有性孢子
（1）卵孢子：下彎綿酶的卵孢子是由兩個異型配子囊——雄器和藏卵器接觸後，雄器的細胞質和細胞核經授精管進入藏卵器，與卵球核配，最後受精的卵球發育成厚壁的、雙倍體的卵孢子。
（2）接合孢子：接合菌的有性孢子。是由兩個配子囊以配子囊結合的方式融合成1個細胞，並在這個細胞中進行質配和核配後形成的厚壁孢子。
接合孢子
（3）子囊孢子：子囊菌的有性孢子。通常是由兩個異型配子囊——雄器和產囊體相結合，經質配、核配和減數分裂而形成的單倍體孢子。酵母菌子囊孢子形成過程子囊孢子著生在無色透明、棒狀或卵圓形的囊狀結構即子囊內。子囊孢子每個子囊中一般形成8個子囊孢子。子囊通常產生在具包被的子囊果內。子囊果一般有四種類型，即球狀而無孔口的閉囊殼，瓶狀或球狀且有真正殼壁和固定孔口的子囊殼，由子座溶解而成的、無真正殼壁和固定孔口的子囊腔，以及盤狀或杯狀的子囊盤。
（4）擔孢子：擔子菌的有性孢子。通常是直接由“+”、“-”菌絲結合形成雙核菌絲，以後雙核菌絲的頂端細胞膨大成棒狀的擔子。在擔子內的雙核經過核配和減數分裂，最後在擔子上產生4個外生的單倍體的擔孢子。
擔孢子的形成
此外，有些低等真菌如根腫菌和壺菌產生的有性孢子是一種由遊動配子結合成合子，再由合子發育而成的厚壁的休眠孢子。
電子顯微鏡下的擔孢子
真菌通過營養階段後便進入繁殖階段，大多數的真菌既能進行無性又能進行有性生殖，而且以無性生殖為主。有的菌種缺少無性繁殖階段，而有些菌種缺少有性繁殖階段。
在適宜的條件下，真菌就是靠著它們的有性生殖或無性生殖進行大量的繁殖。因此我們才可以看到遍地的蘑菇拔地而起，市場上一紮紮的金針菇，還有大隻的靈芝出現在大眾麵前；同時我們也可以知道為何皮膚病、肺炎、支氣管炎如此的猖狂，對人類的危害如此肆無忌憚。
真菌繁殖後得到什麼結果呢？
答：在自然基質或人工培養基上由一段（或一叢）菌絲或一個（或一堆）孢子發展而成的菌絲體的整體稱菌落。也就是說我們在農家園裏看到的蘑菇或者在市場上看到的金針菇是它們的孢子繁殖後形成的菌落。