3.7 熒光顯微鏡術
熒光顯微鏡術：該方法是電鏡細胞化學方法之一。具有靈敏度高、選擇性強、試樣量少和方法簡便等優點，可檢測出普通顯微術不能檢測出的微量物質。在免疫組織化學中用熒光染料標記的抗體處理組織切片，可檢知和該抗體對應的抗原，稱為免疫熒光法。機體內的維生素A本身是熒光物質，可用熒光顯微鏡直接觀察。腎上腺素、多巴胺、5羥色胺等單胺類物質，雖然本身不是熒光物質，但與甲醛反應後可變為呈現不同顏色的熒光物質，故可在熒光顯微鏡下觀察。
3.8 放射自顯影術
放射自顯影術：利用放射性核素作為標記物，對細胞內化學物質進行定性、定位和定量研究。將放射性核素標記的物質注入動物體內，而後取某部位組織製成切片，塗以感光乳膠。放射線作用於感光乳膠，經顯影、定影後，在有放射性核素標記的物質處，呈現銀粒，即可在光鏡或電鏡下觀察標記物質的存在部位及其數量。根據銀粒的分布情況，進一步判斷在代謝過程中生化物質的合成、分解、轉運、分泌等動態變化過程。
3.9 特殊顯微鏡
為了觀察細胞組織的不同特殊需要，設計有多種特殊顯微鏡，除電鏡外均屬光學顯微鏡。
3.9.1 暗視野顯微鏡
在結構和使用上均與普通光鏡無本質上的差別，但其分辨力遠高於光鏡，它以膠體粒子的反射和散射現象為基礎而設計，在視野內看到的不是照射來的直接光線，而是被檢物體所散射的光線。暗視野顯微鏡主要應用了特製的聚光鏡，不讓光柱由下而上地通過物體，而使光線改變途徑，使強度很大的光線不直接進入物鏡，而是傾斜地射到觀察的物體上，光線發生反射或散射的光線進入物鏡，繼之到達觀察者的眼睛。利用此法觀察時，隻能見到物體的存在與運動，不能辨認物體的微細結構，如觀察活細胞的細胞膜、細胞核、線粒體等。
3.9.2 相差顯微鏡
活的生物體在普通光鏡下多呈無色透明狀，這是由於光波通過時，波長和振幅不發生變化，所以很難觀察其細微結構。相差顯微鏡的基本結構與光鏡相似，另外配備以環狀光瀾、相板、中心望遠鏡和濾光鏡等。該鏡設計原理是利用光線在不同物質中折射率的不同，而產生相的差異，使未染色的標本顯示出其微細結構，如檢查活細胞、微生物、蟲卵等未加染色的材料。新鮮和固定的材料均可做相差鏡檢，標本越薄，密度越低，越容易觀察。
3.9.3 偏光顯微鏡
是鑒別組織微細結構光學性質的顯微鏡。生物體某些組織由於光學性質不同，可不經染色而被區別開來。此鏡設計原理是應用光線通過標本時光速和折射率的改變或不改變的特性，檢查被檢物體的折光性質，了解某些結構的排列和性狀。如肌原纖維的明帶是單折光性，而暗帶、膠原纖維、髓鞘則屬於雙折光性。偏光顯微鏡配備有偏光器、檢偏器和補償器等附件。
3.9.4 熒光顯微鏡
具有熒光性質的物質，經紫外光照射後會發出強的熒光。熒光顯微鏡的光源是短的紫外光（激發光），當標本內的熒光物質經紫外光照射後，使其轉化為波長較長的可見光，即熒光，使標本成為可見物。該鏡的分辨力強，其成像原理及構造與普通光鏡基本相同，隻是其光源常用超高壓汞燈。由於透鏡係統需通過紫外光，故需用石英材料製成各型透鏡，此外另配以激發濾片、保護濾片、吸熱濾片等裝置。用於研究細胞組織內自發熒光物質的存在、分布以及檢測熒光染色顯示的結構和物質。