對於後來的中國曆史來說，這個航海時代為我們帶來了深遠影響，比如鴉片戰爭，比如讓國人痛心疾首的一次次喪權辱國。說起這一切，後人總是習慣的說“鴉片戰爭打開古老中國的大門”。而事實是，在此之前，一扇新的大門，早就橫亙在這個時代的麵前——台灣。
之前我們用了這麼多的筆墨，去梳理十四，十五兩個世紀東西方交通的演變曆史，原因正是在此：在這個大航海時代的早期，中國不是置身事外的，綿延兩千年的中國封建社會，也同樣麵臨這個時代的風暴。這個曆史的新紀元，伴隨著西方航海家們的風帆，也在隆隆的向中國東南沿海駛來。台灣的命運，將在這段曆史中成為主角。
而就像歐洲這時代發生的蟬變一樣，明王朝這個古老的大農莊，自身也在悄悄的改變。
明王朝的立國政策，綿延的是中國曆代的“重農抑商”。但饒是明朝曆代皇帝一再的“抑”，改變卻是不可避免。中國的東南沿海，在經過了中國十五世紀的“休養生息”之後，經濟早已蓬勃發展。明朝立國初期，長期戰亂導致經濟凋敝，所以“重農抑商”比較好辦：吃喝都發愁，種地當然是正事。但後來經濟發展了，有錢人多了，貧富分化大了，原先的政策，也就越發的行不通了。比如明朝立國早期，嚴禁老百姓隨便流動，出村都要政府批準，可到了十五世紀中期，明朝土地兼並嚴重，無地農民增多，內地農民為了躲避賦稅，紛紛逃亡謀生，成了“流民”，相當多的“流民”，都跑到經濟發達的東南沿海找生計，成了最早的“無產階級”。
有了“無產階級”，當然也就有“資產階級”，沿海的商人集團日益增多，賺錢的胃口也越來越大，“國內市場”的錢賺到了，自然也就開始打“國際市場”的主意。但明朝厲行海禁，壟斷海外貿易，“新富”的沿海士紳越來越多，巨大的外貿利潤，不眼紅是不可能的，搞個走私販運，也就越來越普遍了。說到明朝十五世紀下半葉的曆史，大家津津樂道的大多是“土木堡之變”這類大事，其實明朝的東南沿海，從十五世紀中葉明英宗在位起，就不斷發生暴動，比如福建的鄧茂七起義，曆史書上普遍說“農民起義”，其實參與者相當多是沿海私商。到了後來，許多東南沿海的地方官也與私商勾結，合謀走私坐地分贓。私商，成了明朝自開國起，到明朝中葉，一個日益洶湧且發展壯大的暗流。原本被朱元璋封鎖的嚴嚴實實的中國東南沿海，早已經出現了千百個小窟窿。
在明朝“私商日熾”“奸民日多”的背景下，台灣也越來越多的見諸於史料，不過就像從前“跑龍套”一樣，十五世紀中葉至十六世紀末的台灣，一樣還有很多種名字，通俗的叫法還是叫“東番”，也有叫“雞籠”“淡水”等稱呼的。最早記錄比較多的，是沿海的商民們，經常有人私下裏和台灣島的部落貿易，交換貨物，而和內地往來最頻繁的台灣本島原住民部落，就是居住在台灣島南部安平，平甫一帶的“台窩灣”部落，後世許多學者都認為，這一支部落的名稱“台窩灣”，就是後來“台灣”一詞的由來。對於這種和台灣部落的私商往來行為，按照早期明朝的“海禁”政策，是要厲行打擊的，但早在十五世紀末的明朝弘治年間，這種情況就已經到了“令不能行”的地步。從明朝成化（1465—1487年）時期，與台灣毗鄰的福建，早就出現了大量的“鄉集”，所謂的“鄉集”，就是違背明朝政府壟斷禁令下的“黑市”，在這些“黑市”裏，來自台灣的鹿皮，甘蔗等貨物應有盡有。兩岸之間的經濟聯係，並未因為早期的“被搬家”而割裂，相反越發的密切。
在東南沿海的這些改變背後，是明朝人觀念的改變，早期的明朝人，對待商人基本是鄙視的。商人的地位也比較低，國家的行政政策，也一直是“農為本，商為末”。政府的財政收入來源，主要是農業稅。可是重商主義的思潮，在明朝中期就出現了，最著名的當屬明孝宗（1487—1505年在位）時期的名臣邱浚，他在其著作《大學衍義補》中提出了一個石破驚天的觀點：“食貨者，生民之根本也。”翻譯成白話就是：商業，是國民經濟的根本。而從明朝景泰（1450—1457年）年間開始，內閣大學士徐有貞就提出放鬆海禁，之後到明朝嘉靖年間，明朝的“海禁”政策時緊時鬆，總的趨勢，卻是越來越鬆，從事“私商”貿易的群體，從早期的商人，士紳，官員，到最後也有了底層的平民。到西方人不遠萬裏，冒著死亡的威脅尋找走向東方的航線時，大洋彼岸越來越多的中國人，也在嚐試著衝開沿海的屏障，走出一條新的生存道路。兩者的交彙之處，就是台灣。