被虐殺的正義
魏忠賢及其黨羽給東林黨人安上了一個結黨營私藐視朝廷的罪名，而且也言之鑿鑿。皇帝被他們蒙蔽已久，對魏忠賢也是百般安撫，於是下令將三百餘位東林黨人或免官，或奪回封號，或禁錮終生，剝奪了他們參政議政的權力。之所以沒有將他們就地正法，是因為皇帝覺得楊漣等人還算忠臣，而且也聽到過一些楊漣等人的事跡，不想草菅人命，加上天啟皇帝天生懦弱，怕真的有陰司地獄的報應，所以對殺頭的事情能免則免。
天啟四年（1624年），被貶官的東林黨人楊漣和左光鬥離開京城準備回鄉。誰知魏忠賢又設下一道奸計，他借熊廷弼事件，想查處東林黨人貪汙受賄的證據再製造罪名。可是結果令魏忠賢大為失望，楊、左二人離開京城時，行李物品甚少，也沒有什麼值錢的家當，簡直和普通的遊人差不多。但魏忠賢豈能善罷甘休，命令手下將已經回鄉的左光鬥、楊漣、周朝瑞、袁化中、顧大章、魏大中等人逮捕，押解到京城審訊。
這些東林黨人被送到北鎮撫司審問。北鎮撫司向來以酷刑逼供著稱，這次接到了魏忠賢的指令，更是對楊漣等人大刑逼供，要求他們供認出自己貪贓枉法收受巨額賄賂的罪行，並責令他們在限期之內交出贓款贓物。這些人都以清廉為世人所稱讚，貪汙受賄的事情原本就是捏造，但公堂之上是不容爭辯的，如果不承認自己有罪，就要嚴刑拷打，如果承認自己確實貪贓枉法，就要交出一大筆所謂的贓款，也是他們根本交不出的。這幾個人就在北鎮撫司經受了多日的折磨，審訊中，周朝瑞、袁化中、顧大章幾人被棍棒活活打死。
看到奸佞當道、賢良受誣的事實，楊漣悲憤不已，在公堂上對同時被逼供的家人說：“你們回家之後，告訴我的孩子們，不要讀書，讀書是對誰都沒有用處的！”但這番氣話救不了他們，東林黨人要求釋放他們的上疏也被魏忠賢扣下，皇帝並不知曉。
於是楊漣和左光鬥、魏大中私下商量：“照現在的情形，如果我們不承認他們所問的罪狀，肯定會被打死，那樣我們的冤屈也永遠不能昭雪了，我們不如先招供，以此作為權宜之計，等到離開這裏，將案子交給法司定罪的時候，我們再行翻供，並在公堂上說出魏忠賢對我們嚴刑逼供、殘害忠良、打死我們同僚的事情，法司有我們的好友，一定不會冤枉我們的。”
楊漣的想法，如果是在政治清明的時代，一定是行得通的，因為按照明朝的律法，審訊得出的結果最後都要交給法司定罪發落。而且，他作為禦史機構的副長官，對國家的辦事程序嚴格遵守，相信像他們這樣二品大員的案子皇帝不會不過問的。左光鬥和魏大中聽了楊漣的建議，也覺得可行，然後三個人就分別招供了自己“貪汙受賄”的罪行。
但是，魏忠賢不會給他們任何的機會翻供。他們招認之後，就要求他們馬上交出贓款，可是這三個清廉如水的大臣根本沒有那麼多錢，於是魏忠賢就指使審訊者嚴刑逼問三人究竟把贓款藏在哪裏或者用到何處了。三人越是說不出，動用的大刑就越殘酷，這時他們才知道自己已經沒有生還的機會，便傲然領死。
最終，他們被公堂上的棍棒打死，死狀慘不忍睹。楊漣死後，用刑者還怕他裝死，又用鐵釘貫穿了他的耳朵，用沙袋壓在他身上，三天之後才上報說楊漣拒不交贓而受刑死去，當時他的屍體已經潰爛流出膿血了。魏大中則在死後六天才從牢中拖出屍體，遺體已經腐爛，蛆蟲遍布全身。
魏忠賢用這樣殘忍的行為向東林黨人示威，但東林黨並未退縮，而是更猛烈地抨擊朝政、揭露他的醜行。他便繼續搬弄是非，令天啟皇帝相信那些東林黨人依舊在攻擊皇帝，便拆毀了江南的多處書院，殺害了大批的東林黨人。
東林黨人的悲劇在於，他們認為士大夫的天職就是懲惡揚善，大臣的天職就是輔助君王“親賢臣，遠小人”，但是絲毫沒有想到作為朝中的大臣，他們如果和皇帝所寵信的宦官作對，就難以保全自己的身份，甚至生命。黨爭，哪怕是自己站在正確的立場上，也需要付出代價，有時候是身家性命。
天啟六年（1626年），魏忠賢又殺害了高攀龍、周起元、周順昌、繆昌期、周宗建、黃尊素、李應升七人，史稱“後七君子”。東林書院被限期全部拆毀，講學亦告中止。
曾經掌握朝政的東林黨，在短短四年後就被宦官魏忠賢驅盡殺絕，全部覆沒，主要是由於他們在掌握政權的時候坐失良機。作為當權的群體力量，他們沒有盡快拿出一套行之有效的治國方案，又對閹黨喪失警惕，提出了一個“籠絡群閹”的錯誤政策，姑息養奸，試圖勸告魏忠賢不要幹政，這顯然是沒有用處的。
麵對著日益強大的閹黨，他們不用武力做後盾，在閹黨步步進逼的時候，一味息事寧人，妥協退讓。所以很快喪失了在朝中的優勢地位，被閹黨輕而易舉地消滅，成為千古冤案。