道、鹹以後，清學曷為而分裂耶？其原因，有發於本學派之自身者，有由環境之變化所促成者。
所謂發於本學派自身者何耶？其一：考證學之研究方法雖甚精善，其研究範圍卻甚拘迂。就中成績最高者，惟訓詁一科；然經數大師發明略盡，所餘者不過糟粕。其名物一科，考明堂，考燕寢，考弁服，考車製，原物今既不存，聚訟終末由決。典章製度一科，言喪服，言禘祫，言封建，言井田，在古代本世有損益變遷，即群書亦末由折衷通會。夫清學所以能奪明學之席而與之代興者，毋亦曰彼空而我實也；今紛紜於不可究詰之名物製度，則其為空也，與言心言性者相去幾何？甚至言《易》者擯“《河圖》《洛書》”而代以“卦氣爻辰”，其矯誣正相類，諸如此類者尚多，殊不足以服人。要之清學以提倡一“實”字而盛，以不能貫徹一“實”字而衰，自業自得，固其所矣。其二：凡一有機體發育至一定限度，則凝滯不複進，因凝滯而腐敗、而衰謝，此物理之恒也；政製之蛻變也亦然，學派之蛻變也亦然。清學之興，對於明之“學閥”而行革命也；乃至乾嘉以降，而清學已自成為炙手可熱之一“學閥”。即如方東樹之《漢學商兌》，其意氣排軋之處固甚多，而切中當時流弊者抑亦不少；然正統派諸賢，莫之能受；其騶卒之依附末光者，且盛氣以臨之；於是思想界成一“漢學專製”之局。學派自身，既有缺點，而複行以專製，此破滅之兆矣。其三：清學家既教人以尊古，又教人以善疑。既尊古矣，則有更古焉者，固在所當尊；既善疑矣，則當時諸人所共信者，吾曷為不可疑之？蓋清學經乾、嘉全盛以後，恰如歐洲近世史初期，各國內部略奠定，不能不有如科侖布其人者別求新陸。故在本派中有異軍突起，而本派之命運，遂根本搖動；則亦事所必至理有固然矣。
所謂由環境之變化所促成者何耶？其一：清初“經世致用”之一學派所以中絕者，固由學風正趨於歸納的研究法，厭其空泛；抑亦因避觸時忌，聊以自藏。嘉道以還，積威日弛，人心已漸獲解放；而當文恬武嬉之既極，稍有識者，鹹知大亂之將至；追尋根原，歸咎於學非所用；則最尊嚴之學閥，自不得不首當其衝。其二：清學之發祥地及根據地，本在江浙，鹹同之亂，江浙受禍最烈，文獻蕩然；後起者轉徙流離，更無餘裕以自振其業。而一時英拔之士，奮誌事功，更不複以學問為重。凡學術之賡續發展，非比較的承平時代則不能；鹹同間之百學中落，固其宜矣。其三：“鴉片戰役”以後，誌士扼腕切齒，引為大辱奇戚，思所以自湔拔；經世致用觀念之複活，炎炎不可抑。又海禁既開，所謂“西學”者逐漸輸入；始則工藝，次則政製。學者若生息於漆室之中，不知室外更何所有；忽穴一牖外窺，則粲然者皆昔所未睹也；還顧室中，則皆沉黑積穢；於是對外求索之欲日熾，對內厭棄之情日烈。欲破壁以自拔於此黑暗，不得不先對於舊政治而試奮鬥；於是以其極幼稚之“西學”智識；與清初啟蒙期所謂“經世之學”者相結合；別樹一派，向於正統派公然舉叛旗矣。此則清學分裂之主要原因也。