1998年10月，縣上製定了《天祝縣城鄉居民最低生活保障製度》。1999年7月，又製定了《天祝藏族自治縣城鄉居民最低生活保障製度實施辦法》。當年共保障低保對象122戶379人，發放保障金21萬元。2000年，縣上成立了專門調查機構，對22個鄉鎮、82個行政事業單位、36家國有和集體企業進行調查。經調查，應享受城市低保對象1998戶5479人，農村應保對象9987戶43090人。當年，共向城市低保對象發放低保金176戶581人計37萬元，向農村低保對象發放低保金280戶434人計10．94萬元。2001年向270戶892人發放城市低保金46萬元，至2005年，增加到1991戶5018人390萬元。
六、群眾自治機構建設
（一）村（居）委會建製
1990年，全縣共轄5鎮17鄉221個村，4個居民委員會。同年在原有安遠、哈溪、團結路東、團結路西居委會的基礎上，新設華藏寺南街、中街2個居委會，居委會總數增加為6個。
1991年，將東坪鄉的紮帳村分設為羅家灣和紮帳2個村，賽什斯鄉的大克岔村分設為大克岔和小克岔2個村。全縣村委會數增加到223個。
1992年，將大紅溝鄉的20個村合並為9個村；即西頂、馬房溝並為西頂村，東槐、朵家溝並為東槐村，灰條溝、陶家灣、格岔溝並為灰條溝村，東圈灣、三角城並為東圈灣村，大紅溝、峽口並為大紅溝村，馬路、道陽並為馬路村，大溝、排路台並為大溝村，紅溝寺、舊寺溝並為紅溝寺村，地灣子、長溝並為下西頂村。賽什斯鄉的20個村並為12個村，即上水、大灘、先明寺並為大灘村，克岔、華家溝並為克岔村，大克岔、小克岔並為大克岔村，野狐川、雪溝並為野狐川村，土城、石家灘、藏民溝、野狐川腦並為土城村，原陽窪、麻渣塘、拉幹、下古城、上古城、東大寺、先明峽7個村不變。將錢寶鄉12個村以原生產大隊為基礎，調整為紅石、石塘、灘口、中大溝、阿崗灣、芨芨灘6個村，全縣村委會數調整為198個。
1993年，將祁連鄉的12個村合並為8個村，即邊溝、南岔並為邊溝村，下河、寬溝灘、寨子灘並為祁連村，石達阪、長達阪並為石達阪村。全縣村委會數調整為194個。
1994年，將東坪鄉的9個村並為先鋒、坪山、紮帳、大麥花4個村。全縣的村委會數調整為189個。
1995年，在縣景電移民區成立了富民、紅溪、小嶺子3個村，全縣村委會數調整為192個。
1998年，將祁連鄉的祁連村分設為祁連、寨子灘村。旦馬鄉的白羊圈、康路並為康路村，賽什斯鄉大克岔村的大克岔組並入陽窪村，小克岔組並入克岔村，景電移民區的3個村移交給景泰縣，全縣的村委會數調整為188個。
2000年，全縣轄5鎮17鄉，188個村，6個居民委員會。
2003年，炭山嶺、石門、打柴溝、安遠、哈溪、錢寶、賽什斯設立9個社區居民委員會。2004年12月，因對鄉鎮區劃進行調整，對打柴溝等鎮的村民委員會進行調整，原柏林鄉劃歸打柴溝鎮的石板溝、上廟兒溝、下廟兒溝合並後稱多隆村。鬆山鎮藏民、囊索合並為藏民村，達隆、果曲、水溝合並為達隆村，鞍子山、大溝、土溝、馬圈合並為鞍子山村，鬆山街、鬆山城合並為鬆山村。祁連鄉撤銷邊溝村，邊溝村的村民小組分別劃入天山村和祁連村；撤銷廟台村，廟台村村民小組分別劃入祁連村和岔山村；老虎溝村並入馬場灘村。炭山嶺鎮的旺直良、祝藏溝並入拉卜子村；大科什旦、阿沿溝村合並為阿沿溝村，石門腦並入四台溝村。
調整後全縣有172個村民委員會，758個村民小組，17個社區居民委員會。
（二）群眾自治
1991年，縣上在錢寶鄉進行了村級組織建設試點工作。1992年，在華藏寺鎮開展了以黨支部為核心的村級組織整體化建設試點工作，並在全縣各鄉（鎮）、村推行，健全了黨支部、村委會、共青團、婦女、治保、民事調解、計劃生育、科普、村民小組、紅白理事會等各種村級組織。
1993年，全縣開展了村委會第一屆換屆選舉。在各村普遍建立了村民代表大會製度、村民議事製度和村理財委員會，製定了村規民約。
1996年，全縣進行了第二屆村委會換屆選舉。對村、組等其他組織進行了調整，完善了村規民約等製度。
1999年，全縣舉行了第三屆村委會換屆選舉。各村均建立了3年任期目標規劃，村幹部工資從鄉統籌中支付，年薪在600～3600元之間。
2001年，縣委、縣政府製定了《關於全縣推進城市社區建設的意見》，成立了天祝縣社區建設工作指導委員會，加強城市社區群眾自治工作。全縣有191名村幹部分別在省、市、縣黨校受培訓，69名村幹部進入縣委黨校大專班接受培訓。
2002年，城市社區建設工作全麵開展，對原有居民委員會進行了調整。縣城社區居委會調整為南街、中街、路西、華幹路、路東、鐵路新村、花園台、寺灘8個居民委員會，主任、支部書記由一人兼任，人選從公務員中選拔，給予副科級待遇；文書由公務員擔任；在居民中選舉副主任，月工資350元，由財政供給；從居民中選舉3～5名居委會委員。