陸建瀛越過小孤山，不敢停留，炮船也在第二天夜間開走，不知去了何方。此段長江幾乎成為官軍不設防的地帶。
陸建瀛在安慶登陸，乘轎經過安慶城外。蔣文慶登上城牆，大聲喊道：“陸大人！上遊戰況如何？”
陸建瀛靠在轎子上，搖手說道：“敵軍勢力浩大，萬不可敵！”
蔣文慶說：“請陸大人入城，卑職有要事相商。”
陸建瀛回答：“江寧要緊，我要趕緊回去！”
陸建瀛撇下安慶，趕到太平府，視察東西梁山。此處是從安徽進入金陵的道路，陸建瀛把蕪湖、荻港和板子磯的駐防軍都撤到這裏，對將領們說：“你們不須害怕，本部堂將親自指揮廣艇和舢板船進防此處。”
陸建瀛又召見代理知府潘筠基，令他召募一千名鄉勇備防。然後，他從采石磯進入江寧鎮。這裏是金陵的西大門，他令江寧知府魏亨逵也招募一千名鄉勇備防，派五百水勇駐防龍江關，派一千二百名商勇駐防上河。
陸建瀛草草對金陵附近的江防做了布置，便返回金陵，縮在城內不出。他從九江出發後，水陸兼程，隻用了七個晝夜，就回到了省城。
陸建瀛帶回金陵的隻有十七人和兩條船，對金陵的防禦毫無補益。將軍祥厚等人聯名寫信給他，請他還是帶兵去上遊迎戰，陸建瀛不予答理。祥厚又請他在城外紮營，與城內互為犄角，陸建瀛也不回答。祥厚率領提督福珠洪阿、副都統霍隆武、布政使祁宿藻等人來見，要商談軍事，陸建瀛稱病不出，閉閣謝客三天，坐在衙內吃齋念佛。
江蘇巡撫楊文定發現勢頭不對，趁機開溜。他說：“既然總督已歸，楊某可以走了。”他即日向朝廷報告，說要移守鎮江。祥厚等人聯名上疏，彈劾總督和巡撫，指責他們“喪師避寇”。
金陵失陷
再說安慶的情況。蔣文慶聽說太平軍占了九江，派出大批哨探向上遊偵察敵情。正月十六日下午，這個六十歲的旗人巡撫接到探報：九江的太平軍全部東進，已經抵達小孤山，距安慶不過二百裏。太平軍船隊駛到這個要隘，竟然如入無人之境。
太平軍水陸大軍都已逼近安徽，而安徽各地駐紮的官軍最多不過一千多名，若要阻擊，簡直是螳臂當車。各省相繼趕到安徽的援軍，蔣文慶都已分派到小孤山和宿鬆一帶駐防堵守，省城兵力十分單薄。
安慶是一座沿江城市，位於江北，城牆單薄，又不見援兵到來，城中居民對官軍失望，早已遷徙一空，隻剩下糧餉和武器裝備。太平軍一到，將會全部繳獲。周天爵在廣西就已知道太平軍的厲害，他致函蔣文慶，告訴他安慶絕對守不住，請他立刻率領各級官員攜帶餉銀退保廬州。周天爵建議他帶兵馳赴正陽一帶，既可策護糧餉，也可為金陵提供後路援應。蔣文慶處於兩難之地，如果不把糧餉撤走，落到太平軍手中，他的罪過不小；但如果他跟糧餉一同撤走，又擔心皇上治他臨陣脫逃之罪。於是他采取一個折中的方案，下令將糧餉武器分水陸兩路押赴廬州，他和省級高官仍然帶兵在安慶防守。
太平軍船隊第二天就駛到了安慶岸邊，開炮轟城。官軍不待命令，自動從北門撤走。蔣文慶登上城樓督陣，見部隊自行潰退，知道無力回天，隨即自盡。其餘文武官員各奔東西。二更時分，太平軍從八卦門和大小南門直接入城，搶擄倉庫，燒毀官署。
太平軍前鋒第二天就離開安慶，繼續東進。此後三天，主力陸續從安慶出發，搬走藩庫白銀三十多萬兩，漕米四十多萬石。
周天爵行抵宿州，接到鳳陽府知府楊福祺的稟報，知道安慶已經失守。他飛令前路廬州、鳳陽、潁州、滁州等府縣速行招募鄉勇防堵，催促琦善帶兵遮護全淮，通知陸建瀛竭力防守江蘇。
太平軍於正月二十一日攻占太平。這時陸建瀛還待在金陵城內，他帶領戰船進駐東西梁山的許諾，已經成為一句空話。