天祝縣與周邊縣市相鄰地區群眾在從事放牧、開礦等生產活動時，往往會發生糾紛。同時，縣內鄉鎮之間也時有邊界糾紛發生。天祝縣以法定線，以過去形成的地圖、文件、協議和解放以來的實際管理狀況為依據，有效調處了邊界糾紛，遏製了事態的擴大，維護了邊界地區的穩定。自1990～2000年，先後調處了旦馬鄉康路村與白羊圈村之間的草原糾紛，縣城區原師部大院、岔口驛軍馬調教場、鬆山炮兵靶場等軍地產遺留問題，華藏寺鎮與永登縣坪城鄉在馬場地區因修水渠而引起的邊界糾紛，縣內祁連鄉與毛藏鄉在大小花石頭地區長達30年的邊界爭議，旦馬鄉與肅南縣鏵尖鄉在仗射溝地區的草原糾紛，華藏寺鎮與柏林鄉在黃草川地區的邊界爭議，石門鄉與永登縣武勝驛鎮在石坡溝等地區因放牧而引起的草原糾紛；安遠鎮與古浪縣古豐鄉在四道車場因放牧而引起的糾紛，鬆山鄉與景泰縣正路鄉在鬆山灘放牧引起的草原糾紛，鬆山鄉與武威地區天祝種羊場在黑馬圈河發生的草原糾紛，鬆山鄉與古浪縣新堡鄉在蕨麻溝地區發生的草原糾紛，安遠鎮與古浪縣黑鬆驛鄉在小嶺子地區因葬墓而引起的爭議，朱岔鄉與炭山嶺鎮在大科什旦腦發生的礦產資源爭議。石門鄉與永登縣武勝驛鎮在麻子溝地區因放牧而搶趕羊隻的糾紛，鬆山鄉同景泰縣寺灘鄉在囊鎖寺地區發生的草原糾紛，柏林鄉與華藏寺鎮在羅鍋峴子、大紅溝鄉與毛藏鄉在老鼠窪邊子、抓喜秀龍鄉紅疙瘩村與炭窯溝村在石樁溝腦等草原爭議，天祝縣與肅南縣在大營盤地區的草原糾紛，鬆山鄉與錢寶鄉在香水溝腦，鬆山鄉鬆山村與黑馬圈河村在萱麻圈窩地帶發生的草原放牧糾紛，祁連鄉與毛藏鄉在黑鄂博掌地帶的放牧糾紛等。2001～2005年，共調處與鄰省、鄰縣及縣內鄉鎮之間、村組之間因放牧、采沙、采金等引起的邊界糾紛20餘起。
四、救災救濟
（一）生產救災
1963年5月，哈溪、祁連區的16個公社、126個生產隊遭受嚴重的洪災；6～7月，全縣有15個公社的77個生產隊遭到冰苞襲擊。縣委、縣政府及時采取措施進行救災，對外出人員，畜群進行清查，對死者家屬和受災群眾進行了安置，給生活困難者發放救濟棉布2．16萬米，棉花1350公斤，口糧款3．2萬元，救濟款2萬元，醫療款5000元。
1966年，發生嚴重旱災，延續8個多月，後遭受雹災。全縣召開了生產自救工作，廣開副業門路，收入44萬多元，發放救濟款5萬元，口糧款2．98萬元，解決了3．24萬戶特重災民和重災戶困難。
1974年，全縣糧食作物受災麵積達16．05萬畝，13．45萬農業人口中8．21萬人口生活嚴重困難。國家拔給回銷糧250萬公斤，口糧救濟款23萬元，重點解決了受災嚴重的2630戶、1．5萬人的口糧問題。縣上廣開副業門路，積極開展生產自救，妥善安排了受災群眾生活。
1982年，天祝縣幹旱、風雪、冰雹等災害頻繁，農牧業生產大幅度減產，糧食和油籽總產分別比上年減產40%和60%；草原普遍受旱，全縣成畜死亡12．7萬多頭（隻）。縣上成立抗災救災辦公室，組織群眾抗災自救，支持鄉鎮企業，廣開副業門路，副業收入達334萬元。國家拔救災款33．7萬元，進行重點救濟。
1987年，全縣11個鄉鎮、73個村先後遭受春旱、伏旱、霜凍、冰雹等自然災害，農作物受災麵積23．25萬畝，成災麵積18．62萬畝，受災人口5．44萬人，全縣6586戶、3．7萬人的生活和生產麵臨困難。地、縣組織工作組組織群眾抗災自救，調拔籽種5萬斤，化肥70噸；投放抗災保畜款3．5萬元，飼料59．5萬公斤，保證災區農牧民最基本的生產和生活條件。
1991年，各種自然災害頻繁發生。5月初，全縣大麵積遭受霜凍；6月，全縣持續幹旱，受災嚴重的有祁連、旦馬、西大灘等13個鄉鎮。全縣幹旱麵積達29．58萬畝，占總播種麵積的90．2%；成災麵積23．82萬畝，糧食減產1811．6萬公斤，占計劃產量的41．2%；油籽減產378．2萬公斤，占計劃產量的68．8%。糧油直接經濟損失1654．26萬元。受災人口34792戶，16．72萬人，其中特重災民4．8萬人。縣上立即組織救災，向災區發放救災款10．1萬元，救災麵粉9722．5公斤，飼料99150公斤，重點解決了部分群眾的口糧困難和牲畜飼料。
1993年，天祝氣候異常，4～8月，全縣除賽拉隆、毛藏2鄉外，其餘鄉鎮均先後遭受了幹旱、風暴、洪澇、冰雹、雪壓、霜凍等自然災害，使17萬農牧民受災，其中6．8萬人受重災。
糧油作物大幅度減產，分別比上年減產40%和50%，人均純收入比上年下降144元，貧困麵達28%。縣上當年下撥救災款24．5萬元，機關企事業單位幹部職工捐資5萬元，重點解決了無生產自救能力和無自理能力的特困戶、重災民、五保戶、殘疾人的生產生活困難。是年10月到1994年5月，持續幹旱8個多月。1994年6～8月份，暴雨、洪水、冰雹等多種自然災害相繼發生，受災麵積達17．2萬畝，糧食減產852萬公斤，油籽減產60萬公斤，造成直接經濟損失880萬元，給4．85萬群眾的生活造成困難。縣上召開專題會議研究部署，在開展山川互濟、親鄰互幫，進行勞務輸出、移民等生產自救的同時，從省、地積極爭取救災資金，共分期下撥救災款96．3萬元，重點救助了缺糧、缺錢、缺自救能力的農戶。