起義軍退出全州20天後的7月5日下午3時，聶士成率領數十騎抵達全州。6日，聶士成回拜金觀察使，安撫民眾，對此次事件900家遭難戶，每家發給洋銀2元，幫助重建家園。7日，聶士成接到葉誌超的“速回”電報，便將安撫事宜交給金觀察使之後，率騎返回牙山。
10日，聶士成回牙山後，立即會見葉誌超，並建議說：“現在匪亂已平，我軍在此無益，速請傅相（李鴻章）派輪船來接隊內渡，免啟釁端。”葉誌超猶豫不決，半晌未答。11日，聶士成力請葉誌超發電給李鴻章，要求班師回朝。葉誌超同意了，但李鴻章未允，回電說：“目前和議未定，著暫駐牙山。”13日，有人從京城來報，日本兵至朝鮮，約有3萬人，分兵駐紮各要隘，武裝全是新式快槍。聶士成得悉，又去見葉誌超，對他說：“師久駐牙山非計，宜速請內渡方為萬全。”葉誌超也有同感，便又打電報給李鴻章，要求盡快撤兵回國。
此時本是中國撤兵的大好時機，日本便無挑釁口實，難以施展陰謀詭計，中國便可處於主動地位。但是，剛愎自用的李鴻章執意不肯，仍然堅持雙方同時撤兵的立場，致使時機喪失，給日本人以可乘之機。
起義軍與政府言和，京城平靜如鏡。在這種情況下，朝鮮要求日本撤軍，日本當局哪裏肯從？既然戰爭機器已經啟動，就不能停下來。日本非但不從朝鮮撤軍，反而源源不斷地向朝鮮增兵。日本的異常舉動，引起列強的不安。6月11日，俄、英、美駐朝鮮公使紛紛質問日本公使大鳥圭介：日本為什麼向朝鮮增兵？大鳥無法解釋，隻好向當局建議：“目前若向朝鮮派遣過多軍隊，就會引起朝鮮政府和人民尤其是第三者——外國人不必要的懷疑，在外交上實非得計……目前漢城平穩，民亂狀況業已發生變化。在收到下一次電報之前，剩餘的大隊人員暫停派遣。”
此時，日本當局發動戰爭的決心已定。外務大臣陸奧宗光馬上回電指示大鳥圭介：“即使在外交上稍有紛爭，也要按日本政府原定計劃迅速將日本軍隊開赴朝鮮，進駐漢城，並向朝鮮政府建議，勸其速借日本兵力彌平叛亂，是為上策！”
為掩護日本大舉向朝鮮增兵，陸奧宗光又向日駐朝公使大鳥圭介發出強硬命令：“難以停止大島部下的軍隊在朝鮮登陸，你繼續與袁世凱進行日中共同撤軍的談判，爭取早日達成協議，但一開始就不必準備實行之。總之，帝國對朝鮮將來之政策，不得已將采取強硬處理方式。關於此點，本大臣正與伊藤伯爵商議中。日本政府為實現出兵朝鮮之夙願，有應付一切事態之決心。”
大鳥圭介遵照日本當局的明確指示，與清政府代表袁世凱進行中日共同從朝鮮撤軍的談判，並於6月15日達成如下協議：日本將駐朝鮮兵力撤回3/4，隻在朝鮮留250人，且不在漢城駐兵；清國撤出援朝兵力的4/5，隻留400人以應不時之需。等東學黨起義平息後，兩國同時從朝鮮撤出全部兵力。為表示誠意，大鳥圭介甚至提議立即交換中日兩國共同從朝鮮撤軍的公文。
日本當局為把中國逼向戰爭，又於6月15日製訂了新的計劃。日本內閣當日通過了關於改革朝鮮內政的決議，其內容有：與清政府合力盡快鎮壓朝鮮“亂民”；在“平定民亂”後，中日兩國各派常設委員若幹名駐在朝鮮，共同改革其內政。如果清國政府不讚成日本的意見，日本就單獨迫使朝鮮實行政治改革。