休眠是指生物的各種活動處於相對靜止的一種狀態，在這個狀態下生物的代謝活動明顯降低。從時間上看，休眠分為兩種類型，即冬眠和夏眠，但動物的日周期的生理睡眠不屬於休眠。休眠在多數情況下是季節性的，有些動物在冬天借休眠躲避寒冷，有些動物在夏天借夏眠度過酷暑。季節性的氣候變化既影響生物的生理活動，又影響生物的食源，因此在長期進化過程中生物各自發展不同的適應方式，借休眠以抗禦不利條件。季節性的休眠常受機體的內在節律控製，外界條件的變化隻起促進作用。為增加體內的能量儲備，魚類和其他高等生物一樣，入眠前常常需要較長的準備階段。
夏眠
在大部分地區，水域的條件比較穩定，絕大多數魚類能夠在水中正常生活，因而它們缺乏典型的休眠狀態，但是赤道區的沼澤常有數周或數月幹涸，生活在這裏的魚類必須進入夏眠來抵禦酷暑。
不少迷器族魚類如攀鱸、絲足魚和烏鱧以及其他具有副呼吸器官的魚類在酷暑狀態下將自己埋在泥中，保持麻木過夏，降雨後，池沼和河川充滿水時，它們再度恢複正常的生活。
肺魚類為了在枯水期內避免死亡，有著更為複雜的夏眠方法。非洲肺魚泥魚棲息的小河每年有相當長一段時間幹涸，完全沒有水，由於熱帶的太陽很厲害，酷熱烤得河底的泥巴幹得非常堅硬，在旱季臨近之前，泥魚就會鑽入泥中，由皮膚分泌大量的黏液，這些黏液和泥混合在一起，形成一個堅硬的泥殼，魚包在泥殼中睡眠，一直到下次降雨時才複蘇。在泥殼的內部有一條小路和外界相通，肺魚在殼內休眠時，全靠這條通路來呼吸空氣。肺魚在泥殼中，即使被人掘出來，隻要不剝開泥殼，放置半年時間，肺魚仍然安全無恙。如果把泥殼投入微溫的水中，待泥溶去後，魚在數分鍾內就蘇醒並活潑地遊泳。南美肺魚夏眠時也在泥中造成與非洲肺魚相似的洞穴，不同之處是南美肺魚與外界相通依賴於一個多孔的泥蓋。
生活在多瑙河沿岸水域裏的泥鰍，到了夏天河水幹枯時，就鑽進泥漿裏不吃不喝，進入夏眠狀態，隻靠體內特殊的腸子來呼吸空氣，維持生命。
在南非有一種奇特的樹魚，到了夏天，就爬到樹上的陰涼處，睡上兩個多月，以度過酷暑之日。
冬眠
溫帶和寒帶地區的多種無脊椎動物，兩棲類、爬行類和一些哺乳類動物，在冬季寒冷的外界環境條件下不再活動或心跳緩慢、體溫下降和呈昏睡的狀態，這種現象稱為冬眠。雖然動物在冬眠期間體溫與環境溫度相近，但當它遇到適宜刺激或按自身節律達到覺醒期時，其體溫即可在短期內上升，恢複正常體溫。動物在冬眠期間，呼吸次數、心跳頻率、呼吸耗氧量均大為減少。休眠動物的生理機能的改變主要受神經中樞控製，在休眠期所有內分泌腺均停止活動，各種代謝水平普遍降低，但至覺醒時，各器官的生理活動按一定順序迅速恢複正常，這個過程要消耗大量能量。經過整個冬眠期後，冬眠動物的體重將明顯減輕。
絕大多數魚類沒有冬眠期，當然也有一些例外。有少數魚類為解決嚴寒的困難，在冬季溫度快下降時開始冬眠，直至翌年春季水溫再度上升時才蘇醒。魚類的休眠不像兩棲類、爬行類和哺乳類動物那樣完全處於無意識狀態，而僅僅是中止攝食，隱藏在水藻和岩石間或鑽入泥底洞穴中。例如鯉魚常成群在水的深處越冬，它們數十尾到上百尾在水底造成一窪，圍成一圈，把頭互相倚靠，一直到翌年春天才分散。魚類休眠時呼吸非常遲鈍，鰓蓋的動作好像是很艱難似的。
丁歲魚埋在河泥中過冬，即使是把它們從泥中挖掘出來並放到岸上去，若不用棍棒打一下，還看不出它是活著的。烏鱧到了冬季，移居於深水處，將身體埋在淤泥中越冬，停止攝食，處於蟄居狀態。鰻鱺在冬季有著與烏鱧相似的休眠，它們通常找到深水區後即埋入泥中，然後迅速使自己進入麻痹狀態。海產魚類的冬眠現象非常少，已知鰈的幼魚生活於淺海，冬季埋在沙中，成安息狀態。