翰林的地位可是相當尊貴，即便是窮點，也屬於高級知識分子。徐世昌居然願意去軍營謀事，跟“丘八”混在一起，無異於自降身價。
滿朝文武都覺得徐世昌腦袋進水了，徐卻在心裏默默祈禱：既然仕途不順，不如賭一把，如果袁世凱是支官場潛力股，咱就賺翻了。
對袁世凱而言，他當時尚未發跡，有一個翰林來當秘書，對提高身價無疑有莫大的好處。也極力邀請徐大哥到軍中。
兄弟同心，其利斷金。朝廷很滿意這小哥倆的表現，勉勵他們“好好幹”。
在天津小站的時候，徐世昌總攬全軍文案，正式職務是“文案總辦”，人稱“徐師爺”。袁世凱對他言聽計從，任何場合見麵都以大哥稱之。血氣方剛的士兵們對“翰林”存在著與生俱來的景仰，均當徐是恩師。
徐世昌本是讀書人，加上異常勤奮，很快編寫出《新建陸軍兵略存錄》及《操法詳晰圖說》十三冊。在中國最先提出了較完整的近代化軍事理論，並製訂了中西結合的軍製、法典、軍規、條令及戰略戰術原則。他也很注重政治工作，時不時與中下層士兵交心談心，深得官兵擁護。
如果說北洋新軍中袁世凱是軍長，那麼徐世昌就是政委，兩人文武相得益彰。
徐世昌還參與了兩件大事，直接影響了袁世凱的人生。
第一件事，動用三寸不爛之舌救了袁世凱。
袁世凱略顯剛愎，某次因克扣年餉、誅殺無辜被人告發。軍機大臣榮祿負責查辦此案，這榮祿心狠手辣，對漢人一直心懷戒備，撈到機會就準備對小袁下黑手。幸好徐世昌在中央呆了十年，各方麵口碑都不錯。他不知找了多少人說情，總算勸得榮祿放了袁世凱一馬。袁得以“乞恩姑從免議”，對徐感恩不盡。
另一件事，便涉及到譚嗣同之死。
戊戌變法的時候，譚嗣同夜見袁世凱，要袁“誅榮祿如誅狗。”袁世凱想起“軍師”徐大哥之言：“帝（光緒）雖一國之主，然當政日線，勢力薄弱；後（西太後）則兩朝總持魁柄，廷臣疆帥，均其心腹，成敗之數，可以予卜。與其助帝而致禍，寧附後而取功名”。
袁世凱一世梟雄，早看出了朝廷的弊端，知道變法圖強是唯一出路，故而與梁啟超、譚嗣同走得很近。但大哥徐世昌比他冷靜得多，指出當前主要矛盾不是變法的問題，是帝後兩黨爭權！一著不慎，很可能便人頭落地！
在義與利的選擇上，徐世昌的建議起到了作用。袁世凱思量再三，當夜便向榮祿告密，結果光緒帝被囚禁，戊戌六君子魂斷法場。當時有民謠罵袁曰：六君子，頭顱送，袁項城，頂子紅，賣國黨，邀奇功，康與梁，在夢中，不知他，是梟雄。
換個角度思考，如果徐世昌極力慫恿袁世凱支持新黨，曆史是否會呈現另一副畫卷？
當然不會，當時袁世凱羽翼未豐，實力根本無法與後黨抗衡，貿然一擊，隻可能是玉石俱焚！
在大哥的指導下，袁世凱平步青雲，一直幹到直隸總督兼軍機大臣，相當於中央軍區司令兼國防部部長。袁發達之後也大力推薦徐世昌，1907年，東北改設行省，徐被朝廷派為欽差大臣兼東三省總督，奉天巡撫唐紹儀、吉林巡撫朱家寶、黑龍江巡撫段芝貴都是袁之嫡係，袁給他們傳話“徐是我的大哥，他說啥，你們就得聽啥！”
