第二天，向榮率部繞道前往武穴防區。中午時分，離武穴還有十多裏，探子來報，敵船已過武穴，該處設防的官軍全被擊潰，大炮火具已被敵軍繳獲。探子又說，陸建瀛也已退回九江，現在敵船已駛進江西，離九江僅百裏，順流直下，瞬息可到，情形十分危急。
向榮折回瑞昌，派和春等人帶隊星夜向九江推進。連日大雨，陸地行進比水上倍加艱難。又接探報，敵船已抵達盧家集一帶，離九江隻有三十裏；九江城內，百姓搬遷一空，防城器具一無所備。大炮與火藥倒是極為充足，可惜無兵防守。
向榮急得直跺腳，急問哨探：“陸製軍在哪裏？”
“小的聽說，陸製軍已離開九江，向下遊去了，消息不通，未知停泊何處。”
向榮思索片刻，說道：“令部隊繼續前進，救援九江！”
向軍於正月十二日行至九江附近的官牌峽，太平軍先鋒船隊十幾艘已於前一天開到，駛到九江岸邊。官軍開炮轟擊，擊破敵船七艘，太平軍駛到北岸停泊。這時太平軍主力乘坐一千多艘船隻連檣而至，官軍與太平軍開炮對射，太平軍一麵在十幾處登陸，集結五六千人，向官軍衝殺，從早晨打到中午，將向軍擊退。太平軍將九江城附近小河上的浮橋砍斷，切斷了官軍的進路，向榮眼睜睜地看著對手開進九江。
向榮的下一個救援目標是安徽的省會安慶，但他認為部隊必須渡到江北，才能順利抵達目的地。如果仍然從江南追躡，既擔心繞道太遠，又擔心小河太多，還有鄱陽湖阻隔，極為不便。太平軍從水路進發，軍行迅速，官軍步行追趕，疲於奔命，勢難趕上。另一個辦法是尋找大量船隻，從江上追擊，方能得手。於是向榮把找船的任務交給江西，叫興國州加緊征集，又令張芾趕緊設法迅速從上遊放下，以備追剿。
向榮知道自己無法迅速應援安慶，指望直隸提督陳金綬統帶的北路兵馬迅速趕赴安徽，保衛安慶。他令部隊在距離九江二十多裏的拖船溝一帶駐紮，等待船隻到來。
張芾正月十日還在瑞昌，次日聽說太平軍全部東進，他便企圖從小路趕回九江。行至中途，得知九江失守，陸建瀛已經撤走。他不知太平軍會不會開進鄱陽湖，窺伺南昌，陳孚恩又多次寫信催他返回省城部署防守，於是他決定返回南昌，令駐紮姑塘的按察使惲光宸等到太平軍離開九江後，立即進城安撫居民。又令知府林福祥會同各位將官收集兵丁，以備遣用。張芾自知罪孽不輕，自請皇帝治罪，果然是革職留用。
楊秀清進入九江，發現這裏已是一座空城，沒有留下多少資財。他下令將廟宇、官署和稅廠放火焚燒，第二天就開始陸續東進。從武昌征召的百姓，隻要太平軍靠岸，就有許多人逃脫。於是楊秀清決定不要輕易停泊，所過小地方都不靠岸。林鳳祥的陸路大軍則從湖北雙城驛向安徽宿鬆境內開進。
向榮跟在太平軍後麵進入九江，派出軍官前往大姑城一帶雇覓船隻，令蘇布通阿統帶川兵從金口前來，一路尋找船隻帶到下遊，以便大軍渡江。
向軍此刻已經沒了餉銀和軍糧，加上風雪交作，連日不停，部隊忍受不了寒冷。於是向榮幹脆原地休整，等待給養和船隻。向榮通知張芾，令他迅速提取十萬兩銀子解赴大營。同時四處張貼告示，招商複業，派官員下農村采買米糧。他又令鄧紹良星夜帶兵趕來大營。音德布所帶的雲南兵一千多名已經開到，但並未帶來船隻。向榮又請兩廣總督葉名琛速調外海水師戰船並快蟹、大爬等船，湊足百隻，多配子藥，遴員選帶，由海道駛至江南迎頭堵擊，但這顯然是遠水救不了近火。
陸建瀛離開九江以後，乘小船夜過小孤山，隻見幾百名官軍駐紮山腳，安徽按察使張熙宇指揮炮船停泊在山下防守。大家都知道這點兵力不管用，但是小孤山兀峙江中，巋然為東南屏障，山峰斜對南岸的彭郎磯，南麵寬約一裏，北麵寬約半裏，正是狹窄之處，如果不守此處，還有哪裏可守呢？然而這麼點兵力放在這裏，又能起什麼作用呢？