內閣拿到朱由校製定的呂宋土著對待政策後，隨即開始安排具體實行，此時內閣的行政效率已經大大提升。
嚴格的說，是內閣下麵的六部和地方官員的執行效率大幅度提升。
此時北直隸、東北地區、台灣和呂宋地區的官員，都是嚴格篩選淘汰後剩下的，這些官員都具備普遍的共同特征，那就是有行政經驗，而且比較的廉潔。並且在這一地區內，有最為嚴格的行政監督和處罰措施，同時也有較好的俸祿待遇。
在這些地區的地方官府行政效率是最高的，同時行政模式也開始和傳統的行政方式有所改變。
明王朝傳統的行政模式最大的特點就是官員少、吏員少，基本上是一種地方自治模式。
如今朱由校正在改變這一問題，吏員數量開始增長，公務員製度開始明確施行，臨時工開始逐漸有了官方編製。
同時加大了對鄉鎮的控製力，此時內閣正在編製中增加鄉長、鎮長，這些鄉鎮都成立了漢皇黨委員會，采取中央委派漢皇黨成員擔任書記，地方讀書人擔任鄉長、鎮長的模式。
這個政策是天啟五年開始實施的，這個製度出現後很快就得到了北方士子的支持，這意味著他們能夠在本地鄉鎮得到出仕的機會。
將行政覆蓋到鄉鎮，是朝廷在接下來要繼續施行的政策。如此一來，可以大大的提高對地方的掌控能力，同時構建一個完整的行政的層次，雖然行政成本有所增加，但好處卻是太大了。
如果是過去的行政製度，一個縣令要對地方進行管理，必須依靠地方鄉紳。這些地方鄉紳很多時候是不承擔具體的行政管理的，隻是配合官府的一些行政，效率太低了。地方縣令對地方的掌控能力變得很差，行政效率也不高。
有了鄉鎮政府後，行政效率就可以大大提升。地方鄉鎮出了問題可以責問，上麵有政策下來也可以直接下達文件。
同時在疫情防控、政府宣傳、資源調配等方麵都能更快。
在天啟五年，整個新政區域，都增加了公安局。公安人員編製也有增加，過去捕快臨時工也是最多的。這種臨時工製度，並不是後來中國獨有，明代就非常盛行了。
一個縣城十幾個捕快，可想而知其人員是多麼缺乏了。
同時朱由校不久前還成立了一個公安大學，並從基層選拔了數十名辦案經驗豐富的捕頭前來教學。
公安大學除了正常招生外，還有進修班。用來培訓地方捕頭，同時從中央軍退伍軍人中選拔一批送去進修。
北直隸的公安係統在天啟五年率先全麵鋪設完成，除了州縣有公安局外，鄉鎮也有派出所。
公安局是有了，法院還沒有。
成立地方法院的決議很快也早朝的時候通過了，吏部郭允厚負責具體執行。同時對此前出台的《北直隸治安管理條例》也進行了完善，各種量刑標準也進行了修改。
郭允厚隨即向朱由校提出先成立省級法院和府級法院，州縣級的地方法院先暫緩，州縣的刑案先交由府級和省級法院審理。從而避免法院係統鋪設速度過快，導致魚龍混雜的現象。同時先集中審理，也有助於避免冤案錯案。
朱由校同意了這個建議，同時又成立了一所政法大學，抓緊培養正規行政、司法人才。
政法大學成立之後，日後地方官員上任之前都將在政法大學先進修一段時間。特別是剛考取功名的士子，更是要在政法大學學習之後再任命官職。並且任命什麼官職，也根據政法大學的學習考核來決定，同時政法大學還會先任命一些基層職位讓這些士子實習，實習表現考核將決定其正式職位任命的高低。
政法大學的成立，改變了過去士子剛考取功名就能進入官場的現象。
朱由校加快了吏治建設速度，吏治是一個國家最根本的東西，而明末最混亂的也是吏治。
到了天啟五年年末，北直隸省、府級法院，以及東北等新政區域的省級法院都設立完畢。