1985年3月，《中共中央關於科學技術體製改革的決定》的發布，揭開了我國科技體製改革的帷幕。到目前為止，我國科技體製改革大致經曆了三個階段。第一階段1985~1992年，改革撥款製度，放鬆科研機構的管製。主要政策走向是“放活科研機構、放活科技人員”；第二階段1992~1998年，“穩住一頭，放開一片”。主要政策走向是按照穩住一頭，放開一片的要求，分流人才，調整結構，推進科技經濟一體化發展；第三階段1999~2012年，“科教興國”與建設國家創新體係。主要政策走向是加強國家創新體係建設、加速科技成果產業化，促進科研機構轉製、提高企業和產業創新能力。現行的科技管理體製實際上就是經過三個階段改革後形成的中央和地方政府管理科技的模式，其實質是：以中央和地方公共財政預算撥款為主渠道，國家和地方（2~3級）政府各職能部門分別管理科學技術工作的格局。政府各職能部門各自製定相應的科技發展計劃或規劃，由中央和地方的發改委、科技部（廳）、經濟和信息化委員會、住建部（廳）、農業部（廳）、環保部（廳）等政府組成部門自行組織實施科技項目。
現行的科技管理體製其本質上還不是一個真正與市場經濟體製相適應的體製，存在著職能重疊、條塊分割、多部門交叉、各自為政、重複投資等弊端。宏觀科技管理體製沒有理順，預算、執行和監督三個分立的體係沒有建立起來。就寧夏科技管理體製而言，科技管理的職能分散在寧夏科技廳、發改委、經信委、農牧廳、環保廳、人事廳、寧夏農林科學院、區科協等部門。寧夏本級財政科技投入預算科目繁多，且分散對應各部門，作為寧夏政府科技管理的主要職能部門，科技廳管理和再分配的科技經費約占區財政科技投入總額的20%（2011年，全區財政科技投入約6億元），資源很難實現有效整合。科技創新活動的主體是科技人員，而科技管理部門沒有人事管理職能，“人、事”分離。這樣一個管理格局，其科技管理的總效能就可想而知了……
全國科技創新大會提出“深化科技體製改革”，其實質是深化政府科技管理體製改革，統籌和優化科技資源配置，強化科技資源共享開放，強化企業技術創新地位，建設一支規模宏大、結構合理、素質優良的創新人才隊伍，使科技創新真正成為轉變經濟發展的內生動力。
二、國外科技管理體製借鑒
（一）美國
美國宏觀科技管理部門主要是美國國會和白宮。美國科技創新管理體製，是由美國總統科技辦公室製定戰略政策，並協調各部委製定科技計劃，各部委組織實施科技項目，國會審計署負責審計監督，使決策、執行、監督相分離但又協調運行。國會參議院的科學、商務和交通委員會，眾議院的科學、空間和技術委員會在國家科技政策製定中發揮著重要作用。美國總統通過科技事務助理、白宮科技政策辦公室（OSTP）和總統科技顧問協調科技工作。1993年，聯邦政府為了強化政府對科技的領導，成立了國家科學技術委員會（NSTC），總統兼任主任，由政府各部門主要領導共同組成，同時，還成立了總統科學技術顧問委員會（PCAST），吸收學術界和產業界的人士參與科學決策，NSTC和PCAST對推動科技發展的作用是相輔相成的。NSTC從政府的角度，製定符合國家目標的科技發展規劃，而PCAST從民間、私營及非政府的角度，提供這些科技規劃的反饋意見，並就事關國家發展的重大科技問題積極地向NSTC提出建議。
（二）韓國
1967年，韓國政府設立了科學技術處，作為主管科學技術的行政機構，同時製定了《科學技術振興法》，科學技術處負責製定國家科學技術發展政策、規劃，為政府科研機構、企業和大學提供發展資金，協調政府其他部門製定科技政策等。1988年，對科技管理機構進行改組，成立了專設機構“科學技術委員會”，由副總理級官員任委員長，同時將科學技術處升級為科技部。“科學技術委員會”負責科技工作的宏觀決策和調控，對國家預算有分配權；科技部則負責製定和實施各項政策、規劃，對預算進行具體分配，主管國家具體科技事務。
韓國政府科技管理機構主要有：國家科學技術委員會（NSTC）、總統科技谘詢委員會（PACST）、研究理事會、科技部以及其他相關政府部門組成。