以上諸節所論，皆為全盛期之正統派。此派遠發源於順、康之交，直至光、宣，而流風餘韻，雖替未沫，直可謂與前清朝運相終始；而中間乾、嘉、道百餘年間，其氣象更掩襲一世，實更無他派足與抗顏行。若強求其一焉，則固有在此統一的權威之下而常懷反側者，即所謂“古文家”者是已。
宋明理學極敝，然後清學興，清學既興，治理學者漸不複能成軍；其在啟蒙期，猶為程、朱、陸、王守殘壘者，有孫奇逢，李中孚，刁包，張履祥，張爾岐，陸隴其，陸世儀諸人，皆尚名節厲實行，粹然純儒；然皆硜硜自守，所學遂不克光大。同時有湯斌，李光地，魏象樞，魏裔介輩，亦治宋學，頗媕娿投時主好以躋通顯；時清學壁壘未立，諸大師著述談說，往往出入漢宋，則亦相忘於道術而已。乾隆之初，惠、戴崛起，漢幟大張，疇昔以宋學鳴者，頗無顏色；時則有方苞者，名位略似斌、光地等，尊宋學，篤謹能躬行，而又好為文；苞桐城人也，與同裏姚範、劉大櫆共學文，誦法曾鞏、歸有光，造立所謂古文義法，號曰“桐城派”；又好述歐陽修“因文見道”之言，以孔、孟、韓、歐、程、朱以來之道統自任；而與當時所謂漢學者互相輕。範從子鼐，欲從學戴震，震固不好為人師，謝之；震之規古文家也曰：“諸君子之為之也，曰：是道也，非藝也；夫道固有存焉者矣，如諸君子之文，亦惡睹其非藝歟？《東原集·與方希原書》”錢大昕亦曰：“方氏所謂古文義法者，特世俗選本之古文……法且不知，義更何有……若方氏乃真不讀書之甚者，吾兄特以其波瀾意度近於古而喜之……《潛研堂集》三十三《與友人書》”；由是諸方諸姚頗不平，鼐屢為文詆漢學破碎，而方東樹著《漢學商兌》遍詆閻、胡、惠、戴所學，不遺餘力；自是兩派始交惡。其後陽湖惲敬、陸繼輅自“桐城”受義法而稍變其體，張惠言、李兆洛皆治考證學，而亦好為文，與惲、陸同氣，號“陽湖派”。戴、段派之考證學，雖披靡一世；然規律太嚴整，且亦聲希味淡，不能悉投眾嗜；故誦習兩派古文家者卒不衰；然才力薄，罕能張其軍者；鹹同間，曾國藩善為文而極尊“桐城”，嚐為《聖哲畫像讚》，至躋姚鼐與周公、孔子並列；國藩功業既焜耀一世，“桐城”亦緣以增重，至今猶有挾之以媚權貴欺流俗者。平心論之，“桐城”開派諸人，本狷潔自好；當“漢學”全盛時而奮然與抗，亦可謂有勇；不能以其末流之墮落歸罪於作始；然此派者，以文而論，因襲矯揉，無所取材；以學而論，則獎空疏，閼創獲，無益於社會；且其在清代學界，始終未嚐占重要位置，今後亦斷不複能自存；置之不論焉可耳。
方東樹之《漢學商兌》，卻為清代一極有價值之書。其書成於嘉慶間，正值正統派炙手可熱之時，奮然與抗，亦一種革命事業也。其書為宋學辯護處，固多迂舊，其針砭漢學家處，卻多切中其病，就中指斥言“漢易”者之矯誣，及言典章製度之莫衷一是，尤為知言。後此治漢學者頗欲調和漢宋，如阮元著《性命古訓》，陳澧著《漢儒通義》，謂漢儒亦言理學，其《東塾讀書記》中有《朱子》一卷，謂朱子亦言考證，蓋頗受此書之反響雲。
在全盛期與蛻分期之間，有一重要人物，曰會稽章學誠。學誠不屑屑於考證之學，與正統派異。其言“六經皆史”，且極尊劉歆《七略》，與今文家異。然其所著《文史通義》，實為乾嘉後思想解放之源泉。其言“賢智學於聖人，聖人學於百姓。”“集大成者乃周公而非孔子”《原道篇》；言“六經皆史，而諸子又皆出於六經”《易教》《詩教》《經解》諸篇；言“戰國以前無著述”《詩教篇》；言“古人之言，所以為公，未嚐私據為己有”《言公篇》；言“古之糟魄，可以為今之精華”《說林篇》；言“後人之學勝於前人，乃後起之智慮所應爾”《朱陸篇》；言“學術與一時風尚不必求適合”《感遇篇》；言“文不能彼此相易，不可舍己之所求以摩古人之形似”《文理篇》；言“學貴自成一家。人所能者，我不必以不能為愧”《博約篇》。書中創見類此者不可悉數，實為晚清學者開拓心胸，非直史家之傑而已。