東三省在十年之內連遭俄、日幾次洗劫，國土大片淪喪，民間滿目瘡痍。徐世昌一到任，就實行政體改革，設“行省公署”，各司與督、撫一起辦公，簡化手續提高工作效率。對貪官汙吏則嚴厲打擊，上任數月，東北官場河清海晏。
與此同時，他還招賢納才，尤其重用“海歸”，東三省“一隅之地，人才濟濟”。
為了改善財政，徐世昌大力興辦實業，設銀行，開商埠，聘洋員，引外資，但不設租界，確保主權。兩年時間，東北麵貌大變樣，清廷親貴載濤“自歐考陸軍歸國，經奉天（今沈陽）見馬路、電燈、軍警無不備具，街市煥然一新，乃宿公署，儼然歐式，益服世昌新政經畫，非它省疆吏所及。還朝即力薦其值樞府焉。”世人稱為“徐世昌新政”。
在維護領土主權等原則問題上，徐世昌也寸土不讓。據記載，某次日本人在圖門至六道溝90餘裏釘立木樁，暗將我國領土劃入韓界（韓界為日侵占），徐當即令部下帶人連夜拔去，並釘立標識記上華名裏數，使日人目瞪口呆。
徐世昌政績卓越，清廷一再封賞，但他處事謹慎，既辦新政，也不疏遠舊派，他年輕時就當過師爺，知道官場的潛規則：做出成績是必須的，太囂張會死得很快。盡管他在東北是一手遮天，到京城對朝中各位王爺卻是畢恭畢敬，“炭敬”“冰敬”（地方大員給中樞權貴奉上的防暑費和烤火費）相當豐厚，滿朝都知道徐世昌是一隻“水晶狐狸”。
光緒帝和慈禧相繼去世後，滿族親貴排擠袁世凱，老袁被卸下兵權，回老家“養苛”。徐世昌為避嫌，主動請辭。他本就跟袁世凱是一體的，可謂榮辱與共，與其讓朝廷懷疑，不如以退為進。徐世昌的謙卑讓清廷權貴很滿意，愛新覺羅家族認為徐忠心可鑒，不僅沒降他的職，反而升他擔任“皇族內閣”協理大臣。協理大臣的地位相當於副總理，僅有兩個漢人，足見徐之受器重的程度。
武昌起義後，北洋軍不聽調遣，袁世凱托徐世昌多多美言，徐便極力“助袁出山”。
當初一起到天津小站練兵，二人“一起扛槍”；袁被逼下台時徐請辭，可謂“一起下崗”；此次二人再度聯手，那就沒這麼簡單了，一定要“分贓”。
袁世凱耐不住寂寞，不斷像徐世昌打探消息，徐世昌深諳中庸之道，建議：“兄弟你先別急，等湖北先亂一陣，借以增加己方的籌碼。要是你忙著出山，朝廷便會起疑心！”
經過大哥的點撥，袁世凱恍然大悟，對外聲稱“足疾未愈”，扮起了影帝。
清廷權貴被革命黨鬧得心驚膽戰，認為唯一能放心的便是徐世昌了，隨即加封徐為“太傅太保”，並委派徐微服探訪袁世凱，摸底。
接下來的戲就很好演了，袁唱黑臉，提出“六大條件”，讓清廷退位、南北和談等等，徐唱紅臉，建議清廷退位，走向共和。
徐世昌本是傳統的儒生，具有嚴重的忠君思想，為何會對救主起了反心呢？
他雖然迂闊，卻不糊塗，在東北辦新政的時候，其思想便轉變了許多，看出了腐朽的清王朝已經抵擋不住時代潮流的衝擊。南方各省已然獨立，如果清廷不采用和平方式下台，很可能會導致大規模的內戰——適時生靈塗炭，不幸的又是誰呢？
如何逼清廷退位，也是徐世昌的妙計——讓段祺瑞領銜，以北洋將領64人聯名、發電要求清廷“立定共和政體，否則以兵隨之”。
1912年2月12日，清廷正式下了退位詔書：
