後來全真七子被裘千丈所騙誤以為周伯通被黃藥師所殺，因而在牛家村內與黃藥師展開激烈交戰，黃藥師功夫著實了得，在“全真七子”的最大絕學“天罡北鬥陣”之下，仍然能憑“桃華落英掌”掌法等高超武功以一敵七維持平手局麵。但歐陽鋒突然出手所致譚處端被殺、梅超風受重傷。後江南七怪趕到，黃藥師決心為梅超風報仇而準備殺死江南七怪。郭靖、黃蓉出現而作罷，並為受傷的郭靖治好了傷。隨後得知了傻姑正是曲靈風之女，因而收下並傳授武功。[10] [11]
第二次華山論劍，黃藥師的“桃華落英掌”至“奇門五轉”多套掌法下，三百招內仍無法擊倒郭靖，自
認落敗；後來逆練《九陰真經》的歐陽鋒突然出現，黃藥師運起“彈指神通”，哪知遭歐陽鋒怪異無倫，一口咬住黃藥師食指，無奈之下，連黃藥師隻得默認他“武功天下第一”。[12]
郭靖、黃蓉參與華山論劍之後，由黃藥師主持成婚，在桃花島歸隱，黃藥師性情怪僻，不喜熱鬧，與女兒女婿同處數月，不覺厭煩起來，留下一封書信，要另尋清靜之地閑居，徑自飄然離島[13] 。
經過江南陸家莊時，黃藥師使用“彈指神通”壓倒性的力量輕鬆製服“赤練仙子”李莫愁，並破了她的“冰魄銀針”，順道救了程英，當關門弟子[14] 。
後來程英、楊過、陸無雙遭遇李莫愁，黃藥師便幫助解圍。與楊過一見如故，並願意收楊過為徒好讓楊過與小龍女在一起，楊過不願屈服於禮法。後來李莫愁說以多欺少，黃藥師不願與她相爭，後來便傳授楊過“彈指神通”後離去[15] 。
在郭襄16歲生日之際，利用彈指神通打死霍都，並與楊過一同來到英雄大會比武台。隨後楊過使用“黯然銷魂掌”與黃藥師一同趕跑彭連虎等人，並隨後得知世上並無”南海神尼“[16] 。
蒙古大軍圍困襄陽、郭襄被金輪法王所抓，黃藥師、一燈、周伯通相助郭靖黃蓉守城。黃藥師擺下奇門術數二十八宿大陣與蒙古大軍周旋，後來楊過趕到擊敗金輪法王射殺蒙哥，從而解了襄陽之圍[17] 。
後黃藥師與眾人準備去華山祭拜洪七公、歐陽鋒，恰逢一群庸人爭奪天下第一，趕跑他們之後黃藥師等人重新確立天下五絕，黃藥師仍為“東邪”。
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(本章完)