啟超既日倡革命排滿共和之論，而其師康有為深不謂然，屢責備之，繼以婉勸，兩年間函劄數萬言。啟超亦不慊於當時革命家之所為，懲羹而吹虀，持論稍變矣。然其保守性與進取性常交戰於胸中，隨感情而發，所執往往前後相矛盾；嚐自言曰：“不惜以今日之我，難昔日之我”；世多以此為詬病，而其言論之效力亦往往相消；蓋生性之弱點然矣。
啟超自三十以後，已絕口不談“偽經”，亦不甚談“改製”；而其師康有為大倡設孔教會定國教祀天配孔諸議，國中附和不乏，啟超不謂然，屢起而駁之；其言曰：
“我國學界之光明，人物之偉大，莫盛於戰國，蓋思想自由之明效也。及秦始皇焚百家之語，而思想一窒；漢武帝表章六藝罷黜百家，而思想又一窒。自漢以來，號稱行孔教二千餘年於茲矣，而皆持所謂表章某某罷黜某某者為一貫之精神。故正學異端有爭，今學古學有爭，言考據則爭師法，言性理則爭道統；各自以為孔教，而排斥他人以為非孔教……寖假而孔子變為董江都、何邵公矣，寖假而孔子變為馬季長、鄭康成矣，寖假而孔子變為韓退之、歐陽永叔矣，寖假而孔子變為程伊川、朱晦庵矣，寖假而孔子變為陸象山、王陽明矣，寖假而孔子變為顧亭林、戴東原矣，皆由思想束縛於一點，不能自開生麵，如群猿得一果，跳擲以相攫，如群嫗得一錢，詬詈以相奪，情狀抑何可憐……此二千年來保教黨所生之結果也。……”壬寅年《新民叢報》
又曰：
“今之言保教者，取近世新學新理而緣附之，曰：某某孔子所已知也，某某孔子所曾言也……然則非以此新學新理釐然有當於吾心而從之也，不過以其暗合於我孔子而從之耳。是所愛者，仍在孔子，非在真理也；萬一遍索諸《四書》《六經》而終無可比附者，則將明知為真理而亦不敢從矣；萬一吾所比附者，有人剔之曰，孔子不如是，斯亦不敢不棄之矣；若是乎真理之終不能餉遺我國民也。故吾所惡乎舞文賤儒，動以西學緣附中學者，以其名為開新，實則保守，煽思想界之奴性而滋益之也。”同上
又曰：
“摭古書片詞單語以傅會今義，最易發生兩種流弊：一，倘所印證之義，其表裏適相吻合，善已；若稍有牽合附會，則最易導國民以不正確之觀念，而緣郢書燕說以滋弊。例如疇昔談立憲談共和者，偶見經典中某字某句與立憲共和等字義略相近，輒摭拾以沾沾自喜，謂此製為我所固有；其實今世共和立憲製度之為物，即泰西亦不過起於近百年，求諸彼古代之希臘、羅馬且不可得，遑論我國。而比附之言，傳播既廣；則能使多數人之眼光之思想，見局見縛於所比附之文句；以為所謂立憲共和者不過如是，而不複追求其真義之所存。……此等結習，最易為國民研究實學之魔障。二，勸人行此製，告之曰，吾先哲所嚐行也；勸人治此學，告之曰，吾先哲所嚐治也；其勢較易入，固也。然頻以此相詔，則人於先哲未嚐行之製，輒疑其不可行，於先哲未嚐治之學，輒疑其不當治。無形之中，恒足以增其故見自滿之習，而障其擇善服從之明。……吾雅不願采擷隔牆桃李之繁葩，綴結於吾家杉鬆之老幹，而沾沾自鳴得意；吾誠愛桃李也，惟當思所以移植之，而何必使與杉鬆淆其名實者。”乙卯年《國風報》