“今全國人民心理多傾向共和，南中各省既倡議於前，北方諸將亦主張於後，人心所向，天命可知。予何以忍因一姓之尊榮拂兆民這好惡。是因外觀大勢，內審輿情，特率皇帝將統治權公諸全國，定為共和立憲國體，近慰海內厭亂思治之心，遠協古聖天下為公之義。”
……
“袁世凱為總理大臣，值此新陳代謝之際，宜有南北統一之方，即由袁世凱以全權組織臨時共和政府，與民軍協商統一辦法。”
大清王朝正式退出曆史舞台，但行文卻留足了麵子，尤其值得一書的便是最後一段話，以超然的姿態肯定了袁世凱的“豐功偉績”，也暗示天下“江山交給袁世凱了，任何人不得覬覦！”這段話便是徐世昌“硬塞”進去的，清廷權貴們大多恨袁世凱養敵自重，哪願賣這麼個順水人情？虧得徐世昌多方說項：共和是大勢所趨，與其讓亂黨當權，不如交給舊人，到時每年敬奉朝廷的薪金也好說。
袁世凱出山、逼宮、掌權三部曲，導演都是徐世昌。清廷退位次日，徐世昌就宣稱隱居，自言“老朽無能，對不起朝廷”。其所作所為，完全符合儒家之標準“民為重，社稷次之，君為輕。”
也有曆史學者提出疑問，辛亥年間以徐世昌的聲望與才幹，完全不需要請出袁世凱，他大可以親自統領北洋軍團與南方談判——而且清廷對他的信任度遠大於袁世凱，如果徐世昌出頭，民國大總統非他莫屬，憑他的作風和人品，也不會出現複辟。
徐世昌卻有著自己獨特的哲學：非不能也，是不為也。如果由自己領銜逼退清帝，是為不忠；拋卻義弟袁世凱，是為不義；不忠不義，如何使天下讀書人心服？
將袁世凱推到了最高位置，徐世昌卻退到鎂光燈後。直到三年後，袁世凱徹底剪除了政敵，徐世昌方出任北洋政府國務卿，隻是此刻的袁世凱已野心膨脹，鐵了心想當皇帝，大哥的話已經聽不進去了。
導演“帝王戲”
袁世凱緊鑼密鼓策劃當皇帝的時候，徐世昌一直冷眼旁觀。同僚讓他談談對時局的看法，他便淡淡說道：“此事何必問我，有楊度就夠了。”袁世凱憋得難受，一次召徐世昌麵談，問徐：“勸進之事，大哥知道麼？事可行麼？”徐沉默片刻，道：“不知此事。”袁說：“外間宣傳日久，你哪能不知道呢？”徐答：“知之為知之，不知為不知。”袁默然，也不再為難這軍師大哥，隻要徐不跳起來反對，就夠了。
徐世昌雖不表態，但在日記中大發牢騷：“人各有誌，誌在仙佛之鄉者多，則國弱；誌為聖賢之人多，則國治；誌為帝王之人多，則國亂。”
對老兄弟的荒唐行徑，徐世昌異常失望，為了輔佐袁世凱，自己可謂肝腦塗地在所不惜，可惜結果實在是始料未及。袁的心中不在以民意為重，隻想經營他的“家天下”，既然如此，又有什麼好說的？
1915年10月，袁世凱正式“登機”，徐世昌稱病請假在家。袁也不好意思讓大哥“參拜”自己，取消了其國務卿的官職，特封他與張謇、趙爾巽、李經羲為“嵩山四友”，仿漢高祖時的“嵩山四皓”，上朝賜座，每月送錢。
徐世昌一直不表態，既不推辭，也不感謝。直到蔡鍔從雲南起兵護國，徐才對老友楊士琦微笑著說：“我早就知道，楊度這樣做行不通！”楊士琦愕然：“幾個月來，這才見您破顏一笑。”徐悠悠道：“項城冥頑，哪裏聽得進我之勸解啊！他不聽我的話，肯定得吃虧！”
