3.3.2 掃描電子顯微鏡技術
簡稱掃描電鏡，它雖然存在分辨率較低等缺點，但其有放大倍數可變範圍大、觀察視場大、景深高等特點，所以組織細胞的表麵圖像立體感強，能顯出三維超微結構，同時樣品製備簡便，製樣周期較短。要觀察的組織，經固定後，再經表麵金屬噴鍍，不需製成切片，在熒光屏上即可顯示出細胞表麵的立體形態。掃描電鏡由電子光學係統、真空係統、圖像信號檢測器、圖像顯示與記錄係統、電源係統及其他附件所組成。
3.3.3 冷凍斷裂蝕刻技術
用液氮低溫處理生物樣品，可使其結構保持近於生活狀態，通過冷凍斷裂、真空噴鍍等步驟，得到浮雕般的複型膜，使樣品斷麵的各種微細結構印在複型膜上。繼之，在透射電鏡下觀察複型膜，既可充分顯示出不同層次的結構圖像，還能展現出各種生物膜結構的特點。這種技術具有圖像清晰、立體感強的特點，對探索細胞超微結構、闡明結構與功能關係以及組織細胞三維結構的重建等均具有獨特的作用。
3.3.4 超高壓電子顯微鏡
即電壓在500kV以上的電鏡，它的電子束可穿透較厚的超薄切片，用於觀察細胞內部的立體超微結構。
3.3.5 冷凍超薄切片技術
近代發展的低溫超薄切片，克服了以化學藥品固定時帶來對生物大分子結構和活性的損壞，它是以低溫物理固定，使生物組織細胞在很高的降溫速率下，內部水分迅速凍結成玻璃狀，既能保持樣品的超微結構，又能保持生物大分子的活性，用附有冷凍樣品台的透射電鏡觀察，更能反映生物活體的真實結構。
3.4 組織化學
組織化學：在形態學基礎上研究細胞和組織中某些結構的化學組成、定位、定量及其代謝狀態，是組織學與生物化學等的交叉學科。在組織切片上加以一定試劑，使其與組織中某些物質起化學反應，在發生反應的原位處形成有色沉澱，便於顯微鏡觀察。如顯示多糖的過碘酸席夫反應是多糖經高碘酸結合，形成紫紅色沉澱物位於其存在部位。組織化學是對化學物質在組織細胞中的分布進行定位、定性的有效方法，但對化學物質的量隻能用著色的深淺來表示，而不能作精確的定量。常用的組織化學方法如顯示磷酸酶的鈣鈷法、顯示蛋白質的汞溴酚藍法、顯示DNA與RNA的甲基綠派若寧法、顯示脂類的蘇丹染料法等。
3.5 免疫組織化學
免疫組織化學：根據抗體能與抗原特異性結合的免疫學原理，對細胞組織內含有的酶、激素及其他有抗原性的物質進行精確定位研究，具有特異性強、靈敏性高的特點，已廣泛應用於組織學研究。其基本原理是：向動物體內注入抗原，使之產生相應的抗體，然後從該動物血清中提取這種抗體，用熒光染料、酶、鐵蛋白或金屬等標記。再用已標記的抗體與含相應抗原的組織進行反應，如係熒光標記者，則在熒光顯微鏡下觀察；如係酶標記者，則在顯示該種酶後，用光鏡觀察；如係用重金屬標記者，則可直接在光鏡或電鏡下觀察。
3.6 電鏡細胞化學技術
電鏡細胞化學技術：是利用化學試劑與細胞內某些物質起特異性反應，產生不溶性的電子致密沉澱物，在電鏡下根據沉澱物來判斷被檢物的存在與分布。本法主要用於對蛋白質（尤其是酶）、核酸、脂肪、碳水化合物（糖類）及無機離子等細胞內化學物質進行定性和定位研究。免疫電鏡技術是把免疫組織化學與電鏡技術相結合，在超微結構水平上研究抗體與抗原相結合的一種方法。