格利佛又要去旅行了。這一次他乘坐的是“探險號”輪船。半路上，遇到了風暴，船漂到了一個陌生的地方。這時候，船上的淡水快用完了，格利佛和幾個水手登上一座荒島去找水。突然，他們發現一個跟教堂的尖頂一樣高的巨人在追趕他們。其他的同伴都逃回船上去了，格利佛晚了一步，沒跟上大家，被留在荒島上。
格利佛害怕極了，慌亂中爬上了一座很陡的高山。他向四周望了望，看到有一個山村，還種植著莊稼，可是很奇怪，這裏的青草長得比人高，莊稼長得就像森林一樣高大、茂密。格利佛進了一塊麥田，在裏麵什麼也看不見。大約過了一個小時，麥田裏來了幾個人，他們是來收割莊稼的。格利佛眼看就無處藏身了，便躺在草叢中等死。
一個巨人發現了躺在草叢中的格利佛。一開始，那巨人又驚又怕，以為格利佛是什麼危險的動物，用兩個手指像抓一隻蒼蠅那樣，把格利佛高高地舉在空中。格利佛疼得要命，又害怕被巨人摔死，就向巨人苦苦哀求。那巨人好像聽懂了格利佛的意思，把他放在衣袋裏，交給了主人，並把發現格利佛的經過對主人說了一遍。
主人觀察了格利佛的一舉一動，相信他是與人類似的動物，就把他帶回了家。
巨人一家對格利佛很友好。那個主人叫他9歲的女兒做格利佛的保姆和老師，教他學巨人國的語言。還給他取了個名字，叫格立錐格，意思是小人。
巨人在麥田裏撿到了一個形狀像人的怪物的消息，很快就傳開了。主人聽從朋友的意見，在一個集日把格利佛帶到了集市上，讓他表演了許多節目，主人賺到了一大筆錢。
從此，主人就帶著格利佛到全國各地去展覽演出，後來到了首都。國王下了一道命令，要那個巨人帶著格利佛進宮，為王後表演。看了格利佛的表演後，王後舍不得讓他走，就用1000塊金幣把格利佛買了下來。國王開始以為格利佛是由哪位高明的工匠裝配起來的機器，格利佛就向國王講述了自己是怎樣來到這裏的，還把自己國家的事情講給國王聽。國王相信了格利佛的敘述，叫王後好好照顧他。
王後命令木匠給格利佛做了一個箱子居住；每逢吃飯的時候，王後總要格利佛陪她一起吃。國王也喜歡格利佛，空閑時總喜歡和格利佛一起談話，讓格利佛給他講述有趣的事情。
王後身邊有一個矮子，隻有其他巨人一半那樣高，但還是比格利佛高許多倍，就常常欺侮格利佛。巨人國裏的蒼蠅，有老鷹那樣大，常常飛到格利佛的臉上捉弄他。一次，格利佛在王宮裏看花，一條像大象一樣高大的狗，把格利佛當成小兔子咬在嘴裏。格利佛嚇得昏了過去，幸虧狗沒有咬傷他的身體。
格利佛在王宮裏雖然受到國王和王後的喜愛，但他總盼望著有一天能回到自己的祖國去。
一晃兩年已經過去了。一天，國王和王後要到外地去旅行，把格利佛一起帶去。到達目的地以後，一個仆人拎著格利佛居住的木箱子，到海邊去讓他呼吸些新鮮空氣。
木箱子放在海邊，被一隻老鷹發現了。老鷹想把箱子裏的格利佛吃掉，就把箱子叼走了。剛飛到半空中，便遭到其它老鷹的搶奪，箱子掉到了海裏。
格利佛在箱子裏拚命喊救命，還把手絹係在木棒上，伸出窗口揮舞，盼望有人來救他。大約過了一個小時，一艘客輪駛經這裏，船上的人驚奇地發現了箱子裏的格利佛，把他救了出來。格利佛再次回到了家鄉。
由於格利佛在巨人國住了兩年，已經看慣了那裏的一切，回家後，看到的房屋、樹木、牛羊都非常矮小，覺得很不適應，甚至以為自己又回到了利立浦特小人國。過了很久以後，他才慢慢地習慣了。