奇俊峰是第一個從日偽占領區投向抗日陣營的蒙旗王公，是蒙古48家王爺中第一家參加抗戰者。在她的鼓舞下，東公旗額王的福晉巴雲英、茂明安旗奇王的福晉額仁慶達賴也冒著巨大的危險，毅然擺脫了日偽軍的壓迫，投奔到抗日陣營中。她們被尊稱為抗日戰爭時期的三位“女王”。
奇俊峰出師殺敵，日軍損失慘重
投身抗日洪流的奇俊峰很快就得到了重用。1938年4月中旬，國民政府軍政部任命奇俊峰為烏拉特前旗保安司令。5月，國民黨中央軍事委員會又任命她為烏拉特前旗防守司令部司令，並授予少將軍銜。防守司令部設在五原縣城，每月由軍政部發給銀洋7000元作軍餉，經門炳嶽同意，在旗內招收了200餘名青年擴充了軍隊。
在烏拉特前旗防守司令部成立大會上，奇俊峰全副武裝威風凜凜，佩戴著少將軍銜標誌，慷慨陳詞地發表了《赤心愛國，堅持抗日到底》的講話。烏拉特前旗防守的領導力量也很快得到了加強，經軍政部批準，任命黃楚三為司令部上校參謀長，李雋卿為中校參謀主任，鄭明全為第一團團長，鄭色令為第二團團長。
會後，根據門炳嶽師長的統一部署，這兩個團分別派往西山嘴以南、烏加河以北一帶擔任防守任務。
一個多月後，奇俊峰就迎來了對日寇的一戰。1938年7月10日拂曉，日軍千餘人分乘45輛軍車，集中火力進攻後套的咽喉要塞西山嘴。烏拉特前旗防守司令部兩個團的官兵發揮自己對地形熟悉的優勢，與騎七師密切配合，很快將來犯日軍擊潰。日軍損失慘重，奇俊峰出師即旗開得勝，各方麵紛紛來電來函祝賀，更加堅定了她抗日到底的決心和信心。
1939年春天，烏拉特前旗防守司令部遷到陝壩，所屬部隊仍按照原來的部署，主要是配合傅作義的正規部隊在前線進行作戰。在堅持抗戰的同時，奇俊峰還十分關心旗民們的生活。她曾在陝壩以西40多裏的三淖召開了旗務大會，規定不能隨便對旗民進行攤派，禁止征收苛捐雜稅，盡可能保證旗民們的生活。
1939年的9月，國民政府蒙藏委員會任命奇俊峰為烏拉特前旗護理旗長兼綏境蒙政會建設委員會主任，任命其子奇法武為記名旗長。之後，奇俊峰在烏拉特前旗三淖召開旗務大會，恢複烏拉特前旗旗政府，並宣布由日軍扶持的烏拉特前旗傀儡政權（由額寶齋任大協理，操縱實權）是非法的，呼籲軍民堅決予以無情打擊。10月28日，奇俊峰率領旗府官員，對後套地區的烏拉特前旗群眾以西往東按蘇木區劃進行了曆時二十餘天的慰問，一方麵救濟災民和召廟喇嘛，一方麵組織旗民舉行國民公約宣誓，受到各界的由衷擁護和廣泛好評。
奇俊峰帶兵打仗的方法很是特別。每次上戰場，她都讓人設下軍帳，帳前擺上一張交椅，兩個衛士一左一右，站立兩旁。她自己也是全副武裝，威風凜凜，全然一副女王的派頭，坐在椅子上觀看戰場的情況，一是為了振奮人心，激勵戰士們奮勇殺敵，另一方麵也是為了防止有人臨陣潰逃。她讓人在座椅前麵不遠的地方畫下一道橫線，如果有人退到這個線的後麵，站立在她兩旁的衛士就會立即拔槍將其擊斃。
奇俊峰膽量過人，對震耳欲聾的隆隆槍炮聲毫無畏懼，麵對日偽軍大軍壓境的氣勢也鎮定自若，指揮若定。女王的勇敢和鎮定讓部下們十分佩服，在女王的鼓舞下，戰士們個個勇猛異常。她的部隊驍勇善戰的美名不脛而走，成為傅作義部下一支抗戰勁旅。在五原、包頭的多次戰役中，屢立戰功，對抗擊日軍起到了很大作用。
奇俊峰晉升為中將軍銜
1939年的秋天，國民黨軍騎七師師長門炳嶽奉調回重慶擔任騎兵總監後，向蔣介石彙報了綏西抗戰的情況，並建議蔣召見奇俊峰。他說，奇俊峰不僅在大後方婦女同胞中很有影響，而且通過報紙宣傳在全國也聲望頗高，如委員長能召見她，對大後方的少數民族各界人士將是莫大的鼓舞。蔣介石覺得言之有理，就決定召見奇俊峰到重慶述職。
1939年12月20日，由奇俊峰、奇法武、黃楚三、李雋卿等二十餘人組成的述職團由陝壩鎮出發，途經榆林、延安、西安，於1940年3月下旬抵達重慶。
行政院長孔祥熙、軍政部長何應欽、蒙藏委員會委員長白雲梯等高級軍政官員舉行盛大招待會，歡迎奇俊峰一行，並高度評價奇俊峰抗戰愛國的事跡。《中央日報》也在顯要位置發表了“行政院、軍政部、蒙藏委員會舉行宴會，熱烈歡迎抗戰女司令奇俊峰”的報道。