真菌和細菌，一個是真核細胞，一個是原核細胞。原核細胞是最簡單的細胞結構了，它沒有真正的細胞核，隻有一個擬核。
真菌不等同於病毒，同樣，它也不等同於細菌，它們都同屬於微生物類。微生物是包括細菌、病毒、真菌以及一些小型的原生動物等在內的一大類生物群體，它們個體微小，卻與人類生活密切相關。微生物在自然界中可謂“無處不在，無處不有”，涵蓋了有益有害的眾多種類，廣泛涉及健康、醫藥、工農業、環保等諸多領域。
細菌和真菌都同屬菌類，但它們卻有本質上的區別。真菌的細胞是真核細胞，有真正的細胞核；而細菌的細胞是原核細胞，沒有真正的細胞核，隻有原核或擬核，所含的一個基因帶（或染色體），是環狀雙股單一順序的脫氧核糖核酸分子，沒有組蛋白與之結合，無核仁，缺乏核膜。
原核細胞
真菌細胞
細菌隸屬生物學一類，是一類形狀細短，結構簡單，多以二分裂方式進行繁殖的原核生物，是在自然界分布最廣、個體數量最多的有機體，是大自然物質循環的主要參與者。細菌主要由細胞壁、細胞膜、細胞質、核質體等部分構成，有的細菌還有夾膜、鞭毛、菌毛等特殊結構。絕大多數細菌的直徑大小在0.5微米~5微米之間。細菌結構細菌細胞的外層原生質中有70S核糖體與中間體，缺乏高爾基體、內質網、線粒體和中心體等。轉錄和轉譯同時進行，四周質膜內含有呼吸酶。無有絲分裂和減數分裂，脫氧核糖核酸複製後，細胞隨即分裂為二。
細菌是生物的主要類群之一，屬於細菌域。細菌是所有生物中數量最多的一類，據估計，其總數約有5×1030個。細菌的個體非常小，體積在0.2微實～100微米不等，目前已知最小的細菌隻有0.2微米長，因此大多隻能在顯微鏡下看到它們。細菌一般是單細胞，細胞結構簡單，缺乏細胞核、細胞骨架以及膜狀胞器，例如粒線體和葉綠體。基於這些特征，細菌屬於原核生物。
細菌廣泛分布於土壤和水中，或者與其他生物共生。人體身上也帶有相當多的細菌。據估計，人體內及表皮上的細菌細胞總數約是人體細胞總數的十倍。我們的雙手總是沾滿了細菌此外，也有部分種類分布在極端的環境中，例如溫泉，甚至是放射性廢棄物中，它們被歸類為嗜極生物，其中最著名的種類之一是海棲熱袍菌，科學家是在意大利的一座海底火山中發現這種細菌的。然而，細菌的種類是如此之多，科學家研究過並命名的種類隻占其中的小部分。細菌域下所有門中，隻有約一半包含能在實驗室培養的種類。
細菌的營養方式有自養及異養，其中異養的腐生細菌是生態係統中重要的分解者，使碳循環能順利進行。部分細菌會進行固氮作用，使氮元素得以轉換為生物能利用的形式。
腐生細菌在自然中的分解作用
細菌可以以無性或者遺傳重組兩種方式繁殖，最主要的方式是以二分裂法這種無性繁殖的方式：一個細菌細胞的細胞壁橫向分裂，形成兩個子代細胞。並且單個細胞也會通過如下幾種方式發生遺傳變異：突變——細胞自身的遺傳密碼發生隨機改變；轉化——無修飾的DNA從一個細菌轉移到溶液的另一個細菌中；轉染——病毒的或細菌的DNA，或者兩者的DNA，通過噬菌體轉移到另一個細菌中；細菌接合——一個細菌的DNA通過兩細菌間形成的特殊的蛋白質結構，接合菌毛，轉移到另一個細菌。細菌可以通過這些方式獲得DNA，然後進行分裂，將重組的基因組傳給後代。許多細菌都含有包含染色體外DNA的質粒。
細菌以二分裂的方式繁殖，某些細菌處於不利的環境，或耗盡營養時，形成內生孢子，又稱芽孢，是對不良環境有強抵抗力的休眠體，由於芽孢在細菌細胞內形成，故常稱為內生孢子。