“琥珀宮”究竟早已毀於戰火之中，還是仍然藏在世界上的某個角落裏，等待著人們去發現呢？有的人認為，1945年蘇聯紅軍發動攻勢時，炮彈擊中了柯尼斯堡，“琥珀宮”早已毀於戰火之中，但一位蘇聯老兵和俄羅斯文化基金會的一位顧問認為，在柯尼斯堡被攻下之前，城堡已經起火，城市被攻下後城堡繼續燒了3天。這位老兵曾聽一位德國看守人說過，“琥珀宮”拆下的壁板已經被裝箱，還未來得及運走，被放在城堡的地下室裏。蘇聯紅軍當然沒有理由去燒毀自己國家的稀世珍寶，這表明另有一支秘密部隊，很可能是納粹分子的地下秘密組織，執行了納粹德國的命令。當時紅軍正在殊死激烈的戰鬥中，柯尼斯堡有著複雜的堡壘要塞係統，他們當時還未能完全控製局勢。大火從市郊向城市中心蔓延，蘇聯紅軍經過幾個月的連續戰鬥，官兵們都已精疲力竭，德國軍隊守住了碼頭區域，城市人口幾乎全部撤退了，整個地區陷入火海，到處是一片混亂。如果這時候有人乘亂秘密將“琥珀宮”隱藏起來，並不為人所知，那也是很容易做得到的。1967年蘇聯政府成立了一個特別委員會尋找“琥珀宮”和博物館裏的其他寶貴文物。它的總部設在莫斯科，但是進行具體尋找工作的卻是在波羅的海地區的加裏寧格勒考古探險隊，探險隊無法接觸到許多高層秘密，而且他們的工作經常受到官僚主義的影響。這個探險隊本身也屬於一個保密單位，他們的工作內容也屬機密。但即使是他們也無法接觸到蘇聯被劫文物的有關秘密檔案。
“琥珀宮”另一個可能的埋藏地點是帕拉阿城堡。當年羅德博士從內務人民委員會的眼皮底下溜出城去，很可能與此有關。帕拉阿是俄國波羅的海沿岸一個重要的海軍基地，位於加裏寧格勒的西麵。20世紀40年代時，自從蘇聯方麵得知德國軍隊在這個地區布置了許多炸藥和地雷之後，城堡的地窖就被封住了。這個城堡曾是納粹德國的軍事指揮部，但是當紅軍進入城堡的時候，沒發現一個德國軍官，原來他們早已利用秘密通道逃出了城堡。以後這個地區就被用作蘇聯海軍的一個秘密基地。有人猜測“琥珀宮”可能被藏在波羅的海的海邊地區，最近的一些發現支持了這一假設。國際上的一些尋寶者一直沒有放棄尋找“琥珀宮”的努力，他們挖遍了所有的地窖、鹽井，搜尋了許多教堂和洞穴。他們到過許多國家，包括奧地利、德國、波蘭、立陶宛以及捷克等。有的人認為“琥珀宮”仍然被藏在加裏寧格勒半被水淹的洞穴裏，好幾個潛水者為了發現納粹德國是否將“琥珀宮”藏在那裏而白白送了性命。漢斯·斯塔德爾曼是一位德國研究人員，他深信納粹德國將“琥珀宮”的壁板藏在了魏瑪鎮的建築物下麵。在加裏寧格勒的海灘地區，人們常可以揀到一些天然琥珀的碎片，那是波羅的海的波浪將它們衝上岸來的。大海和海岸一直將秘密隱藏得很好。
1997年，一位德國警察發現了“琥珀宮”壁板上其中的一塊鑲嵌物，他的父親是前德國軍官，戰爭時期曾護送“琥珀宮”到柯尼斯堡，因此一看就知道它的來曆，這位警察通過律師將這件鑲嵌物出售。它是一塊長70．5厘米，寬55厘米的壁板，上麵的圖畫描繪了一對情侶牽著他們的狗在公園裏散步。