關鍵時刻，卻還是施琅挺身而出，在台灣收複後，他為康熙上了著名的“恭陳台灣棄留疏”，在這份事關台灣命運的奏疏中，施琅絲絲入扣，以他幾十年來對台灣的理解，全麵分析了台灣對於中國的意義。包括軍事上鞏固邊防的作用，經濟上其沃野千裏，對國民經濟的支撐，甚至地處黃金海域，巨大的商業價值。奏疏中的每一個理由，都以他親身的見聞經曆為佐證，包括當年的海商經曆，海洋征戰，在鄭芝龍，鄭成功，清王朝幾家勢力間的反複輾轉，更包括了荷蘭人，西班牙人，葡萄牙人，日本人，不同勢力與它發生的戰火糾葛，這是一份詳細闡述台灣曆史的著名奏疏，以一個老將軍沉浮海洋的一生為佐證，證明一個簡單的道理：台灣，是中國領土不可分割的一部分。
清王朝收複台灣的戰役，真正的戰鬥隻有一戰，前後不過兩個月，而事後關於台灣命運的爭論，卻長達八個月，幾乎所有康熙朝的著名人物都牽涉進來，每天口水滿天飛的爭吵。到了康熙二十三年四月二十一日，這場爭論也終於有了結果：依施琅奏議，清政府在台灣設台灣府，下設台灣，鳳山，諸羅三縣，繼承了南明時期鄭成功在台灣的建製，以中央政府的名義設機構統治。這以後的台灣，進入了它又一個黃金時期。在經過了戰後早期的“回大陸潮”潮後，從康熙年間開始，更多的沿海移民進入台灣島，至清朝乾隆年間，台灣島的人口已經突破了百萬人。而其經濟貿易，也和大陸貿易圈連接在一起。兩岸之間商船遊走頻繁，貿易繁榮，台灣的物產遠銷內地各省。這個五千年來中國領土中的蠻荒之地，至此已成中國國土密不可分的東南重鎮。18世紀清朝重行“海禁”前的台灣，依然延續了它在東亞貿易圈中的特殊地位，更有了中國大陸的堅固依托，兩岸的經濟，文化，從此更成為難斷的血脈。
戰後的施琅，也得到了清王朝的表彰，被清王朝晉封為“靖海侯”，並永鎮福建水師。之後施琅在台灣招納人才，穩定人心。並力主解除海禁，發展工商業。雖然也有過壟斷貿易，掠奪田產之類的劣跡，但因他不世的功勳，依然有理由得到尊重。
然而他做的最值得尊重的一件事，卻是在康熙二十二年八月二十二日，即收複台灣戰役結束的伊始，那時候的施琅，是剛剛打贏一場戰爭的勝利者，所過之處，無不是鮮花，崇敬，乃至逢迎巴結。全島上下，上至明鄭王室，下至官民百姓，對他無不恭恭敬敬。可謂威風到了極點。
然而就是那一天，一直威風的施琅，卻莊重的更衣，備禮，不坐轎不騎馬，步行出發，來到了一個地方，焚香，叩拜，獻禮，恭恭敬敬，來拜見一個人。一個他念念不忘數十年的仇人，卻也是一個給予了他一條道路，並令他奮鬥終身的前輩。
他到的地方，叫國姓爺廟。他拜祭的人，是鄭成功。
自南安侯入台，台地始有居民（大量泉、漳移民)。逮賜姓啟土，世為岩疆，莫可誰何！今琅賴天子威靈，將帥之力，克有茲土，不辭滅國之誅，所以忠朝廷而報父兄（應為“父弟”）之職也。但琅起卒伍，於賜姓有魚水之歡，中間微嫌，釀成大戾。琅與賜姓，剪為仇敵，情猶臣主。蘆中窮士，義所不為。公義私恩，如是而已！
追隨過他的身影，分享過他的光輝，衝撞過他的威嚴，逃避過他的憤怒，怨恨過他的絕情。然而沉浮起落，戎馬奔波，卻最終走上了和他一樣的道路，奮鬥著他所曾奮鬥過的事業。
直到此時，此刻，相逢，未笑，恩仇卻早已盡泯。因為，殊途同歸的他們，都是炎黃子孫。