武昌起義公推的總指揮吳兆麟，曾經是黎元洪的學生，見黎元洪到來，立即迎上前來，又是問候又是致歉，表現得十分尊敬。往日裏，由於欣賞吳兆麟的才能，黎元洪對他頗為器重，沒想到他竟成了革命黨起義的總指揮。
對於大清王朝，黎元洪的心中頗為糾結，既恨其內部腐敗，又怒其對外軟弱，但在心裏的深處，還是有一定感情。畢竟，他是靠了清廷大臣的刻意栽培，這才發達起來的。正因為如此，他才沒有想到要用暴力來推翻清廷。
這時候，黎元洪看到吳兆麟對自己還很尊敬，便壓低聲音勸道：“你怎麼也做了革命黨，這可是滿門抄斬的罪。你學問好，能力強，若跟著我繼續幹下去，定會有光明的前途。你現在還是自行解散義軍，別把這事鬧大了，我保證大家都能平安無事。”
吳兆麟靜靜地聽完，也壓低聲音說：“自從瑞澂任鄂督以來，霸道一方，危害百姓，殺害忠良，致使湖北革命暴發，這不能怨革命黨人。現如今，瑞澂與張彪都逃出城外，武昌城內就統領您一個人。您平時愛護軍人，深得軍人之心，現在請統領來主持大計，實屬天意，請統領一定不要推諉。”
黎元洪聽了吳兆麟的這番話，見他誠懇肅然的樣子，知道要勸說這位往日的學生回頭已經絕不可能，不由長長地歎了口氣，感到十分地為難。
他之所以如此，一方麵是對大清的感情，另方麵是對自己的名節，還有就是軍事的問題。
此時的瑞澂、張彪已經逃出，若率水陸重兵前來攻打武昌，革命軍現在外無援軍，內無糧餉，隻怕難敵。
見黎元洪還在猶豫，吳兆麟還能等待，在場的其他革命黨人卻氣憤起來，有人怒聲說：“為了國家，我們拚死起義，現在勝了，推你來做都督，你不但不知感激，還推三道四。再這麼下去，我們不如就殺了你。”
吳兆麟見了，喝住怒喊的人，回頭再勸黎元洪。見情況如此，黎元洪隻好跟著吳兆麟，來到諮議局，參加革命派和立憲派的聯席會議。當時，革命派與立憲派是聯合陣線，全國如此，武昌也是這樣。革命黨要推舉黎元洪為都督，得征詢立憲派的意見。因為立憲派往日與黎元洪交情也頗深，加之黎元洪與革命黨並無淵源，推他來出任都督，自然是一個皆大歡喜的選擇。
於是，關於黎元洪為湖北軍政府都督一議，順利得到一致通過。緊接著，大家推舉黎元洪與湯化龍二人出麵主持大計，號召天下。黎元洪聽了，站起來說：“茲事體大，務須謹慎，我實在不能勝任，還是請另擇高明吧。”
眾人見他還在推三推四，一時議論紛紛。有革命黨人蔡濟民，失聲痛哭道：“昨夜多少同誌犧牲，方有今日之光複，若因無人主持而功敗垂成，何以麵對死去諸同誌？若黎協統再不答應，我便自殺以謝烈士！”
更有另一位性格剛烈的革命黨人朱樹烈，走到黎元洪麵前，也不說話，猛地抽出腰刀，在眾人的驚諤中，刷地截斷一指，並用這血淋淋的斷指指著黎元洪說：“你要再說一個‘不’字，我就同你拚命。”
黎元洪見此，微微地搖了搖頭，閉緊雙目，一副任由你怎麼辦都好的樣子。
吳兆麟趕忙上前一步攔住朱樹烈，讓人勸他下去。這時，革命黨人李翊東拿來寫好的安民告示要黎元洪簽字。黎元洪連看也不看，隻連連擺手說：“莫害我！莫害我！”
李翊見狀，無奈地看了看一旁的吳兆麟，隻好自己拿起筆來，在文告上簽了個“黎”字拿走。
當天下午，武昌大街小巷，都貼了“中華民國軍政府鄂軍都督黎”的安民告示，一時間民心大定，商人開店營業，百姓各做自己的營生，因起義逃匿的新軍軍官，也紛紛出山，附革命軍。
黎元洪素以仁義寬緩著稱，威震武漢三鎮，對普通百姓來說，他竟然帶頭革命，其意義是革命黨人所不能比的；對清廷來說，黎元洪忠厚老實，這樣的人也造反了，心理上的打擊非同一般。
可是，這時的黎元洪，卻還是不願做這個革命黨人的總督，整日呆在家裏，凡事不願出麵。革命黨人見他這樣，怒聲不斷，張振武對吳兆麟說：“如今雖占武昌，然清廷大吏潛逃一空，未殺一人以壯聲威，未免太過寬容，不如將黎元洪斬首示眾，以壯聲威，使一應舊臣皆為膽落。殺了黎元洪之後，我們都你吳總指揮為都督，這對你對革命，不是都更好？”
吳兆麟聽了，正色地說：“你這麼想，就完全錯了。如今這樣的局勢，惟有黎元洪，才能穩得住。就算他一言不發，一事不做，對於穩定大局來說，也是非常有利的。”
吳兆麟的意見得到大家的認同，就幹脆將黎元洪軟禁在軍政府，派斷指的諍臣朱樹烈嚴加監守。革命黨人們卻以黎元洪的名義，陸陸續續發布了《布告全國電》、《致各國領事照會》、《告漢族同胞之為清軍將士者電》等文電和一係列的新政策新措施。
這時候，代行都督職權的蔡濟民為首的謀略處，已將國號定為“中華民國”，改年號為黃帝紀年。