瓦克斯曼經過三年的研究，確認進入土壤中的結核杆菌，最終在土壤中全部被消滅了，一株也不複存在。那麼是什麼東西消滅了結核杆菌呢？一係列的實驗表明，估計是土壤中那些無毒性而又具有強大殺菌能力的微生物所為。可是，微生物是一個微觀的“王國”，在這個王國裏，有許多家族，在每個家族中又有成千上萬個子子孫孫。想要在這個擁有10萬種以上的“居民”王國裏，尋找殺死結核杆菌的微生物，真像大海撈針一樣。
瓦克斯曼的研究組麵臨的是一項十分繁複而又非常細致的工作。在一塊土壤中常常有幾千種細菌存在，而它們的生活習性又各自不同，研究人員必須一絲不苟地先將它們一種一種分離出來，再按它們的要求在不同的培養基裏進行純粹培養，獲得分泌物以後，還要在病原菌或其他細菌中進行殺菌效能檢驗。
1940年，瓦克斯曼的研究組終於分離出第一種抗生素，定名為“放線菌素”，因為是由一種放線菌產生的，就把這種放線菌叫“抗生素放線菌”。放線菌素對很多種細菌有很強的抑製作用，但對結核杆菌卻沒有抑製作用，而且對實驗動物的毒性也很大，根本沒有希望應用於臨床，於是他們決定擴大研究範圍。1942年，他們又分離到一種鏈絲菌，它產生的抗生素既能抑製革蘭氏陽性、陰性細菌，也能抑製黴菌，而且對實驗動物的毒性也不大，它對結核杆菌也有抑製作用，還能耐熱，耐酶的分解作用。但可惜的是在臨床試驗中，發現它的積蓄毒性太大。通過這些研究，他們進一步完善了研究方法。他們發現放線菌在液體培養基中更易產生抗生素，活性物質的分離方法中以活性炭吸附，然後用酸處理較好，用革蘭氏陰性菌（包括結核杆菌）測定抗生素抗菌性能的方法也得到了完善。這就為他們進一步地研究發現新抗生素打下了基礎。瓦克斯曼經過考慮，想到既然鏈絲菌能夠產生抗結核杆菌的抗生素，就決定縮小尋找範圍，專門從土壤中尋找新的鏈絲菌。土壤是黴菌的寶庫，當時他們已經從土壤中研究了不下1萬種黴菌。
1943年9月，他們分離出一種完全符合要求的灰色放線菌（後來命名為灰色鏈黴菌），並發現它可以對結核杆菌產生抑製作用。經過提煉研製成新的抗生素，並順利地通過了對動物的實驗和長期觀察，確認這種新藥物具有治療結核病的特效，並對動物無害。幾個月後，開始對人體進行臨床試驗，證實了它的醫療價值。於是，又擴大實驗範圍，證明對治療結核性腦膜炎也有特效。就這樣，瓦克斯曼和他的助手於1944年1月正式宣布這個新的抗生素——鏈黴素誕生了。鏈黴素是繼青黴素之後第二種用於臨床的抗生素，它的抗結核杆菌的特效作用，開創了結核病治療的新紀元。
1952年10月，瓦克斯曼因發現鏈黴素榮獲諾貝爾生理學和醫學獎。此後，它繼續研究抗生素，一生中與其學生一起發現了20多種抗生素，以鏈黴素和新黴素最為成功。
鏈黴素與青黴素殺菌原理不同。青黴素是“強攻”病菌的細胞壁，導致其缺損，從而使病菌失去保護屏障，繼而破裂死亡。鏈黴素棄強攻而選擇智取，它主要作用於病菌的核糖體，這種細胞器在細菌中的角色是蛋白質“加工廠”，細菌生長繁殖所必需的蛋白質都由這一加工廠出品。鏈黴素占領並破壞了加工廠後，病菌如同被掐住了七寸的毒蛇，除了乖乖送命別無他途。
福斯曼與心髒導管術
心髒導管術是用X線不能透過的尼龍導管，在患者的四肢靜脈或動脈插入心髒各部，借以了解心髒血管係統動力改變的一種檢查方法。它有助於明確先天性心髒病的診斷，並能準確提供血液動力學資料。這一醫療技術的發明者是德國著名的外科醫生沃納·福斯曼。
福斯曼於1904年生於柏林。18歲時，福斯曼考入柏林大學醫學院。由於家境貧寒，福斯曼不得不一邊工作，一邊上學。1928年，福斯曼以優異的成績通過了國家考試，並獲得醫學博士學位，受聘於柏林一家醫院，當上了一名住院醫生。當時，心髒病是所有疾病中死亡率最高的。福斯曼看到一個心髒病患者，因得不到及時、有效的治療而死去，心裏十分難過。他決心以最大的努力，尋求一種新的、有效的方法來治療心髒病。
一天，福斯曼突發奇想：傳統的心髒檢查方法，諸如叩聽診法、X射線透視法、心電描記法等，對心髒外科的診斷和適應症來說都不夠用，急需發明一種觸及心髒內部的方法，用以測量壓力、直接采血、便於檢查氧氣和二氧化碳含量、給有生命危害的病人使用速效藥，以及使用X射線造影劑，查出心髒的解剖學情況和血流狀態。