呂宋群島，此時已經被納入大明的管轄。因為有了擴張經驗，在攻打呂宋的時候，行政官員就已經在台灣準備好了。
西班牙人戰敗了，呂宋群島已經被大明全麵接管。大明的行政官員也到了呂宋群島，並開始著手摧毀土著的統治結構。當然飯要一口一口的吃，和多島嶼目前還是要靠土著進行管理的。不過在呂宋本島上，這樣的政策是率先實行的，即將原本的土著統治者一腳踹開，由大明官府直接管理土著。同時再輔以一些土著或者在呂宋生活的漢人對土著進行溝通。
為了保護漢人在呂宋島的安全，不被土著侵害。大明官府開始在呂宋行政後，立即出台了嚴格的刑法，那些對漢人進行犯罪的土著都將進行嚴懲。同時就是讓軍方進行配合，在各地進行駐軍，一邊保護漢人安全，一邊對土著手中的殺傷性武器進行嚴格管製。弓弩、火器是土著不可持有的，同時進剿那些不服管教的土著勢力。
不服管教的土著肯定是有的，特別是大明官方直接對呂宋進行行政，而不是通過土著統治者出麵。不過那些土著的反抗並不能動搖大明對呂宋的統治地位，這無關德行。而是力量上就碾壓了。
土著沒文化，沒有生產力，還很懶惰。大明要想鎮壓那些作亂的土著，隻要投入兵力進行剿滅，隻要那些土著不是一味的進行遊擊戰，剿滅起來還是比較容易的。不過土著沒什麼文化，他們在遊擊戰方麵並沒有完整的理論。
這是文明高度的碾壓。
德行、勢力、智慧，這是古人總結出的決定戰爭勝利的三大要素，然而土著不管是在德行還是勢力，或者是智慧上都比大明要差太多了。所以不管這些土著如何反抗，他們注定是胳膊擰不過大腿。
當然，此時大明在對外擴張過程中，朱由校已經明確要求不可進行屠殺、奸（和諧）淫、搶劫平民等有損陰德的行為。
但對於那些反抗大明統治的土著，那就不一樣了。這個世界本就是弱肉強食，剿滅那些不服從統治的土著並不會有損陰德。
所以那些反抗大明統治的土著，注定是要被大明給消滅的。他們的裝備和軍事素質都太差，在大明的正規軍麵前根本不堪一擊。而且這些土著也不團結，並且很容易收買，還很懶惰。
朱由校派來的調查組，因為路上碰上了不良海況，逗留在台灣大半個月才啟程前往呂宋。
到達的時候已經是農曆七月下旬了。
調查組到達後，隨即對萬曆年間漢人遭到屠殺的事件進行了相關的調查。當年的往事也沒過去多久，很多人還是有深刻記憶的。調查局經過調查後馬上揪出了一大堆參與了當年屠殺行為的土著統治者，同時還揪出了不少參與屠殺的土著民。
不過西班牙人才是屠殺漢人的主謀，不過很多西班牙人已經被調回本土，特別是那一任的西班牙駐菲律賓總督。
既然調回去了，自然就是拿現在的西班牙駐菲律賓總督出氣，總得拉幾個出來頂缸，以告慰被屠殺的漢人在天之靈。同時也是要通過實際行動來告訴所有人，屠殺漢人沒有好下場。
為了抓捕那些參與屠殺的土著，官府發布了懸賞令，鼓勵土著對參與屠殺的土著進行揭發，揭發之後是有獎勵的。
一時間土著的貪婪就爆發了出來，很快官府就接到了大量的揭發、舉報，官府將軍隊調往各地施行抓捕，不管是不是參與了屠殺，先抓了再說。
抓獲了之後，再進行一一核實。
畢竟當年的屠殺是群體活動，核實起來還是比較容易的。而且這些參與屠殺的土著，都有共同的年齡特征，那就是年齡不小。
在經過一番逮捕之後，抓捕上萬名土著，經過一番核實之後放了三千多人，有七千多人被確定參與了當年大屠殺的土著，這些土著被一批接一批的被拉到馬尼拉郊外執行了槍斃。
因為大量土著被槍決，馬尼拉郊外的刑場很快就‘血流成河’，看得那些土著心驚膽戰。