章太炎強調民族利益高於一切，民族大義重於一切，他從小就受到這類思想灌輸，至死恪守不渝。1898年他因見張之洞寫《勸學篇》倡導“忠君愛國”，就不加隱諱地散布不滿言論，批評在當時清朝統治下提倡忠君之不妥：清朝本“烏桓遺裔，蹂躪吾族幾三百年，茹毛飲血，視民如雉兔”，漢族“九世之仇”未複，談何“忠愛”？要講“忠愛”，須待清朝推翻以後！這些話傳到張之洞耳裏，章太炎自然再也不可能留在武昌受張氏之“禮遇”了。1900年夏，章太炎因唐才常組織自立軍起義時所寫《自立會宣言》中，既倡“非我種類，其心必異”的民族思想，又倡“日月所照，莫不尊親；君臣之義，如何能廢”的忠君思想，認為自相矛盾，勸其放棄忠君觀點無效後，就毅然割發以示與唐決裂。雖然從個人關係言，他對唐才常仍很有好感，以致在民國初年所開授勳名單中，把唐才常與馬福益、史堅如、鄒容、吳樾、徐錫麟、秋瑾、熊成基等著名革命烈士一起，作為為革命死難者的授勳對象。自立軍失敗後，章太炎避難至蘇州東吳大學執教，在講課中高論民族大義訓迪後生，且以《李自成胡林翼論》為題讓學生作文。
在當時大多數人看來，明末“流寇”首領李自成，怎能與“中興名臣”胡林翼同日而語？章太炎卻偏將二人並提，讓人加以評說，無疑是要宣傳他早年即已產生之“明亡於清，反不如亡於李闖”的民族大義至上思想。他甚至強調：因“逆胡膻虜，非我族類”，故不論清政府能否變革、能否救民，都必須“革”其命，把它推翻。在東吳大學期間，章太炎得知早年的老師俞樾在蘇州，特登門拜訪。俞氏卻批評章太炎自戊戌以來經常離家遠走，“背父母陵墓”為“不孝”；經常散布“反滿”言論為“不忠”。章太炎雖敬重俞氏，但在民族大義問題上不能妥協，乃答以“弟子以治經侍先生，今之經學，淵源在顧寧人。顧公為此，正欲使人推尋國性，識漢虜之別耳”，事後即寫《謝本師》，宣布與俞斷絕師生關係。盡管章太炎內心始終懷著對俞氏的敬意和感情，在1907年俞氏去世後他寫《俞先生傳》，對俞道德文章都予以肯定。晚年在杭州逗留時還特地前往俞氏故居“曲樓”憑吊紀念，並在所編《章氏叢書·太炎文錄初編》裏，將《謝本師》一文去掉不收。“吾愛吾師，吾更愛真理”，他在民族大義這個“真理”上，一切都是不允超越的。
章太炎雖常用“革命”一詞概述自己及其同誌所從事的鬥爭，但他又多次申說：其實當時革命黨人所做的不是革命而是“光複”。“從俗言之，則曰革命；從吾輩之主觀言之，則曰光複。”他認真地將革命與光複加以區別：“同族相代，謂之革命，異種攘竊，謂之滅亡；改製同族，謂之革命，驅逐異族，謂之光複。今中國既滅亡於逆胡，所當謀者光複也，非革命雲爾。”之所以作如此鄭重其事的區別，就為突出清朝是“異族統治”，強調滿、漢二民族利益根本對立。章太炎以“光複漢族”為己任，他以“菿漢”為別號，所撰著作以此為書名者有《菿漢微言》、《菿漢昌言》、《菿漢閑話》等，還特別叮囑湯國梨“章寓稱‘菿漢章寓’，‘菿’字音倬”。所謂“菿漢”，意即“振大漢之天聲”。如同徐錫鱗別號“光漢子”、秋瑾別號“漢俠女兒”、陳伯平別號“光複子”、馬宗漢別號“宗漢子”等其他浙籍革命黨人一樣，章太炎亦用自己的名、號來表達強烈的民族主義思想，把振興漢族作為畢生主要任務。