但是團練的成效不可一蹴而就，眼看敵軍就要打到家門口了，鹹豐不得不采取更有力的措施。他任命直隸總督訥爾經額為欽差大臣，統轄河南河北各路官軍，令理藩院尚書恩華和江寧將軍托明阿幫辦軍務。陝甘總督舒興阿、山東巡撫李僡、山西巡撫哈芬，都奉到諭旨，要求他們督兵會剿。
在調往河南的所有官軍中，勝保的表現最為積極。他自五月十二日從揚州起程後，遇到五天大雨。他心焦如焚，不準部隊休息。可是部隊長途跋涉，路上泥水過深，每天隻能推進三四十裏，於六月四日才抵達亳州。勝保沒有停下休息，令部隊從陸路兼程前進。
林鳳祥獲悉官軍勁旅正在迅速向他趕來，不敢在武陟停留太久，突然揮師西進，攻打懷慶府城。據城內守軍估計，攻擊兵力約為三千多人。訥爾經額派出兩支部隊前往增援，大名鎮總兵董占元為一路，代理正定鎮總兵雙祿的一千人為另一路。代理河北鎮總兵花裏雅遜布奉令仍在開封對岸的延津渡口駐紮，副將甘恪修的五百官兵奉令駐紮獲嘉，以為後路聲援。
六月六日，林鳳祥派出的南下分遣隊幾千人逼到許州城下，發起攻擊。守軍嚴守一晝夜，太平軍未能攻入城內。經文岱第二天抵達密縣，柏山於六月八日趕到許州的八裏橋。太平軍探知官軍追到，於當天夜間撤圍，取道臨穎縣南下。柏山緊追不舍，第二天趕到郾城縣的王店，追到敵軍尾隊。官軍接仗小勝，太平軍繼續南下。柏山又取道西平縣，一路窮追。
柏山於六月十一日在遂平追到林鳳祥的南下分遣隊。太平軍前有沙河，河水暴漲，無法渡河。太平軍分出兵力阻擊，掩護主力撤走。阻擊部隊損失慘重，犧牲了一名李姓丞相，有可能就是李開芳。但此人的名字後來又頻頻出現在南北戰場，無法確定究竟是死在何處。
被沙河阻截的太平軍南下分遣隊在阻擊部隊掩護下，撤到遂平附近的渡口，於六月十二日渡河，繼續南下。柏山帶兵窮追，第二天抵達確山縣的南京店。官軍經過連日追趕，疲憊不堪，再也走不動了，柏山不得不下令紮營。
六月十四日黎明，柏山下令拔營，追到臻頭河北岸，見太平軍已經渡到河中。太平軍得到轉機，此時距離湖北隻有一百多裏，於是狂奔向南。可是走到三官廟一帶，遇到經文岱率領的官軍。太平軍無心戀戰，繼續南撤，卻發現前麵攔著一道淮河。他們無暇多想，順著河岸東奔。第二天，柏山追到明港驛，已經落在太平軍後麵較遠處。
六月十六日，經文岱追到小股掉隊的太平軍，發生了小戰鬥。南下分遣隊主力已經抵達正陽和羅山一帶，進入河南撚軍最活躍的地區。
話分兩頭，林鳳祥抵達懷慶後，周邊未見官軍，但城內守軍抵死抗拒，無法攻進城內。董占元的一千人已行抵獲嘉，距懷慶隻有一百多裏。可是董占元探知敵軍兵力比他多出幾倍，不敢再向前進，在獲嘉駐紮下來，訥爾經額迭次嚴催，他總是說要等後起部隊到齊。
托明阿、善祿和西淩阿終於渡過黃河，抵達懷慶，突然發起攻擊。林鳳祥損失一千多人，招架不住，下令撤到四門之外。官軍審訊俘虜，得知敵軍春官正丞相吉文元已被擊斃。太平軍分散駐紮在四關，官軍與懷慶城內取得了聯係。
盡管官軍主力已向懷慶周邊集結，林鳳祥仍未放棄對懷慶的進攻。他把主力集結在懷慶以北。沁河與丹河在這裏形成一個三角形的兩條邊，把太平軍主力夾在其間，林鳳祥顯然是要利用河水作為自然屏障。
董占元已被革職，不敢不帶罪效力。他聽說官軍主力已到懷慶，便不再猶疑，率部趕到丹河以東，擊敗太平軍前哨，率部過河。林鳳祥派出一千多人迎敵，以一支部隊出村攻擊，另一支部隊繞到河東，抄襲董占元後路。由於官軍火力太猛，林鳳祥令部隊藏入高粱地內，然後安全撤走。這時恩華也統帶部隊進抵河東的清化鎮。
林鳳祥對董占元十分惱火，於六月二十一日誘敵接仗，一舉擊潰董占元所部，徹底打垮了董軍士氣。西淩阿的騎兵一直沒有鬥誌，此時更是見敵就退。