我國科學最昌明者，惟天文算法，至清而尤盛；凡治經學者多兼通之；其開山之祖，則宣城梅文鼎也。杭世駿謂：“自明萬曆中利瑪竇入中國，製器作圖頗精密……學者張皇過甚，無暇深考中算源流；輒以世傳淺術，謂古九章盡此，於是薄古法為不足觀；而或者株守舊聞，遽斥西人為異學，兩家遂成隔閡；鼎集其書而為之說，稍變從我法，若三角比例等，原非中法可該，特為表出，古法方程，亦非西法所有，則專著論以明古人精意”杭世駿《道古堂集·梅定九征君傳》。文鼎著書八十餘種，其精神大率類是，知學問無國界，故無主奴之見。其所創獲甚多，自言：“吾為此學，皆曆最艱苦之後而後得簡易……惟求此理大顯，絕學不致無傳，則死且不憾”同上；蓋粹然學者態度也。
清代地理學亦極盛，然乾嘉以後，率偏於考古，且其發明多屬於局部的；以雲體大思精，至今蓋尚無出無錫顧祖禹《讀史方輿紀要》上者。魏禧評之曰：“職方廣輿諸書，襲訛踵謬，名實乖錯，悉據正史考訂折衷之，此數千百年所絕無僅有之書也……貫穿諸史，出以己所獨見，其深思遠識，在語言文字之外”魏禧《叔子集·讀史方輿紀要敘》。祖禹為此書，年二十九始屬稿，五十乃成，無一日中輟；自言：“舟車所經，必覽城郭，按山川，稽裏道，問關津，以及商旅之子，征戍之夫，或與從容談論，考覈異同”《讀史方輿紀要自敘》；蓋純然現代科學精神也。
清初有一大學者而其學無傳於後者，曰大興劉獻廷。王源表其墓曰：“……脫身遍曆九州，覽其山川形勢，訪遺佚，交其豪傑，觀其土俗；博采軼事，以益廣其聞見，而質證其所學……討論天地陰陽之變，霸王大略，兵法，文章，典製，方域要害……於禮，樂，象緯，醫藥，書，數，法律，農桑，火攻器製，旁通博考，浩浩無涯涘”王源《居業堂集·劉處士墓表》；而全祖望述其遺著有《新韻譜》者，最為精奇。全氏曰：
“繼莊獻廷字自謂於聲音之道，別有所窺，足窮造化之奧，百世而不惑。嚐作《新韻譜》，其悟自《華嚴》字母入，而參以天竺陀羅尼，泰西臘頂話，小西天梵書，暨天方、蒙古、女直等音；又證之以遼人林益長之說，而益自信。同時吳修齡自謂蒼頡以後第一人，繼莊則曰，是其於天竺以下書皆未得通，而但略見《華嚴》之旨者也。繼莊之法，先立鼻音二，以為韻本；有開有合，各轉陰陽上去入之五音——陰陽即上下二平——共十聲，而不曆喉齶舌齒唇之七位，故有橫轉無直送；則等韻重疊之失去矣。次定喉音四，為諸韻之宗；而後知臘頂話，女直國書，梵音，尚有未精者；以四者為正喉音，而從此得半音，轉音，伏音，送音，變喉音。又以二鼻音分配之，一為東北韻宗，一為西南韻宗，八韻立而四海之音可齊。於是以喉音互相合，凡得音十七；喉音與鼻音互相合，凡得音十；又以有餘不盡者三合之，凡得音五；共計三十音為韻父。而韻曆二十二位為韻母；橫轉各有五子；而萬有不齊之聲攝於此矣。又欲譜四方土音，以窮宇宙元音之變；乃取《新韻譜》為主，而以四方土音填之，逢人便可印正。”全祖望《鮚埼亭集·劉繼莊傳》
蓋自唐釋守溫始謀為中國創立新字母，直至民國七年教育部頒行注音字母，垂閱千年，而斯業乃成；而中間最能覃思而具其條理者，則獻廷也。使其書而傳於後，則此問題或早已解決；而近三十年來學者，或可省許多研究之精力；然猶幸而有全氏傳其厓略，以資近代學者之取材，今《注音字母》，采其成法不少；則固受賜多矣。全氏又述獻廷關於地理關於史學關於宗法之意見；而總論之曰：“凡繼莊所撰著，其運量皆非一人一時所能成，故雖言之甚殷，而難於畢業”；斯實然也。然學問之道，固未有成之於一人一時者；在後人能否善襲遺產以光大之而已；彼獻廷之《新韻譜》，豈非閱三百年而竟成也哉？獻廷嚐言曰：“人苟不能斡旋氣運，利濟天下，徒以其知能為一身家之謀；則不能謂之人”王源《墓表》引。其學問大本可概見，惜乎當時莫能傳其緒也。獻廷書今存者惟一《廣陽雜記》，實涉筆漫錄之作，殆不足以見獻廷。
同時有太原傅山者，以任俠聞於鼎革之交，國變後馮銓、魏象樞嚐強薦之，幾以身殉，遂易服為道士；有問學者，則告之曰，“老夫學莊列者也，於此間諸仁義事，實羞道之”全祖望《鮚埼亭集·傅青主事略》；然史家謂：“其學大河以北莫能及者”吳翔鳳《人史》。