清學分裂之導火線，則經學今古文之爭也。何謂今古文？初，秦始皇焚書，六經絕焉，漢興，諸儒始漸以其學教授，而亦有派別；《易》則有施讎孟喜梁丘賀三家，而同出田何；《書》則有歐陽生大夏侯勝小夏侯建三家，而同出伏勝；《詩》則有齊魯韓三家，《魯詩》出申公，《齊詩》出轅固，《韓詩》出韓嬰；《春秋》則惟《公羊傳》，有嚴彭祖顏安樂兩家，同出胡毋生、董仲舒；《禮》則惟《儀禮》，有大戴德小戴聖慶普三家，而同出高堂生。此十四家者，皆漢武帝、宣帝時立於學官，置博士教授；其寫本皆用秦漢時通行篆書，謂之今文；《史記·儒林傳》所述經學傳授止此，所謂十四博士是也。逮西漢之末，則有所謂古文經傳出焉；《易》則有費氏，謂東萊人費直所傳，《書》則有孔氏，謂孔子裔孫安國發其壁藏所獻；《詩》則有毛氏，謂河間獻王博士毛公所傳；《春秋》則《左氏傳》，謂張蒼曾以教授；《禮》則有《逸禮》三十九篇，謂魯共王得自孔子壞宅中，又有《周官》，謂河間獻王所得；此諸經傳者，皆以科鬥文字寫，故謂之古文。兩漢經師，多不信古文；劉歆屢求以立學官，不得，歆《移書讓太常博士》，謂其“專己守殘黨同妒真”者也。王莽擅漢，歆挾莽力立之，光武複廢之，東京初葉，信者殊稀；至東漢末，大師服虔、馬融、鄭玄皆尊習古文，古文學遂大昌。而其時爭論焦點，則在《春秋公羊傳》；今文大家何林著《左氏膏肓》《穀梁廢疾》《公羊墨守》，古文大家鄭玄則著《箴膏肓》《起廢疾》《發墨守》以駁之；玄既淹博，遍注群經，其後晉杜預、王肅皆衍其緒，今文學遂衰。此兩漢時今古文哄爭之一大公案也。
南北朝以降，經說學派，隻爭鄭玄、王肅，今古文之爭遂熄；唐陸德明著《釋文》，孔穎達著《正義》，皆雜宗鄭、王。今所傳《十三經注疏》者，《易》用《王弼注》，《書》用《偽孔安國傳》，《詩》用《毛傳鄭箋》，《周禮》《儀禮》《禮記》皆用《鄭注》，《春秋左氏傳》用《杜預注》，其餘諸經，皆汲晚漢古文家之流；西漢所謂十四博士者，其學說皆亡，僅存者惟《春秋公羊傳》之《何休注》而已。自宋以後，程朱等亦遍注諸經，而漢唐注疏廢。入清代則節節複古，顧炎武、惠士奇輩專提倡注疏學，則複於六朝、唐。自閻若璩攻偽古文尚書，後證明作偽者出王肅，學者乃重提南北朝鄭、王公案，絀王申鄭，則複於東漢；乾嘉以來，家家許、鄭，人人賈、馬，東漢學爛然如日中天矣。懸崖轉石，非達於地不止；則西漢今古文舊案，終必須翻騰一度，勢則然矣。