靖國神社的教義，源於日本民間的“禦靈信仰”，即通過祭祀來安撫冤魂，以免給人們帶來災難。但出於統治階級的需要，靖國神社的性質已由安魂變為表彰效忠天皇的所謂“忠節”。
戰前，靖國神社既是國家宗教設施，也是軍事設施，它從一開始就與軍隊和軍國主義有著密不可分的特殊關係，並一直由陸軍省和海軍省負責管轄（其他神社均由內務省管轄）。軍國主義分子利用靖國神社煽動崇拜天皇、為天皇陛下英勇赴死的軍國主義情緒，起到了控製國民政治和意識形態、為侵略戰爭服務的特殊作用。
1931年“九一八”事變後，日本為大舉侵華招兵買馬，曾在靖國神社正門外兩側立碑，上麵共刻有6幅浮雕，頌揚日本軍人的“勇武”。其中一幅刻寫著：“上海事變爆發，昭和七年一月二十八日，我海軍陸戰隊擊敗八十倍於我之敵，發揚了武威。”而現在，這些歪曲曆史、讚頌侵略的浮雕仍然完好地保留在那裏，無聲地向人們說明靖國神社的性質。當時日本天皇每年都身著“大元帥”軍服在春秋兩季前往參拜，從而形成今天所謂“春季大祭”和“秋季大祭”的慣例，隻不過秋季的參拜時間從原來的10月中旬改為現在的8月15日，而“春季大祭”則基本未變。這樣，靖國神社就成為日本軍國主義者鼓吹武士道精神，欺騙日本人民為“大日本帝國”對外進行侵略、擴張賣命獻身的工具。
第二次世界大戰後，日本推行政教分離政策，靖國神社改為獨立的宗教法人團體，在戰爭中喪生的其他人也祭祀於靖國神社內，才使其性質顯得模糊起來。但是，1978年，東條英機等14名甲級戰犯竟被作為“昭和殉難者”祭祀於靖國神社，遠東軍事法庭定罪並處決的1000多名乙級和丙級戰犯也被同樣合祀其中。在這種情況下，日本一些政界要人仍年年前往參拜，不僅嚴重地傷害了亞洲各國人民的感情，而且引起人們對日本是否真正反省侵略曆史，永不再走軍國主義老路的極大懷疑。
日本投降後，迫於中國和世界人民的壓力，日本右翼分子祭祀和參拜靖國神社的活動曾一度有所收斂，但隨著美國推行冷戰政策和日本右翼勢力的發展，日本右翼分子在靖國神社的活動再度複活，把許多戰爭罪犯作為“軍神”，收集到靖國神社中供奉起來。到目前為止，靖國神社奉祀著從明治以來到第二次世界大戰曆次侵略戰爭中死去的“大邪軍神”250多萬名，包括被東京國際法庭判處死刑的甲級戰犯東條英機、鬆井石根等14人的牌位。
靖國神社的戰死者靈牌中也包括日本軍隊中一般士兵、軍隊醫務人員和一般軍官，他們的親屬在春秋兩季的祭日，去悼念充當了侵略戰爭炮灰的親人，也是可以理解的，但決不允許把那些沾滿中國和亞洲及英美將士鮮血的甲級戰犯們當做“軍神”供奉，不能把他們當做軍國主義思想的象征而奉若神明，不能把他們當做“為國捐軀的忠臣、英雄”頂禮膜拜，不允許對他們以隆重的儀式加以祭奠，更不允許以日本最高行政領導人——內閣總理大臣的身份，親自帶頭帶領日本內閣大臣去悼念甲級戰犯。
令人遺憾的是，每到日本投降紀念日，總有執政的日本官員甚至日本首相、內閣官員去靖國神社為甲級戰犯們歌功頌德。在他們的影響下，日本右翼分子傾巢出動，把靖國神社搞得軍國主義陰魂作祟，弄得烏煙瘴氣，邪氣十足，令人不能容忍。一些右翼分子不知從哪裏翻出當年沾滿中國和亞洲人民鮮血的日本侵略者“皇軍”軍裝，舉起殺過中國人民和亞洲人民頭顱的日本武士刀，扛著同世界反法西斯國家人民作過戰、打過仗的步槍，招搖過市。
一些右翼青年，頭上係著印有紅太陽的白頭巾，叫喊“大東亞戰爭是神聖的”等口號招搖過市。神社大院一隅，陳列著以頌揚當年皇軍“赫赫戰功”和“剖腹自盡效忠帝國”為主題的繪畫，書攤出售著《南京大屠殺是捏造出來的》等書籍。還有人在神社裏散發著宣稱當年日本發動侵略戰爭是“自衛”，遠東國際法庭的審判隻是“勝者對敗者的打擊報複”等宣傳品。神社內舉行的“感謝英靈會”等集會，發表聲明，叫嚷把日本當年的戰爭行為稱作“侵略”加以聲討“極為不當”，並要求政府為早日實現天皇、皇後參拜靖國神社而努力。
由此看來，對待祭祀著甲級戰犯的靖國神社的態度決不是尋常小事，作為日本首相和各省大臣來說，實際上就是正確對待日本發動的那場侵略戰爭的曆史問題，是具有政治意義的國家大事：其一，靖國神社與日本軍國主義和對外侵略戰爭的曆史有著密不可分的關係，首相參拜意味著對侵略曆史的肯定，這不僅與日本憲法中的“和平主義”原則相違背，而且必然會引起世界人民和日本國民對軍國主義複活的不安。其二，戰後根據盟軍的要求，日本實行“政教分離”，靖國神社已和國家脫離關係，成為普通的宗教法人。《日本國憲法》規定：“國家及其機關都不得進行宗教教育以及其他任何宗教活動。”因此，首相前往宗教設施並以宗教儀規參拜神靈，與憲法的“政教分離”原則也是明顯不符的。