黃藥師上終南山拜訪王重陽，王重陽告知打賭輸於林朝英之事，黃藥師幫忙點破林朝英暗藏化石丹[1] 。
“九陰真經”出現在江湖中，引起各路武林人士爭奪。王重陽、黃藥師、歐陽鋒、段智興、洪七公決定在華山論劍，誰奪得“天下第一”則歸誰。黃藥師等人敗給了王重陽，但黃藥師也得到五絕之一“東邪”的稱號[2] 。
而後黃藥師娶馮衡為妻，早年所收的徒弟除去陳玄風、梅超風、曲靈風、陸乘風四大弟子之外還有兩個小弟子武眠風和馮默風。
王重陽逝世後，死前交代周伯通將經書上下卷分開藏匿。“老頑童”周伯通在運送《九陰真經》下卷至藏匿地點的途中遇到黃藥師與其新婚妻子馮衡，馮氏憑借過目不忘騙老頑童真經為假，周伯通一怒之下毀去經書，而後馮衡默出《九陰真經》下卷交予黃藥師[3] 。
因黃藥師隻有下卷經書，自負可以從下卷中自創上卷內功基礎，因而發誓若不練成經中所載武功，便不離桃花島一步。
陳玄風、梅超風互生愛慕，恐黃藥師性格怪癖不予應允，決定竊取了師父的《九陰真經》下卷。黃藥師後來得知，一怒之下挑斷其餘弟子腿筋，全部逐出師門[4] 。
馮衡為了安慰黃藥師，再想把經文默寫出來。但因不懂含義多半忘記，因而苦思幾日幾夜寫下了七八千字而導致流產生下黃蓉，自己因此逝世[3] 。
日後周伯通得知其受騙於黃藥師二人，為防上冊經書被盜，於是攜帶《九陰真經》上卷經書前往黃藥師居所桃花島追討經文，其時馮衡已死，黃藥師又因周伯通言
黃藥師語相激，與之展開激烈交戰，使出“彈指神通”射斷周伯通雙腳，從此困周伯通於島上十五年[3] 。多年之後發現黃蓉為周伯通送酒及食物，因而責罵她，黃蓉和父親賭氣從而由浙江一路北上[5] 。
黃藥師為了找尋女兒打破誓言離開桃花島，在太湖歸雲莊發現了黃蓉、郭靖及為救楊康而來的梅超風。隨後黃藥師將陸乘風重收門下，授予“旋風掃葉腿法”以便恢複行走，並準許其傳授桃花島武功給陸冠英。並得知武眠風已死，黃藥師吩咐梅超風找尋《九陰真經》和將其他弟子及家屬帶至歸雲莊。黃藥師因覺得郭靖是洪七公的弟子並打敗了自己徒弟而覺得氣憤，並出手攻擊郭靖，但因黃蓉跳入太湖之中要挾而作罷[6] 。
在郭靖和歐陽克來桃花島上向黃蓉求婚，黃藥師出了三道題目，郭靖經“北丐”洪七公和周伯通協助下贏得黃蓉[7-8] 。
在臨安府牛家村，黃藥師從沙通天、彭連海、楊康等人手中救下了陸冠英、程瑤迦、傻姑。雖然饒過沙通天等人性命但逼迫他們從自己胯下鑽過。尹誌平卻寧死不從，辱罵黃藥師，但黃藥師因討厭仁義禮法而放過他們。隨後為互相隻認識了先後兩天的徒孫陸冠英和程瑤迦主婚[9-10] 。