在與夜鶯決裂之後，米迦勒製造了天啟會的內部分歧。而當其影響範圍蔓延並嚴重幹擾到巴別塔之際，米迦勒又率領分化的財團與傭兵武裝開始進攻夜鶯的本體所在……
“也許元老會可以阻止這一切，但你依然不打算將事情透露給他們嗎？”夜鶯的聲音。
“你以為穩操勝券……但運算結果顯示了你的天真……”主腦並不介意眼下的局麵。而它也猜到了夜鶯的想法——如果主腦通報元老會，夜鶯才是所有事情的幕後主使，那麼元老會一定會罷免這位代理人。然而，夜鶯是主腦選擇的繼任代理，那麼元老會也必然因此對主腦產生質疑。而且，這樣的矛盾很有可能會讓前者猜測到主腦的真實意圖。所以，主腦絕不會輕易上當，而與之同時，它也明白夜鶯不可能自己向元老會揭示——那麼做，夜鶯就不可能持續影響主腦的進程；而即使元老會投票罷免了夜鶯的權限，那也不能保證他可以就此突破牢籠獲得自由。因此，在無法自殺的同時，夜鶯隻能麵對永久的禁錮……
“梅塔，這不是在數據模型裏麵。關於運算，你確定不會出錯嗎？”夜鶯依然不相信梅塔的言論。
“作為人類，你考慮的已經足夠周到……但我的運算能力，是你們難以想象的……”主腦並沒有將意思說明。而事實上，它正打算以眼前的局麵來展示自身的力量……
於是，果不其然，當米迦勒等人攻入天啟會的智能大廈，他們各自加密的武裝力量就迅速被主腦破解。而緊接著，那數之不盡的由主腦直接控製的納米蟲群就吞噬了所有人。但就在這一天，米迦勒才看見真正的夜鶯——牢籠中的大腦，因而，他才明白夜鶯真正的用意……
“必然的失敗，你看見了……”主腦控製智能兵器將米迦勒的頭顱提到了夜鶯麵前，“在我結束他之前，你可以與他見上最後一麵……”說著，智能兵器就以電位刺激讓米迦勒睜開了眼睛（於肢體受創而停止生理機能的同時，大腦並不會立刻死亡。事實上，腦細胞還可以繼續存活一段時間）……
“米迦勒……”夜鶯沒有心髒，如果有的話，他必然會感到心痛。而這裏，主腦之所以這麼做，正是要在各方麵讓夜鶯品嚐失敗的痛苦。
“我很羨慕……造物主賜予了你們情感……”作為人造智慧體，主腦並沒有情感。而這時，目睹了這一切的米迦勒嘴唇發出了微微顫抖——或許是因為痛苦，又或許是因為想說些什麼。但他的脖子已被生生割斷，所以既沒有辦法呼吸，也沒有辦法發出聲音。
“米迦勒……”夜鶯主動接入信號到米迦勒的意識中，於是在那朦朧如莫奈的世界裏，他與米迦勒的身影就這樣站色彩斑斕中彼此看著對方……
“還記得嗎？”米迦勒說著，那浮動的天空就顯現出了畢加索的畫作，“曾經，你教我品味他的作品……拿出的就是這張。”一言之下，夜鶯沒有出聲。但這會，米迦勒已經明白了很多事情，於是他接著說道：“你曾說，在人們如機械般麻木，在人們為追求利益與虛榮而犧牲他人之時，我們要堅持對答案的探求……你告訴過我，或許會被無知傷害，但完全沒有必要為之生氣……因為，失望可以淡化這些情緒……所以你冷漠……”
“米迦勒……”夜鶯緩緩走近，他想看清米迦勒那漸漸模糊的臉龐，就好像，是在看向另一個自己。
“現在，我終於明白……”米迦勒的形態開始晃動，這是因為他的意識已經越來越模糊，“或許，已經在答案的邊緣……”由於知道了主腦的存在，米迦勒開始理解夜鶯所做的一切，“如果可能，我會將一切都轉告伊恩……但往後，你將隻剩下自己一人……”說話間，米迦勒朦朧的身影已經開始緩緩消散。
“存在……是痛苦嗎？”這一刻，夜鶯希望聽到來自米迦勒靈魂深處的回答。然而，後者並沒有回音，隻是在那朦朧中隨著淡淡的微笑而消失不見……
“無法忘記……才是痛苦……”在米迦勒的意識模糊之際，主腦切斷了他與夜鶯的連線。“但他很幸運……因為死亡，可以讓他忘記一生的悲喜憂歡……”說著，主腦就控製智能兵器捏爆了米迦勒的頭顱！
“米迦勒！”那一刻，夜鶯感受到了久違的，刻骨銘心的震撼！
“眼前的錯誤，是由你造成的……這是違背運算的下場，違背人類本性的下場……”主腦喘息著，“為什麼……你要讓自身以外的個體卷入進來？他們在自己所了解的範圍裏，隻需要被飼養著度過一生……隻需要如機器般的活過之後遺忘一切……”
“我不相信……”夜鶯打斷道。
“不相信？”主腦說著提高了音量，“人類一出生就伴隨著雜音——他們索要食物、彼此爭鬥又貪慕著虛榮……所以，你在懷疑人類的本質嗎？”
“不，我懷疑的是你……”
“我的存在，是人類文明必須的依賴……”主腦緩緩說道：“明白嗎？人類本就應該順從於自己的欲望……本就應該貪婪且無知的活著……”主腦發出渾厚的轟鳴，“因為造物主留下這一切，本意就是讓我打理……所以，人類天性服從於權威，而我正是至高無上的權威；所以，人類天生不具備獨立思維，因為我早已為你們想好了一切……所以，”強調，“你們本應歸順於我……”
“他要的不是順從……也不是叛逆……”此刻，夜鶯並沒有理睬主腦，而隻是望著那血淋淋的地麵感受著來自靈魂的衝擊。
“那麼，繼續嚐試吧……直到你相信為止……”
……
……
公元2150年，主腦完成了對巴別塔的同化。雖然，這比原定計劃晚了20年，但在元老會的宏觀操控下，它仍然領先於方舟。於是，從這一時期開始，基於對記憶的操控和曆史數據的篡改，夜鶯和主腦的暗鬥便跨越了數不盡的時空，並且首尾相接呈現出了克萊因瓶結構……