袁世凱在上奏折的同時又暗中電令北洋軍，不要急於進攻，他這樣做的目的很明顯：一來保存實力，二來逼迫清廷還權與他。由於清軍屢戰屢敗，無奈之下，載灃再度派人赴彰德勸袁世凱出山。此時，袁世凱認為載灃已經黔驢技窮了，可以公開地向他提條件了。於是當載灃的使臣抵達彰德後，袁世凱不緊不慢地說：“現在國家這個樣子，都是內閣無能，如果要讓我出山鎮壓革命黨，就要給我權力去改組內閣，否則我就不敢保證下次革命黨再鬧事還能不能鎮壓得住，所以我的態度是，請攝政王（載灃）辭職，明年召開國會，重新組織責任內閣，對武昌事變的所有人給予寬大處理，解除黨禁。此外，給予我指揮軍隊的全部權力，並供給北洋軍充足的軍費。勞煩您請示一下攝政王，如果他同意我的意見，那麼我將率領北洋軍全體將士誓死保衛朝廷，與革命黨血戰到底。”袁世凱提出的這些條件是經過他充分考慮的，他認為要想牢牢控製清朝廷，必須將內閣權力、軍事權力抓在自己手中，唯有這樣才能保證自己在剿滅革命黨後繼續擁有控製權。同時，他也想利用這個機會將載灃這一批滿洲貴胄清除出去，以免將來成為自己主政後的障礙。
載灃聽到袁世凱提出的條件，異常氣憤，還想跟袁世凱討價還價，然而南方的革命軍卻沒有給他這個機會。這期間，湖南、陝西、江西等省相繼宣告起義，清王朝已經是風雨飄搖了，被逼入絕境的載灃無可奈何地同意了袁世凱的條件，並下了四道上諭：一、調廕昌回京供職；二、授袁世凱為欽差大臣，所有赴援之海陸軍並長江水師暨此次派出各軍隊，均歸大臣節製調遣；三、撥出內帑銀一百萬兩為湖北軍費；四、第一軍交馮國璋統率，第二軍由段祺瑞接任總領。這樣，湖北前線的軍權完全轉到袁世凱一黨的手中。
袁世凱看到自己的目的達到後，馬上向他的北洋軍發出命令，限定時間鎮壓革命黨占領的地區。北洋軍原本戰鬥力就強，果然他們一出師便在幾日之內攻陷了漢口，讓清廷獲得了喘息的機會。袁世凱原本可以乘勝追擊革命黨的，但是這個時候他卻突然命令他的軍隊原地待命，這又是為什麼呢？原來，袁世凱認為不能隻顧著率領軍隊去打仗，應該在局勢稍微穩定後，就去接收朝廷大權。因為袁世凱不放心載灃等人下達的上諭，如果自己不馬上利用上諭去奪取載灃等人的權力，那麼載灃很有可能反咬自己一口，到時候就竹籃打水一場空了。因此，袁世凱帶領自己的親信衛隊火速趕往京師，趁載灃還沒有緩過神來，入主京師。
確實如袁世凱預想的那樣，載灃剛想著如何處置袁世凱時，袁世凱便出現在京城，他宣布自己已經就任內閣總理大臣一職，他的第一號命令便是罷免少壯派、軍谘府大臣載濤和毓朗的官職。讓廕昌、徐世昌接替，不久袁世凱用軟硬兼施的方法，迫使載灃交出了“監國攝政王”的大印，讓他回家修養去了。最後，袁世凱讓隆裕太後申明家法，親貴不得幹預政事。
袁世凱還將馮國璋調入京城，接任禁衛軍軍統，並將禁衛軍炮隊全部調出城外，而派段芝貴改編拱衛軍，駐紮城內。經過如此一番鬥爭，他就接收了清廷統治下的全部權力，隆裕太後和溥儀小皇帝成了他手中可供隨意擺布的傀儡。
袁世凱奪取權力的過程非常高明，他發覺自己實力不濟的時候，便選擇主動退讓的策略。可一旦時機成熟，他卻毫不猶豫地發起進攻，置政敵於死地。憑借這樣的手段，袁世凱最終成功控製了清朝廷的全部權力。