縣檢察機關從1953年開始對自偵案件提起公訴。是年，共提起公訴2案。1956年開始嚐試出庭支持公訴的業務，1957年正式擔負起了支持公訴的任務和出席公判庭的活動。1958年，在極“左”路線的幹擾下，將公判庭為維護被告人的合法權益而進行的辯護製度，被認為是替壞人說話，受到了批判，出庭支持公訴的工作也隨之停止。1960年檢察機關提起公訴、支持公訴的工作得到了逐步開展。1979年開始行使提起公訴、支持公訴的職權，並嚴格按照法律規定的程序進行。
1997年，《中華人民共和國刑事訴訟法》修改後，完善了庭審方式，由人民檢察院作為公訴人獨立承擔舉證責任，廢止法官舉證的作法；將免予起訴部分納入不起訴，不再使用免予起訴。加強刑事訴訟監督，對確有錯誤的刑事判決裁定提出抗訴；對量刑偏重、偏輕不在抗訴範圍的案件，向審判機關發出《檢察建議書》。
三、審判
（一）審判機構
1950年，天祝自治區秘書室下設司法處。1951年5月，自治區人民法院成立，區人政府主任兼任院長。9月人民法院開始獨立辦公，設審判組1個，受理刑事、民事案件。1955年7月天祝藏族自治縣人民法院下設刑事組、民事組和秘書組。1968年1月，審判權由軍管會行使。4月27日成立了縣革命委員會保衛部，審判業務由保衛部承擔。1973年4月2日，縣人民法院恢複，下設辦公室、刑事審判庭、民事審判庭、巡回人民法庭。
2005年，縣人民法院內設辦公室、政工科、立案庭、刑事審判庭、民事審判第一庭、民事審判第二庭、行政審判庭、審判監督庭、林業法庭、執行庭、司法警察大隊，下設打柴溝、哈溪、安遠、炭山嶺、鬆山5個人民法庭。有幹警71人。
（二）審判工作
1．刑事審判
從1950年11月起，自治區人民法院與公安機關緊密配合，開展了鎮壓反革命分子的鬥爭，先後在南衝寺、安遠、哈溪等地召開公判大會，依法處決了一批反革命分子、土匪、一貫道頭子。1953年後，人民法院派出巡回審判組，並成立巡回人民法庭，主要打擊在社會主義改造中造謠、煽動、破壞合作化運動和糧食統購統鎖政策的反革命分子、壞分子。
特別是1958年的“平叛”、反封建鬥爭中，審判工作曾嚴重失誤，出現亂捕亂判現象。
“文化大革命”期間，刑事審判更加混亂，由於帶著派性辦案，造成了許多冤、假、錯案。
1973年縣人民法院恢複後，刑事審判工作仍以配合政治運動為主。1978年後，撥亂反正，整頓重建了解刑事審判機構，加強了刑事審判力量。
1980年1月起，人民法院貫徹執行了我國第一部《刑法》和《刑事訴訟法》規定的各項審判原則和公開、陪審、合議、回避、辯護、上訴、兩審終審等審判製度。
1998～2000年，把刑事審判方式改革作為工作重點，庭審方式變糾問式為控辯式。針對縣內盜竊案件發案多的實際，對犯罪分子在判處主刑的同時一律並處罰金。
2001～2005年，在刑事審判中依法嚴厲打擊危害社會治安和人民群眾生命財產安全的暴力性犯罪、團夥犯罪及邪教組織、毒品犯罪。
2．民事審判
50年代初，一般民事糾紛主要由區、鄉人民政府處理，重大疑難的民事糾紛由流動審判組在巡回處理刑事案件的同時兼顧處理。這一時期，婚姻案件居民事案件之首。1955年，縣人民法院在審理各類民事案件時，采取說服教育，著重調解，不輕易下判的民事工作方針。1958～1965年，民事審判工作主要圍繞婚姻法的宣傳和婚姻糾紛的處理以及公社化後出現的財產權益糾紛開展。
1973年縣人民法院成立了民事審判庭，方便了人民群眾的訴訟。1989年後，民事審判工作由過去主要依靠政策變為主要依靠法律。依據有關法律、法規處理民事案件，保護當事人的合法權益。
2001～2005年，在民事審判工作中，加強民事審判，化解社會矛盾，維護社會公德，促進社會主義精神文明建設，構建和諧的社會環境。