司馬睿即父位為瑯邪王。西晉末年，被封為安東大將軍，總攬揚州一帶軍事，鎮守建業。湣帝時，西晉的政治重心已經逐漸轉移到建業來，並將建業改名為建康。
司馬睿在西晉貴族中無甚威望，隻有從洛陽帶去的北方貴族才擁護他，建康的貴族根本瞧不起他。到任許多日子，連個前來拜望的人也沒有。他與謀臣王導商量，怎樣可以振大將軍的威風。
王導是他從北方帶過去的，是個很了不起的政治家。他有個堂兄叫王敦，在揚州當刺史，胸中很有韜略。王導把堂兄叫來一起商量。最後，王導想出了個主意，利用王敦的部隊為儀仗，把建康人嚇住。每年三月三，是建康人的重要節日。當地士紳和百姓都要到江邊祈禱“求福消災”。這天，王敦出動了大批人馬鳴鑼開道。從北方來的上百個官僚騎著高頭大馬招搖過市。然後是司馬睿的豪華轎子和護衛的馬隊。這陣勢把建康人給鎮住了，士紳們紛紛跪在路旁迎接。
王導把南方士紳聚集到府衙，向他們宣揚瑯邪王兩代的功德，更使建康人畏服。後來他又建議司馬睿多挑幾個南方士紳到軍隊、政府中任職。從此，司馬睿在南方站住了腳。幾個郡的人才都來投奔，南方的官僚的大力擁護，為東晉政權奠定了穩固的基礎。
公元317年，在群臣的擁戴下，司馬睿當上皇帝。國號仍然稱“晉”，史稱“東晉”。
與此同時司馬睿明白自己這個偏安一方的朝廷，若沒有王導兄弟的支持，是不可想象的。即位大典那天，他特地把他的龍床讓出一半，對王導說：“請到禦床上來，朕願與您共坐，同享富貴！”
這句話嚇得王導渾身是汗。他連忙跪下，口稱“不敢”，並說：“皇上，您是太陽，我是太陽下麵的草蟲。草蟲如果與太陽在一起，那它怎麼享受陽光的溫暖呢？”
司馬睿稱帝後，他封王導為尚書管理朝政。他封王敦為將軍，總管江、揚、荊、湘、交、廣六州軍事。
朝政安定後，司馬睿麵臨兩大任務：一是趕緊想法賑濟處在旱澇中的災民，發展生產，與民休息；二是盡快揮師北伐，把被匈奴奪去的土地奪回來。但這時的東晉，偏安一隅的風氣彌漫整個朝廷，竟對這兩項非辦不可的事不問不用。這時祖逖將軍挺身而出。
公元313年，祖逖向司馬睿上書，請求北伐。沒有得到批準，理由是：他們剛剛在南方創業，政權還沒有穩固，再者，在長安還有個晉朝的政府。意思是如果有了成績，那算誰的？可是，在北方盼望北伐的呼聲甚高，司馬睿不得不考慮。於是他給祖逖一個豫州刺史的頭銜，一千人的糧餉，三千匹布，要他自己招募人馬北伐。
起初，祖逖和他的同僚隻帶著親族、家丁幾百人過江，後來才募到了幾千人。因為他的北伐順應民心，很快就取得了很大的成績。他打垮了匈奴將軍石勒，收複了黃河以南的大片土地。
祖逖的勝利，引起了司馬睿的嫉妒，怕祖逖功勞大了威脅他的政權，於是他急派親信戴淵為征西將軍，專門對祖逖掣肘，使祖逖無法順利進軍。公元321年9月，憂憤成疾的祖逖病死軍中。
司馬睿的注意力傾注在政權上，他不甘心“與王共天下”的局麵，起用劉隗、刁協，與他們暗中商量除掉王氏兄弟。這正像以卵擊石，怎麼能成功呢？王敦立刻起兵進駐建康，擊敗劉隗後，捉住刁協並且殺掉。司馬睿嚇得魂不附體，趕緊去求王導，在王導的勸解下，凶悍的王敦才退回他的駐地武昌。
司馬睿見奈何不了王氏兄弟，愁病交加，自知不久，就把太子托付給了太傅司徒苟組，希望他能對王家有所鉗製。可是，苟組竟死在了他的前頭。
其實，這就是司馬睿的不明，王導雖與王敦是堂兄弟，但他是個忠臣。隻要有他在，政權就仍舊姓司馬。
公元322年，司馬睿懷著滿腔憤恨死去。