雍正帝自繼位後，以嚴法治官吏，以重刑懲罪人，並且廣布偵探，察人隱私，無孔不入。特別是他對宗親骨肉之寡恩少義，不免使後世流言紛起，頗多惡名。
康熙帝去世後，蘿卜藏丹津更加猖狂，自稱達賴汗台吉，裹脅20萬人打起反清旗號，到處燒殺搶掠。這時雍正帝剛繼位不久，內憂未平，外患又起，但雍正帝果斷地命年羹堯為川陝總督、撫遠大將軍會同四川總督嶽鍾琪進剿蘿卜藏丹津。
年羹堯與嶽鍾琪均是戰場上的宿將，富有戰鬥經驗。年羹堯兵分兩路，自帶一路進兵疏勒河、巴塘、黑塘一帶。命嶽鍾琪帶領兵馬攻鎮南、西川、北川諸堡，抄其後路。年羹堯的先頭部隊因不了解地形，被蘿卜藏丹津用誘兵之計騙人沼澤地，殺得大敗。年羹堯得知消息後，命士兵每人準備兩捆幹草與木枝，夜襲蘿卜藏丹津。蘿卜藏丹津自以為有天然屏障，可高枕無憂，況且白天清軍已被打得大敗，絲毫沒有防備，結果被清軍殺得大敗後而逃竄到郭隆寺，與胡必爾汗會合。還沒等二人商好對策，嶽鍾琪大軍已包圍了郭隆寺，嶽鍾琪親自指揮一舉攻下郭隆寺。蘿卜藏丹津與胡必爾汗奪路逃回老巢烏蘭穆和爾。
年羹堯坐鎮西北，擁兵自重、幹預朝政。年羹堯自平定青海後，雍正帝封一等公，金黃服飾，三眼花翎，四團龍捕。其兒子年一封一等男。連家奴魏之耀還是四晶頂戴。可見權傾朝野。年羹堯進京時，聲勢浩大，眾公卿跪接於廣寧門外，然而年羹堯不屑一顧，竟揚鞭策馬而過。在雍正帝麵前，隨隨便便坐著，毫無君臣之禮。生性多疑的雍正帝豈能容忍太久。隆科多以擁戴之功，把持朝政，雍正帝繼位之初，凡是下詔、傳諭均稱舅父隆科多，這豈能長久。雍正帝決定采取國師文覺禪師之計：“隻要師出有名，恃機而動，不怕過河拆橋。”
雍正帝頭一個目標就是年羹堯，首先分化瓦解其內部，去其臂膀，先後將川陝官員中年羹堯的親信全部調出，提高官職。然後收買其內部見利忘義的小人，或忠於朝廷者。年羹堯屬下有個叫蔡埏的，是年羹堯一手提拔的，在四川任巡撫。年羹堯命其鑄錢等，蔡埏都沒有辦，為此二人反目成仇，年羹堯羅其罪名將其撤職查辦，上奏朝廷經刑部擬斬。雍正帝見到這份奏折，十分高興，傳旨親自召見。雍正帝首先赦其死罪，然後詳細詢問四川情況。蔡埏感謝皇帝不殺之恩，遂將四川情況如實上奏，又將川陝情況及其所知又誇大其辭，並給年羹堯羅列數十條罪狀，雍正帝心中暗喜，啟用蔡埏為左都禦史。
雍正三年二月天空出現“日月合壁，五星連珠”的奇觀，人們認為這是祥瑞，紛紛上書皇帝表示慶賀。年羹堯也照樣寫一賀詞，但卻把“夕惕朝乾”，寫成“朝惕夕乾”整個意思反了，雍正帝一見，十分震怒，認為年羹堯對皇上不敬，別有所圖。立即下詔撤大將軍之職，調任杭州將軍。年羹堯接旨三日後方將印信交給嶽鍾琪。這時有個幕僚勸其造反，年羹堯沉默很久，方說：“這事是辦不成的，還是到杭州去。”誰知到杭州，雍正又下旨，奪去將軍之職，令其看守誦金門。這時年羹堯方如夢初醒，不由得牢騷滿腹，怨氣衝天。