而在各家包機起飛的日期上，六家航空公司開始時都覺得1月26日第一班首航包機離春節為時尚早，祖國大陸的台商企業還未放假，不會有多少人買機票坐這趟包機，故都不願早飛。推辭之餘，老道的華航作出了分析，認為雖然台商還未放假，但眷屬們可以先回鄉，到家裏買買年貨，還是有一些客源的。至於島內外各界對包機首航的關注，那將會形成一個記者雲集的場麵，對展示華航的企業形象極其有利。所以，總經理魏幸雄提出來了：“那我們華航先飛吧，頭班包機給我們，春節後最晚的一班包機也給我們。”
兩岸直航包機的頭尾都讓華航占據了，此舉讓其他航空公司悟到了其中的價值。複興航空隨即提出申請，要求包機在浦東機場接上台商，起飛的時間比已經占先的華航晚十分鍾。但是，如果在浦東機場兩架包機的起飛時間隻相差十分鍾的話，那麼同樣飛台灣到上海的航程，複興包機經停起降架次顯得空閑的澳門機場，來往便捷，而華航包機則要在航班進出繁忙的香港機場降落、起飛，極易延誤。
另外，複興包機是空中客車A320，一百七十個艙位的小飛機，起降時在跑道上滑行的距離短，升空時間快，華航包機則是波音747—400，能坐上三百九十八人的大飛機，如此一進一出，很可能是複興的包機雖比華航的包機在台灣和上海要各晚起飛十分鍾，但卻能夠比華航包機早降落在上海浦東機場和飛回台灣，讓複興兩地趕早、占盡先機。
這時候，長榮航空也品出味來了，他們遞交的申請，將包機在浦東機場起飛的時間定在了1月26日10時30分，比華航包機還早了半小時。
台灣這三家航空公司都想讓包機搶先在祖國大陸露麵，並盡早飛回台灣，結果都申請擠在一天裏飛抵上海，加上在浦東機場降落、起飛的時間又靠得這麼緊，在包機飛行管製、台商邊檢登機，甚至當地領導迎送上都會造成急促，並不恰當，所以中國民航總局視情提請這幾家公司重新協商，調整包機的航期。
很快，在台北航空運輸同業公會的協調下，長榮航空將包機改到了29日，複興航空則將包機在浦東機場起飛的時間後移到了26日下午2時，遠東航空也把班次降為往返六個班次。接著，海峽旅行社總經理馮卓誌與華航、立榮、長榮、華信四家台灣航空公司分別簽下了包機協議，遠東、複興則另同上海航空國際旅遊有限公司簽訂了包機協議。
2003年1月3日、5日和7日，中國民航總局先後批準了台灣遠東、華航、華信、長榮、立榮、複興的包機申請。上海台灣同胞投資企業協會在秘書長謝力軍的組織下，在科技京城十一樓的協會大會議室裏設立了包機售票處，承擔起了協助各家航空公司向返鄉台商銷售包機機票的繁忙事務，僅複印紙就用去了整整八箱。華東民航和上海浦東機場排出了APEC會議時迎候各國元首專機的原班人馬，來操辦台灣包機的塔台指揮和地麵服務。
2003年1月26日上午9時，在浦東機場貴賓廳裏，繼中共中央委員、中共上海市委副書記、上海市常務副市長韓正向台灣包機致歡迎詞後，專程前來上海迎候包機首航的章孝嚴和夫人黃美倫及許榮淑、詹清池、馮卓誌等回到了專機停機坪。