製度是一個政權存在的重要依據。
另一方麵，改革政體。政體也可稱之為製度，是指一個國家政府的組織結構和管理體製。雲羿結合古今中外的各種成功經驗，構建了一套與國體相配套的政體製度。所有機構分為三大部門，分別是政府、軍委和法院。
政府又稱為國務府，是雲羿勢力中最高的權力機關的執行機關，由首輔、副首輔、各部部長、秘書長和國務委員組成，下設文務部（等同現今外交部、教育部和文化部等）、武務部（公安部和監督部等）、吏務部（組織部和人事部等）、財務部（財政部和審計署等）、工務部（科技部和交通運輸部等）、農務部（農業部和水利部等）和商務部（商業部和錢莊等）七大部門。國務院實行首輔負責製和內閣製相結合，雲羿本打算讓魯妙子擔任國務府首輔，可惜魯妙子清閑慣了不幹，又時常埋首研究各項武器和機巧，雲羿隻有自己兼任正副首輔。
自從雲羿收編飛馬牧場後，雲羿也一直忙於軍務，政務一直荒廢，便靈機一動，在箭神廳設立了辦公機構，由秘書長統領，讓秘書長和七部部長擔任的日常政務處理。雲羿前思後想秘書長的人選，最後發現也隻有未婚妻商秀珣能當此重任，因為各部部長幾乎都是飛馬牧場的原班人馬。國務府之下設七部，文務部長梁治，工部部長由魯妙子掛職，由吳言行部長職權，武部部長由梁治擔任，吏務部長柳宗道，農務部長許揚，財務部部長由原商務部副部長董方擔當，商務部部長駱方，各部實行部長負責製。大框架之下，層層而下，郡縣便稱為政務府，其他的大部分官職和機構依舊按照魯妙子的設想成立，恰巧的是，寇仲治下則是絕大部分是按照魯妙子的書籍所載的製度成立，由此也為二人他日合兵建國，打下了製度的基礎。
倘若說國務府是飛馬牧場的後花園，那麼軍事委員會便是瓦崗舊部的大本營。軍事委員會簡稱軍委會，由元帥、副元帥、各部部長和軍委委員組成。雲羿正副元帥一手抓，下設四大部門，分別是參謀部、政治部、武裝部和後勤部。參謀部長沈落雁、政治部長馮漢（雲羿的死忠）、武裝部長徐世績和後勤部長馮歌。將現代的一係列軍銜製度和軍部設置，全部照搬。別看馮漢是政治部長，但他的軍銜隻是大校級別，而程咬金、秦瓊和單雄信他們雖然隻是軍委委員，卻都是少將軍銜。
軍銜設7等18級，分別是：元帥、大將、上將、中將、少將；大校、上校、中校、少校；大尉、上尉、中尉、少尉；上士、中士、下士；上等兵、列兵。軍銜同軍隊職務之間有一定的對應關係，通常是一職兩銜，即：上尉一連長，少校—營長，上校一團長，大校一旅長，少將一師長，中將一軍長，上將一軍團的司令官，元帥一個軍區的頭號人物。軍銜授予的條件和程序，都以《華夏法》法律形式加以規定。
雲羿麾下，飛馬牧場和瓦崗舊部兩股勢力一政一軍，一內一外，一南一北，在法院的監督和一品居勢力調和之下，達到了平衡。這也讓雲羿在各大諸侯的勢力中，出奇沒有出現重大叛亂的緣故。
法院算是雲羿在大唐世界中的一大創舉，一經出台可謂是舉世震驚。因為雲羿將法院獨立於軍委會和國務府之外，權力之大讓軍委會和國務府都不敢敢攫其鋒芒，真正做到權貴犯法與民同罪，讓雲羿頓時威望大漲，結合土地革命戰爭，再經過沈落雁的第二次造神運動，徹底將雲羿的神靈下凡的地位提升到了神靈之尊，治下甚至有些民眾建立神祠祭拜雲羿，這讓一個堅持無神論者的雲羿很是惱火，急忙叫停，不料卻得到了更多民眾的擁護，認為雲羿是一心為民、大公無私的賢明之主。
法院分為立法院、司法院和刑法司。立法院相當於現今我國人民代表大會製度和國外參議院製度的集合體，不但有立法之權，更有監督刑法部、司法院、國務府和軍委會之責，不過以現如今的的民主意識，這個部門等同擺設，起始麾下的文臣武將都不明所以雲羿為何要建立這個部門，直至五十年後，眾人方知雲羿的驚采絕豔和高瞻遠矚。
司法院則下設萬民法院、萬民檢察院和軍事法院，相當於現今的人民法院、人民檢察院和軍事法院，對各類案件，依照立法部頒布地法律審理和複核案件，進行定罪量刑。