1861年內戰爆發，本來規模就很小的聯邦軍隊分崩離析，交戰雙方緊急組建部隊，各州在民兵的基礎上建軍，其核心就是西點畢業生。已經是俄亥俄密西西比鐵路地區總裁的麥克萊倫奉命出掌俄亥俄軍事部。也許是由於同樣來自伊利諾斯的林肯對家鄉州的偏好，盡管麥克萊倫是民主黨人，這位退役的上尉很快升為少將，成為聯邦軍中除斯考特之外的第二號人物。在西維吉尼亞戰役中，他擊敗了李將軍，為聯邦拿下西維吉尼亞。年輕的麥克萊倫此時壓倒號稱美國最優秀的軍人的李將軍，小拿破侖的稱號應運而生。
南北雙方在奔牛河進行頭一場大戰。麥克道爾將軍率領北軍西進，盡管戰役計劃的製定和執行漏洞百出，可是麵對同樣漏洞百出的南軍，麥克道爾將軍離勝利近在咫尺，隻要衝過哈瑞高地，擊垮那一旅遠道而來依然暈車的維吉尼亞人就可以取得勝利。這一旅維吉尼亞人和高地前潰敗的喬治亞人一樣沒有經驗，但他們有一位最冷靜的指揮官。“看，維吉尼亞人，站在那裏像石牆一樣”。麥克道爾成了“石牆”傑克森手下的頭一位敗將。林肯在滿城風聲鶴唳中，任命麥克萊倫為聯邦軍總司令，而此時麥麥克萊倫年僅34歲。
不是每一個軍人都有參加大戰的運氣，在大戰開始之際，以最高軍銜獨擋一麵，1861年的麥克萊倫是十分幸運的。
軍權在手並沒有給麥克萊倫多少喜悅。第一次孟納薩斯戰役以後，北方大規模征兵，華府聚集了十萬人馬，可是有經驗的軍官寥寥無幾，麥克萊倫麵臨的挑戰是把這一大群熱血沸騰的老百姓組織訓練成一支軍隊。
論組織才能，不僅當時的南北雙方，就是美軍曆史上恐怕也無人能出其右，短短幾個月，麥克萊倫把這一群烏合之眾訓練成一支後來林肯依為幹城的軍隊：波托馬克軍團。麥克萊倫還要繼續練兵，可是林肯已經等不及了，他不停的催促麥克萊倫進軍裏士滿。
麥克萊倫在林肯的催促下終於行動了，按照他製定的半島戰役計劃，將十萬大軍海運到維吉尼亞半島，然後向裏士滿推進。稍受抵抗以後，小心翼翼的麥克萊倫步步為營，不斷要求增援，等到終於聽得到裏士滿教堂鍾聲的時候，李已經消除了西部的威脅，集中兵力反攻，七日血戰，麥克萊倫且守且退，從裏士滿城下退到海邊，靠海軍的掩護才站穩了腳。
雖然實力還在，可是林肯再也不肯依賴麥克萊倫，於是從西部調來了盛氣淩人的波普取代了麥克萊倫。在等待波托馬克軍團從海路返回華盛頓的時刻，波普組建了另外一支大軍：美國軍團。失意的麥克萊倫慢吞吞地把部隊一船一船地往回運。
在馬裏蘭戰役中，麥克萊倫動作遲緩，導致哈伯渡口1．2萬名美軍向“石牆”傑克森投降。
正當麥克萊倫等待全軍上岸，然後交出指揮權的時候，波普狼狽不堪地從孟納薩斯回來，在波托馬克軍團的嘲笑聲中，美國軍團煙消雲散。和其他聯邦將領相比，波普算不上愚蠢，可惜他同時遭遇了美軍曆史上排名第一和第二的名將——李和傑克森將軍。在第二次孟納薩斯戰役中兩位將軍密切配合，指揮藝術發揮得痛快淋漓。驚慌得從椅子上摔下來的林肯隻好請麥克萊倫重新掛帥，得知這一消息的波托馬克軍團幾萬人齊聲歡呼。
剛剛重掌帥印的麥克萊倫還沒有來得及對連續吃了兩次敗仗的軍隊進行重組，便不得不重上戰場。李將軍在第二次孟納薩斯戰役結束後不到一周，便率領缺少裝備但士氣高昂的北維吉尼亞軍團入侵馬裏蘭。以他對麥克萊倫的了解，李將軍認定這位昔日的下屬起碼要花20天才能趕到，這段期間李和他那支寡不敵眾的部隊可以補充給養，然後在有利地形進行決戰。可是這一次麥克萊倫一反常態，行動迅速，在李將軍決定轉戰賓州的四天以後，就趕到了被李遺棄的營地。
趕到佛雷特裏克的麥克萊倫對下一步的行動並沒有計劃好，直到手下在街上把一張紙交到他手裏——李將軍的詳細行動計劃被遺失在營地裏，現在在麥克萊倫手中，他馬上知道該怎麼辦了。對抗敵人入侵的麥克萊倫麵前有一個千載難逢的機會——隻要馬上出發，翻過南山，李將軍那支本來就弱小而且兵分兩路的部隊就逃脫不了滅亡的命運，年輕的“拿破侖”將成為內戰的終結者。
在先鋒部隊已在山口之時，麥克萊倫居然16小時按兵不動，給了李將軍調兵搶先占領南山山口的時間。等麥克萊倫擊敗守軍，越過南山，再度猶豫不決時，傑克森已經在渡口完勝，連夜會師安特提姆，千載難逢的機會就這樣白白地流失了。美國曆史上最血腥的那天，麥克萊倫依舊有好幾次機會粉碎李將軍和他的北維吉尼亞軍團，可惜這位優秀的組織專家在指揮戰鬥上是庸才。麥克萊倫直到臨死，一直以這一天作為他生命最值得驕傲的日子，不管怎麼說，他最終將敵人趕回維吉尼亞。不僅使主戰的共和黨在中期選舉中獲勝，而且給了林肯一個盼望已久的理由，簽署了對內戰結局至關重要的廢奴宣言。