特別是《物種起源》一書給他的印象和由這樣一句話所產生的印象作了比較。這句話是：“閃電的閃光，突然間為在沉沉黑夜中迷了路的人照亮了他回家去的路，或者去別的地方的路，但是一定是他要去的地方。”
達爾文對赫胥黎的評語感到非常滿意，這可以從他給虎克的信中的一段話看出來：“我接到赫胥黎的一封信，他對我那本書大加讚揚，由於謙虛的緣故（因為我正在設法為自己培養這種難以培養的品德），我不把這封信寄給您了，我本想把它寄給您的，但是我對我自己有很謙虛的看法。”
賴爾對這本書的態度是由他的特殊的思想方式決定的。達爾文在自傳中是這樣表述賴爾的思想的：“我總認為，他的思想的特點是：明朗、謹慎、果斷，而且富有創造性。每當我向他提出有關地質學方麵的問題時，他總是不把問題徹底弄清楚決不罷休，而且他經常使我對問題的認識比以前更加清楚。他對我所作出的一些設想常提出各種各樣的異議，甚至在看來沒有任何異議可提的時候，他還依然抱著懷疑的態度。他的另一個特點是特別同情別的科學工作者的勞動。”
賴爾思想的兩大特點也表現在他對待《物種起源》這本書上。賴爾首先感到由衷高興的是，他和虎克曾竭力說服達爾文不必再等一些時候才出版這本書，因為縱使達爾文能活到100歲，但是要等到他把自己的許多偉大總結所依據的一切事實都準備好了之後再來出版，那麼這種時機大概是永遠不會到來的。接著賴爾稱讚了這本書的形式。他說：“在許多頁中都光輝地表現出嚴密的推理和一連串的論證；內容高度的集中，對於尚未入門的人來說，也許集中得有點兒過分了……”
因此賴爾認為，需要很快出版一個新的版本，為閱讀方便，他認為最好能再增加一些例子來說明那些抽象的原理。但這隻是為了便於閱讀，因為就證據所具有的力量而言，這些例子並不能補充多少新的東西，因為賴爾認為，即使現在，達爾文的證據也已經是足夠有力的了，因此，如果承認達爾文的基本思想，如果“對他作一點讓步的話，那麼就應當接受他的一切……”
但是賴爾對這本書的讚揚並非真實的，他還向達爾文提出了一係列的異議、意見和困惑難解的問題。
例如，他認為達爾文把眼睛這樣完善的器官用來舉例是不妥當的。這個例子或者應該加以發展，提出一些更詳細的證據說明眼睛是逐漸進化的，或者把這個例子完全刪去。接著他認為達爾文對自己的前輩——拉馬克和若夫魯亞，聖伊勒爾——太不重視了。他指出：“最卓越的博物學家們都不同意關於形態的可變性”的觀點。他問達爾文，為了說明低等動物和高等完善動物並存，是否可以從他的理論中得出應該存在“單細胞生物”的自然發生這一結論呢？最後，成為賴爾接受達爾文理論的主要障礙是他對人的動物起源表示懷疑，他接受不了人和猿有種屬關係的思想。賴爾力求從達爾文那裏知道，他是否會讓步，是否會假設在人的起源方麵一定有創造力量的特別幹預。達爾文回答他說：“要是有人使我相信，我必須對自然選擇的理論作這樣一些補充，那我就會像拋棄無用的垃圾那樣把這個理論拋棄。”