拂曉時分，解放軍29軍87師259團1營2連約30名戰鬥骨幹在營教導員李風池率領下乘著1艘汽艇來到古寧頭海灘，接應傷員後撤，結果上船的人太多，又逢低潮，船隻擱淺動彈不得，天亮後國民軍占領古寧頭村並很快湧到海灘，李風池和眾多傷員全部被俘。
27日，古寧頭村雖被國民軍占領，但各地仍有解放軍餘部在堅持戰鬥，因此古寧頭地區終日槍聲不絕，戰鬥不斷。國民軍海軍發現在古寧頭沿岸崖下地麵炮火死角聚集不少解放軍，便迅速派出掃202號和南安號兩艘吃水較淺的軍艦駕駛近古寧頭，用艦炮進行抵近射擊，給予解放軍重大殺傷。在國民軍海陸協同夾擊下，古寧頭地區的解放軍傷亡慘重，非死即俘，至上午10時，古寧頭地區大的戰鬥已基本結束。
數百名解放軍乘夜色衝出包圍，進入金門島東部山區，下午國民軍搜索部隊在雙乳山地區發現解放軍一部，經短暫戰鬥後，解放軍餘部繼續轉移。
28日起國民軍開始在全島進行搜捕，上午，由251團團長劉天祥和政委田誌春率領的數十人在沙頭地區遭到包圍，劉天祥受傷被俘，其餘人也同時被俘。
經過一夜戰鬥，246團團長孫雲秀身邊隻剩下12人，不久也被國民軍搜索部隊發現，孫雲秀高聲大喊：“朋友，過來吧，我是團長！”國民軍端著刺刀衝了過來，孫雲秀連開數槍，打倒了衝在前麵的幾名****，隨即將最後一發子彈射進自己的頭顱！餘部大多被俘。
27日中午，國民軍東南軍長長官陳誠抵達金門視察，下午他乘車經過132高地附近，近百名解放軍突然衝出，令陳誠飽受一驚，隨行的警衛部隊立即展開戰鬥隊形，一麵還擊一麵喊話，此時這些解放軍餘部已經糧盡彈絕，精疲力竭，又見大勢已去，便繳械就俘。這才使陳誠有驚無險，平安而歸。
金門島上的戰鬥直到28日才逐漸平息，但零星戰鬥持續更長。在金門島上堅持戰鬥時間最長的莫過於253團團長徐博，他在26日晚突出重圍進入東部山區後，就一直隱蔽在北太武山的山洞中，靠挖食地瓜等植物充饑，孤身活動等待第二次登陸！直到1950年1月，即金門戰鬥結束三個月後才被國民軍發現俘虜，被俘之時他衣衫襤褸，須發皆長，形同野人，但其不屈的精神與戰鬥意誌，連國民軍都深為折服。
十月二十七日清晨一時，戰事結束。據比較準確的估計，我軍將近三千人戰死，被俘六千多人。國民軍陣亡一千二百多人，負傷一千九百餘人。國民軍第十四師四十二團中校團長李光前勇戰犧牲，為國民軍捐軀之最高階軍官，金門人為感念其英烈，特建廟崇祀，尊為“將軍”。
國民軍第十一師在古寧頭大捷居功至偉。
1949年2月，蔣介石命令胡璉重建第十二兵團。同年3月成立新第十一師，以劉鼎漢為師長，下轄第三十一團（團長黃昱軒）、第三十二團（團長王誠華）、第三十三團（團長陸誌家）三團，駐防鬆陽，歸第十八軍指揮。第十一師重建後在浙南的“圍剿”解放軍地方遊擊部隊，繳獲的槍械陸續補充其它幾個師，使得它們初具規模。4月21日，解放軍渡過長江，23日，解放南京。蔣介石將第十一師撤往台灣。同年6月，胡璉從江浙撤往江西，準備從江西撤往粵東潮梅，從汕頭口岸逃往台灣。蔣介石將第十一師運來汕頭占領潮汕，打通潮梅走廊（即興揭公路和韓江水路），接應胡璉。8月上旬，胡璉在劉鼎漢及當地駐軍喻英奇的接應下來到潮汕。7月5日，中國人民解放軍閩粵贛邊縱隊攻打潮陽赤寮的國民黨黃少初保安營，劉鼎漢率部來援，遭到阻擊，損失60多人。9月下旬，劉鼎漢進攻大北山遭到慘敗，隨著第十二兵團逃到了金門。10月9日，第十一師所屬之第三十一團大嶝島戰役中被解放軍重創，團長陳以惠率部趁夜間落潮涉水逃到金門，劉鼎漢把師屬警衛營全部補充給了第三十一團，部署在北太武山東側作為守備隊使用，其後陸續登陸兩個團部署在島嶼東部擔任警備。10月24日，解放軍向金門發動進攻。10月25日，第三十一團在團長陳以惠的率領下開始沿金門北部海岸向西反擊。當部隊推進至古寧頭東北方的海灘時，把解放軍擱淺在沙灘的二百多條木船全部摧毀，斷絕了部分解放軍的第二梯隊援助，並向當麵之解放軍發動猛攻，使解放軍遭受了部分損失。由於情報、潮汐、兵力等諸多原因，解放軍登島的四個團為國民黨部隊消滅。