官軍見太平軍炸了自己人，歡呼雀躍，跑到缺口處，割下敵軍將領的首級或士卒的耳朵回城領賞。林鳳祥抓住儀鳳門守軍分散的機會發起猛攻。鄒鳴鶴見勢頭不對，連忙從其他各門把部隊調到儀鳳門。水西門、旱西門、南門三處防兵減少，羅大綱令部隊趁機搭接木梯，爬城而入。
羅大綱首先突破了水西門，守軍頓時潰敗。城內的間諜放火騷擾，大喊“太平軍進城了”，其餘守軍鬥誌頓消，紛紛潰逃。三座城門隨後失守，太平軍如潮水一般湧入城內。
這時，提督福珠洪阿已經戰死，祥厚與霍隆武退保內城，旗營男女登城守禦，拚死鬥殺，擊斃太平軍三四千人。內城陷落後，旗人戰死者多達四萬多人，祥厚與霍隆武也在其中，無一幸免。上元縣令劉同纓身穿公服，坐上公堂，大罵太平軍，被太平軍處死。鄒鳴鶴隨辦團防，也死於城內。大批官兵被驅脅屠戮。
滿城的浴血奮戰可見諸官軍的奏報，但太平軍的說法完全相反。金陵陷落後不久，他們告訴英國駐華外交官密迪樂（Meadows）：那些滿人下跪求饒，臨死就像哀鳴不已的綿羊。
金陵城高牆堅，卻未守住半月。由於陷落過於迅速，鹹豐來不及做出任何反應。祥厚等人彈劾陸建瀛和楊文定的奏章抵達京城之後，鹹豐決定臨陣換帥，令祥厚兼代欽差大臣和兩江總督，將陸建瀛逮捕，派人解送刑部治罪；楊文定革職留任，繼續防守鎮江。可是驛路相距二千裏，這份詔書到來時，金陵已在陷落前夕。祥厚這個新任的欽差來不及調整部署，對欽犯陸建瀛的懲辦也無法落實了。詔書到來之前，陸建瀛乘小轎去拜訪祥厚，歸途中經過十廟，遇到太平軍，死在刀叢之中。
陸建瀛死後還遭到謠言的中傷。江南官民怨恨他無能禦敵，愛說大話空話，傳說他其實已經投降太平軍。建陽守備汪大臣說得有鼻子有眼，他向向榮報告，說他親眼看見陸建瀛頭裹黃巾與官軍作戰。
陸建瀛自命為理學家，教人尊崇程朱，鑽研《近思錄》，閱讀性理書籍，孜孜不倦，做官規行矩步，以端方率領下屬，贏得了天下的景仰，大有身後進入文廟的希望。可是很不幸，他迎頭撞到了戰爭。在敵人沒來時，他表現得慷慨激昂，主動請纓；可是當他親眼見到戰爭的殘酷，便驚慌失措，於是一敗塗地，把一輩子積攢起來的好名聲都埋葬了，成為天下人的笑話。由此可見，一個人的理學修養未必是成功的充分條件，他還必須具備其他的素質，尤其是實踐經驗。
陸建瀛究竟是被嚇死，是被斬殺於總督署，還是乘著小轎逃出城外十幾裏才被捕殺，抑或是逃到了鎮江，眾說紛紜。但無論如何，他對於戰爭的雙方，已經都不重要了。他的位置將會有別人取代。
向榮和琦善兩位欽差大臣都沒能看到金陵失陷的場景。向榮派往姑塘的部隊於二月一日才登舟東進，開出湖口。向榮第二天從九江出發，在金陵陷落的這一天，他才行抵安慶。
向榮剛剛進城，喘息未定，聽說陳金綬與勝保前來參見，連忙出帳迎接。他和陳金綬以前都是楊遇春的老部下，一起刀頭喋血，關係最鐵。向榮一把握住陳金綬的手說：“你我兄弟多時不見，如今同剿一匪，又得共事一方，更當戮力同心，剿除醜類！”
向榮設酒款待故人，當下會商，向榮先從水路救援金陵，陳金綬與勝保從江北的陸路前往浦口接應。
第二天，琦善也到了安慶。向榮與琦善會見，說：“琦大人所部都是生力軍，但未曾與粵逆交手。我部從廣西一路打來，大小幾百仗，頗有心得，還是由我部打先鋒吧。我部立即從水陸兩路推進，貴部可從江北陸路開向浦口，以圖接應。”