楊士琦很奇怪：“那不一定，您當初要是極力阻止他，憑您的威望，也不至於鬧到現在這地步。”
“何必鬧分裂呢？都是老兄弟。”徐世昌歎了口氣，“他當我是軍師，我就認真為他參謀，他重用楊度這群人，我不吭聲就是了！”
後世也有這樣的假設：袁世凱稱帝的時候，北洋三位大員王士珍、段祺瑞、馮國璋均不讚成，也沒明確表示反對，如果徐世昌振臂一呼，袁世凱也許真鬧騰不起來，也不會引起南北多年動亂。
可惜徐天生就是個幕僚，“為明主盡忠”的思想一直纏繞在他身上：逼退清帝已經不忠了，何必還不義呢？如果政見不同，就獨善其身吧。
南方各省獨立，北洋大軍不聽指揮，袁世凱皇帝夢破。1916年2月，袁世凱請人將大哥徐世昌、心腹段祺瑞找來商議善後，請柬寫得相當謙卑：“請兄念在十幾年之老交情上，務必發駕。”徐道：“何至於此。”
當晚，袁世凱見到徐、段二人，苦笑道：“兩位要幫我個忙好。”徐世昌冷場了半天之後，吐出三個字：“取消吧”。袁無奈：“兄以為當，即傳命發出矣。”
第二天，袁世凱發布命令，宣布取消帝製，仍稱“本大總統”，再命徐世昌為“國務卿”。二人退到當初的關係。
隻是西南各省已不再認可這老哥倆：袁已稱帝，就不再是民國總統，哪有幹不成皇上還能當總統的好事？
北洋將領們也紛紛附和。袁世凱不知該如何應對，求救於徐世昌。徐一片茫然，為了維係北洋團結，他想出了一個超級怪異的方案：不如還政於清室，袁退居“總理大臣”，行“君主立憲製”！
已經退位的清廷太後卻嚇了一跳，拖人帶話：“請徐太傅別再折騰我們孤兒寡母了，前些年他跟袁項城玩了咱一把，現在又想把我們拿出來，架在火爐上烤啊！”
時過境遷，徐世昌的“妙計”已經安不了天下，他自慚不能為老友出謀劃策，推薦段祺瑞擔任國務卿，掛職而去。
袁世凱又急又病，不久便一命嗚呼。據說袁臨終前召徐世昌托付身後事：“吾輕信人，方至此也……所顧慮者，孤兒寡婦之生命耳。餘死之後，君當顧念交誼，盡力保全之。”人之將死其言也善，袁世凱的意思是：大哥，我被一群小人忽悠了，才落得這麼個下場。我就要走了，擔心的隻是幾個老婆和一堆孩子，你幫我好好看著啊！
徐世昌無言，隻是默默點頭。
袁死後，北洋將領們全麵分裂，基本屬於三大塊：皖係、直係和雜牌軍。
皖係都是安徽人，以段祺瑞為主，占據浙江、湖南、山東、福建、安徽等省；直係馮國璋為首，勢力在直隸、江蘇、江西、湖北；其他雜牌則以盤踞徐州的辮帥張勳為主。
大總統屍骨未寒，段祺瑞、馮國璋、張勳三大派就開始爭權奪利。段祺瑞建議把黎元洪請出來當傀儡，馮國璋不予置否，張勳主張“還政清室”。商量了許久也沒個定論，眾人便請“恩師”徐世昌主持大局。
因為袁世凱的身份問題，出現了很古怪的局麵：如果袁是以“總統”身份去世，那麼按《民國約法》，袁的五年任期（從1913年被正式選為大總統算起）未滿，繼承者應該是副總統黎元洪；如果袁是以“皇帝”身份駕崩，他的“遺詔”裏寫了三個人的名字，徐世昌、段祺瑞和黎元洪，也就是說幸運五十二，誰都有機會。