今文學之中心在《公羊》，而《公羊》家言，則真所謂“其中多非常異義可怪之論”何休《公羊傳注自序》，自魏晉以還，莫敢道焉。今《十三經注疏》本，《公羊傳》雖用何注，而唐徐彥為之疏，於何義一無發明，《公羊》之成為絕學，垂二千年矣。清儒既遍治古經，戴震弟子孔廣森始著《公羊通義》；然不明家法，治今文學者不宗之。今文學啟蒙大師，則武進莊存與也；存與著《春秋正辭》，刊落訓詁名物之末，專求其所謂“微言大義”者；與戴、段一派所取塗徑，全然不同。其同縣後進劉逢祿繼之，著《春秋公羊經傳何氏釋例》，凡何氏所謂非常異義可怪之論，如“張三世”“通三統”“絀周王魯”“受命改製”諸義，次第發明；其書亦用科學的歸納研究法，有條貫，有斷製，在清人著述中，實最有價值之創作。段玉裁外孫龔自珍，既受訓詁學於段，而好今文，說經宗莊、劉；自珍性宕，不檢細行，頗似法之盧騷；喜為要眇之思，其文辭俶詭連犿，當時之人弗善也，而自珍益以此自憙；往往引《公羊》義譏切時政，詆排專製；晚歲亦眈佛學，好談名理。綜自珍所學，病在不深入，所有思想，僅引其緒而止，又為瑰麗之辭所掩，意不豁達；雖然，晚清思想之解放，自珍確與有功焉；光緒間所謂新學家者，大率人人皆經過崇拜龔氏之一時期；初讀《定庵文集》，若受電然，稍進乃厭其淺薄；然今文學派之開拓，實自龔氏。夏曾佑贈梁啟超詩雲：“璱人樂申受劉出方耕莊，孤緒微茫接董生仲舒。”此言“今文學”之淵源最分明；擬諸“正統派”，莊可比顧，龔、劉則閻、胡也。
“今文學”之初期，則專言《公羊》而已，未及他經；然因此知漢代經師家法，今古兩派，截然不同，知賈、馬、許、鄭，殊不足以盡漢學。時輯佚之學正極盛，古經說片語隻字，搜集不遺餘力，於是研究今文遺說者漸多；馮登府有《三家詩異文疏證》，陳壽祺有《三家詩遺說考》，陳喬樅有《今文尚書經說考》《尚書歐陽夏侯遺說考》《三家詩遺說考》《齊詩翼氏學疏證》，迮鶴壽有《齊詩翼氏學》；然皆不過言家法同異而已，未及真偽問題。道光末，魏源著《詩古微》，始大攻《毛傳》及《大小序》，謂為晚出偽作，其言博辯，比於閻氏之《書疏證》。且亦時有新理解，其論詩不為美刺而作，謂：“美刺固毛詩一家之例……作詩者自道其情，情達而止……豈有歡愉哀樂，專為無病代呻者耶……”《詩古微·齊魯韓毛異同論》中，此深合“為文藝而作文藝”之旨，直破二千年來文家之束縛。又論詩樂合一，謂：“古者樂以詩為體，孔子正樂即正詩”同《夫子正樂論》上，皆能自創新見，使古書頓帶活氣。源又著《書古微》，謂：不惟東晉晚出之《古文尚書》即閻氏所攻者為偽也，東漢馬、鄭之古文說，亦非孔安國之舊。同時邵懿辰亦著《禮經通論》，謂：《儀禮》十七篇為足本，所謂《古文逸禮》三十九篇者，出劉歆偽造。而劉逢祿故有《左氏春秋考證》，謂：此書本名《左氏春秋》，不名《春秋左氏傳》，與《晏子春秋》《呂氏春秋》同性質，乃記事之書，非解經之書；其解經者，皆劉歆所竄入，《左氏傳》之名，亦歆所偽創。蓋自劉書出而《左傳》真偽成問題，自魏書出而《毛詩》真偽成問題，自邵書出而《逸禮》真偽成問題；若《周禮》真偽，則自宋以來成問題久矣。初時諸家不過各取一書為局部的研究而已；既而尋其係統，則此諸書者，同為西漢末出現，其傳授端緒，俱不可深考，同為劉歆所主持爭立；質言之，則所謂古文諸經傳者，皆有連帶關係，真則俱真，偽則俱偽；於是將兩漢今古文之全案，重提覆勘，則康有為其人也。
今文學之健者，必推龔、魏，龔、魏之時，清政既漸陵夷衰微矣；舉國方沉酣太平，而彼輩若不勝其憂危；恒相與指天畫地，規天下大計。考證之學，本非其所好也，而因眾所共習，則亦能之，能之而頗欲用以別辟國土；故雖言經學，而其精神與正統派之為經學而治經學者則既有以異。自珍、源皆好作經濟談，而最注意邊事；自珍作《西域置行省議》，至光緒間實行，則今新疆也；又著《蒙古圖誌》，研究蒙古政俗而附以論議未刻；源有《元史》，有《海國圖誌》，治域外地理者，源實為先驅。故後之治今文學者，喜以經術作政論，則龔、魏之遺風也。