所以在澎湖戰役之後，明鄭政權就忙著開會，一幹人等嘰嘰喳喳，卻連個像樣的主意都拿不出來，主流的意見就是跑，至於往哪裏跑，有說去南下菲律賓的，馮錫範甚至還想過北上日本。還沒商量出個醜寅來，又傳來消息，台灣寧靖王自殺了。這個寧靖王，就是當年跟隨鄭經來到台灣的明朝宗室朱術桂，也一直被看做明鄭政權對外的一塊“招牌”，大勢已去下，“招牌”也沒了。
當時的台灣島，可謂人心惶惶，什麼流言都有，家家戶戶忙著逃難，許多有錢人二話不說，卷起東西乘船南逃東南亞。就在這時，澎湖之戰中的敗兵，也陸續跑回台灣島了，缺胳膊斷腿的，陸續在東寧街頭出現，正當大家更人心惶惶時，逃兵們的話，卻讓許多人不慌了：我們都是清軍放回來的。
他們確實是清軍放回來的，澎湖之戰，施琅累積俘虜明鄭軍士兵近萬人，對這些士兵，施琅的態度是“去留尊便”，有願意留下的自然好，願意回台灣和家人團聚的，還發放路費。施琅優待俘虜的事情很快在台灣島傳開了：對俘虜都這麼優待，何況台灣？
得知消息的明鄭政府，投降的建議也很快占了主流，但是一個疙瘩卻始終不解：施琅是和鄭家有仇的，他要報仇怎麼辦？
施琅來解疙瘩了：其實清朝平定台灣的整體方略，在戰前就定下來了，就是“寓撫於剿”，即在戰場取得壓倒優勢的情況下，采取招撫手段，力爭和平解決問題。在攻克澎湖列島後，施琅並沒有急於進兵，相反則在澎湖休整，不斷向明鄭政權發出和平信號。和平解決的突破口，還是放在了剛剛交過手的劉國軒身上，他從台灣俘虜中找到了劉國軒的親兵，托他給劉國軒捎話，表示不會與劉國軒為仇，如果劉國軒能促成明鄭歸降，他甚至願意和劉國軒結成兒女親家。為了表示誠意，施琅“折箭為誓”，對於軍人來說，這好比是發了毒誓。
施琅的誠意，最終打動了劉國軒，在明鄭政權內部，他開始極力主張歸順。他的意見在明鄭集團中尤其重要，畢竟現在台灣最後一支軍力還在他的手中，他都要降，別人還有什麼辦法？一向喜歡弄權的馮錫範也沒了主意。在劉國軒的堅持下，明鄭向施琅提出了條件，即清軍入台，必須尊重“三不傷”原則，即不傷百姓，不傷官民，不傷宗室。施琅全部答應，這時候的台灣島上，已是“民心既散，誰肯死守”。歸順，已經水到渠成。
七月十五日，台灣延平郡王鄭克爽上降表，正式宣布投降。七月二十五日，清康熙帝下赦諭，接受鄭克爽投降。八月十三日，施琅率一萬水師，從鹿耳門進入台灣受降。明鄭政府全體官員前來迎接，施琅當場宣布安民告示，禁止官兵劫掠百姓，一路紀律嚴明，於台灣百姓秋毫無犯。之後施琅巡視台灣南北，安定地方。十一月二十二日，清軍班師回朝，將鄭克爽並台灣官員一幹人等護送至北京。收複台灣的大業，至此徹底完成。
台灣的收複，意味著這場綿延數代人的戰爭，最終落下了帷幕，中國東南沿海，從此迎來了真正意義的和平。在這場戰爭中最終殊途同歸，做出選擇的人，也迎來了他們不同的結局。
進京覲見過康熙帝後，鄭克爽等一幹台灣降官們，得到了清王朝的妥善安置，鄭克爽受封海澄公，從此世居北京。劉國軒和馮錫範受封伯爵，馮錫範的事跡不再見諸史料，這個弄權弄了一輩子的小人，應該徹底老實了。而職業軍人劉國軒，一度曾擔任過天津總兵，在任上清正廉潔，與民休息，尤其是他在天津推廣水稻種植，惠民頗多，也深受康熙賞識，之後康熙曾多次賞賜他財物宅邸，過世時受封太子太保，在明鄭政權諸多降將中，他應是最受信用的一個。其餘如林興珠等部將，也各有任用，當年鄭成功收複台灣時建立奇功的“藤牌軍”，在台灣收複兩年後更被調往黑龍江，參加了清軍兩次收複雅克薩的戰鬥，繼續屢建戰功。鐵軍，走到哪裏都是鐵軍。
而台灣的曆史，也在這場收複之後，再次平穩走過了一個拐點。在台灣平定初期的康熙二十二年底，清政府“棄台論”一度甚囂塵上，即將台灣的全島人口盡數遷入內地，隻留一空空荒島。持此議的，是大學士蘇拜，該主張在清廷上下頗有市場，連當年舉薦施琅的李光地也認為，台灣島是可以拋棄的，至於荷蘭人要占，隻要他們願意納貢稱臣，也可以由著他們占。連收複台灣決心異常堅決的康熙帝，在戰事勝利後，竟然也認為“台灣彈丸之地，得之無所加，棄之無所損”。如果此議成真的話，這無疑是曆史的倒退，之前幾百年，數代人的心血，都將付之東流。